More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002919 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 229 aa  474  1e-133  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  84.97 
 
 		 193 aa  336  1.9999999999999998e-91  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.31 
 
 		 231 aa  266  2e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  55.41 
 
 		 231 aa  247  9e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 		 231 aa  241  7e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.52 
 
 		 231 aa  236  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 		 232 aa  230  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  53.68 
 
 		 229 aa  226  2e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.22 
 
 		 232 aa  217  1e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  49.34 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.92 
 
 		 233 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.98 
 
 		 233 aa  197  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.83 
 
 		 227 aa  190  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  42.42 
 
 		 232 aa  180  1e-44  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  40.87 
 
 		 234 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.56 
 
 		 232 aa  175  7e-43  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.78 
 
 		 231 aa  171  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 		 231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.67 
 
 		 223 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  41.05 
 
 		 247 aa  160  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 		 233 aa  158  6e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.04 
 
 		 223 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  37.71 
 
 		 237 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  40 
 
 		 219 aa  142  5e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  36.21 
 
 		 225 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 		 229 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 		 237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  36.73 
 
 		 231 aa  135  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  39.21 
 
 		 219 aa  134  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  36.64 
 
 		 225 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.86 
 
 		 206 aa  132  5e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 		 229 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  38.05 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  35.27 
 
 		 235 aa  128  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 		 226 aa  128  8.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.12 
 
 		 228 aa  127  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  37.99 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  126  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  40 
 
 		 221 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 		 223 aa  125  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  33.19 
 
 		 234 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  40.17 
 
 		 224 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  40.17 
 
 		 221 aa  125  8.000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 233 aa  124  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  32.75 
 
 		 226 aa  124  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  38.77 
 
 		 221 aa  124  2e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36622  Predicted short chain-type dehydrogenase  34.14 
 
 		 250 aa  124  2e-27  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.78 
 
 		 228 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  34.91 
 
 		 225 aa  122  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  37.99 
 
 		 221 aa  122  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  31.44 
 
 		 226 aa  122  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 236 aa  122  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  38.7 
 
 		 221 aa  122  6e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 		 227 aa  122  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4571  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 		 228 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000728936  hitchhiker  0.00656486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.62 
 
 		 241 aa  121  7e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 223 aa  122  7e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  37.55 
 
 		 221 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 		 221 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0395  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 		 241 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0578  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32277  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 		 256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.741112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0416  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 225 aa  119  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.59 
 
 		 213 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32278  putative short chain dehydrogenase  34.26 
 
 		 255 aa  118  6e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2276  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3084  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2011  short chain dehydrogenase  35.78 
 
 		 227 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  35.48 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  33.47 
 
 		 235 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.41 
 
 		 258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 224 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 228 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0097  short chain dehydrogenase  35.34 
 
 		 227 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  32.61 
 
 		 228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 		 234 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.47 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 238 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 		 228 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.95 
 
 		 238 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.28 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.7 
 
 		 214 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 		 237 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.96 
 
 		 228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35363  predicted protein  35.17 
 
 		 253 aa  113  3e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.267844  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  33.61 
 
 		 235 aa  112  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.91 
 
 		 217 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>