More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01860 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  100 
 
 		 219 aa  449  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  56.62 
 
 		 219 aa  244  9e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52.7 
 
 		 230 aa  230  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.46 
 
 		 223 aa  220  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.13 
 
 		 223 aa  220  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.93 
 
 		 221 aa  207  7e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  49.31 
 
 		 221 aa  206  2e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  49.31 
 
 		 224 aa  206  2e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  48.4 
 
 		 221 aa  196  2.0000000000000003e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  46.54 
 
 		 221 aa  193  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  47 
 
 		 221 aa  192  4e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  44.7 
 
 		 221 aa  187  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  44.7 
 
 		 221 aa  186  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  44.7 
 
 		 221 aa  185  4e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.05 
 
 		 223 aa  185  4e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  45.62 
 
 		 221 aa  184  6e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.95 
 
 		 223 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  45.87 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 		 233 aa  155  6e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.39 
 
 		 231 aa  145  6e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 		 231 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  40 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.93 
 
 		 232 aa  137  8.999999999999999e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  37.55 
 
 		 247 aa  135  5e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_33463  short-chain alcohol dehydrogenase with NAD or NADP as acceptor  40.17 
 
 		 277 aa  132  5e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  38.56 
 
 		 231 aa  131  9e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.31 
 
 		 213 aa  128  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 232 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 		 233 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  36.09 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  38.16 
 
 		 229 aa  125  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  35.81 
 
 		 231 aa  124  7e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.65 
 
 		 232 aa  123  3e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  34.2 
 
 		 234 aa  121  8e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  38.84 
 
 		 221 aa  121  9e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 		 228 aa  119  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  41.4 
 
 		 193 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35363  predicted protein  38.49 
 
 		 253 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.267844  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 217 aa  115  6e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 206 aa  112  5e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_03161  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family superfamily (AFU_orthologue; AFUA_3G13450)  31.2 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.560163  normal  0.771081 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10348  predicted protein  38.83 
 
 		 193 aa  108  7.000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 		 231 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  30.32 
 
 		 226 aa  105  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  30.32 
 
 		 226 aa  105  5e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006682  CNM00830  cytoplasm protein, putative  31.72 
 
 		 260 aa  104  1e-21  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  29.86 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 		 224 aa  102  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 		 228 aa  101  8e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  32.5 
 
 		 240 aa  100  1e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.68 
 
 		 258 aa  98.6  6e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 		 239 aa  97.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 		 228 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.89 
 
 		 228 aa  96.3  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 		 225 aa  96.3  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 		 225 aa  95.9  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  32.6 
 
 		 225 aa  95.5  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 		 256 aa  95.1  8e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 		 228 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  30.9 
 
 		 226 aa  94.4  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  31.72 
 
 		 225 aa  94  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 		 237 aa  94  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  28.74 
 
 		 260 aa  92.8  3e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 		 225 aa  92.8  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  33.77 
 
 		 225 aa  92.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.31 
 
 		 246 aa  92.4  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  30.99 
 
 		 235 aa  92.4  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  30.57 
 
 		 229 aa  92  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.93 
 
 		 228 aa  92  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  33.33 
 
 		 255 aa  92  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  29.6 
 
 		 231 aa  92  7e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3450  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  28.51 
 
 		 234 aa  91.3  9e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.2 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01679  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase  35.57 
 
 		 242 aa  91.3  1e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 256 aa  90.9  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 		 233 aa  90.1  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 		 233 aa  90.5  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 233 aa  90.1  2e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3196  short chain dehydrogenase  28.57 
 
 		 234 aa  89  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0271807  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 		 238 aa  89  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.29 
 
 		 234 aa  89  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.137706  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  30.53 
 
 		 227 aa  89  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  29.18 
 
 		 229 aa  88.6  8e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  30.84 
 
 		 225 aa  88.2  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3437  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  28.57 
 
 		 234 aa  88.2  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3847  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.43 
 
 		 247 aa  88.2  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  27.05 
 
 		 253 aa  87.4  1e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3423  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  29.39 
 
 		 234 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1925  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.72 
 
 		 225 aa  86.7  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.452035  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  28.32 
 
 		 234 aa  86.7  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3471  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.76 
 
 		 234 aa  86.3  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>