More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7188 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  100 
 
 		 254 aa  500  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.81 
 
 		 233 aa  246  3e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.37 
 
 		 229 aa  224  1e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.5 
 
 		 247 aa  222  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 		 242 aa  206  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.36 
 
 		 242 aa  202  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.36 
 
 		 237 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.75 
 
 		 217 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.66 
 
 		 217 aa  199  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  54.75 
 
 		 264 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.11 
 
 		 234 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  49.55 
 
 		 232 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.76 
 
 		 243 aa  186  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 		 256 aa  186  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.57 
 
 		 221 aa  185  5e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.7 
 
 		 258 aa  181  8.000000000000001e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.23 
 
 		 246 aa  178  7e-44  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.28 
 
 		 236 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.26 
 
 		 231 aa  168  7e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.15 
 
 		 251 aa  165  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.94 
 
 		 241 aa  165  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  43.95 
 
 		 219 aa  159  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  43.35 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  48.8 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.08 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  38.4 
 
 		 234 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  41.63 
 
 		 242 aa  153  2e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  38.4 
 
 		 234 aa  154  2e-36  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  38.4 
 
 		 234 aa  152  4e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  39.76 
 
 		 253 aa  150  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  40.76 
 
 		 241 aa  150  2e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 239 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  37.76 
 
 		 239 aa  145  5e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  35.19 
 
 		 234 aa  145  6e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.42 
 
 		 244 aa  144  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  38.58 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  39.09 
 
 		 263 aa  144  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.45 
 
 		 248 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  43.21 
 
 		 256 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.39 
 
 		 256 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 		 256 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  41.58 
 
 		 235 aa  138  8.999999999999999e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  37.45 
 
 		 253 aa  138  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  37.8 
 
 		 252 aa  137  2e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  38.3 
 
 		 235 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  42.86 
 
 		 238 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  44.62 
 
 		 256 aa  135  5e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.76 
 
 		 244 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  38.83 
 
 		 235 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  37.23 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  34.19 
 
 		 235 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  38.31 
 
 		 282 aa  133  3e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  34.19 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  33.76 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  38.16 
 
 		 260 aa  130  1.0000000000000001e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  33.76 
 
 		 235 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  34.44 
 
 		 236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  34.62 
 
 		 235 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  34.44 
 
 		 236 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  34.44 
 
 		 236 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  34.02 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  33.99 
 
 		 294 aa  122  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  30.77 
 
 		 235 aa  119  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  33.19 
 
 		 221 aa  106  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  30.97 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  31.86 
 
 		 221 aa  102  5e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.36 
 
 		 233 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01180  Rossman fold oxidoreductase, putative  29.92 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.48 
 
 		 231 aa  99.8  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  32.62 
 
 		 221 aa  99.4  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  37.04 
 
 		 199 aa  96.3  4e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.53 
 
 		 232 aa  95.9  6e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  39.38 
 
 		 221 aa  95.5  8e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 		 223 aa  94.7  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  29.61 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  29.61 
 
 		 221 aa  94  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 232 aa  92.4  5e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  34.74 
 
 		 229 aa  92  8e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  34.59 
 
 		 221 aa  90.9  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  38.57 
 
 		 229 aa  89.7  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  39.51 
 
 		 221 aa  89.4  5e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 		 231 aa  89.4  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.87 
 
 		 221 aa  89  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.53 
 
 		 232 aa  88.6  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  34.74 
 
 		 231 aa  88.2  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.6 
 
 		 230 aa  86.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.76 
 
 		 232 aa  86.3  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  33.15 
 
 		 219 aa  85.9  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 		 223 aa  84.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 		 233 aa  83.6  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  34.41 
 
 		 219 aa  83.6  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.76 
 
 		 227 aa  82.4  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  32.45 
 
 		 226 aa  77.4  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  37.65 
 
 		 221 aa  76.3  0.0000000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  28.49 
 
 		 247 aa  74.7  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.41 
 
 		 235 aa  72.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>