More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2097 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 235 aa  479  1e-134  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  40.87 
 
 		 247 aa  166  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  41.63 
 
 		 219 aa  165  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.09 
 
 		 231 aa  152  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 		 232 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  36.05 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  36.91 
 
 		 232 aa  148  7e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.91 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 		 223 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 		 232 aa  144  9e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 		 231 aa  143  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.34 
 
 		 223 aa  143  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 231 aa  141  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  35.9 
 
 		 219 aa  138  7e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  38.7 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  33.91 
 
 		 231 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  34.63 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  36.52 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  36.52 
 
 		 224 aa  130  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  36.09 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  36.52 
 
 		 229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 		 206 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  36.09 
 
 		 221 aa  129  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  37.06 
 
 		 193 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 233 aa  128  9.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 		 223 aa  126  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  35.22 
 
 		 221 aa  126  3e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 		 223 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 221 aa  125  5e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.74 
 
 		 230 aa  123  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  34.63 
 
 		 221 aa  122  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 231 aa  122  7e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 		 228 aa  120  9.999999999999999e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.34 
 
 		 221 aa  120  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  30.04 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 239 aa  119  3e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 		 226 aa  116  3.9999999999999997e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  34.19 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 		 226 aa  115  5e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 		 233 aa  115  6e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_10348  predicted protein  38.31 
 
 		 193 aa  115  6e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 256 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0814  putative short-chain dehydrogenase/reductase  29.72 
 
 		 257 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.968056 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  30.77 
 
 		 234 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  30.43 
 
 		 229 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  34.35 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 228 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 		 237 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.12 
 
 		 214 aa  112  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.31 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  34.32 
 
 		 221 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 		 228 aa  110  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32 
 
 		 233 aa  109  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  30.87 
 
 		 229 aa  108  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 238 aa  108  5e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.63 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.33 
 
 		 231 aa  107  1e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  32.63 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  31.91 
 
 		 225 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  31.36 
 
 		 226 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  32.2 
 
 		 225 aa  106  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  31.91 
 
 		 225 aa  106  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  30.47 
 
 		 226 aa  105  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 		 237 aa  105  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  30.6 
 
 		 241 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 		 228 aa  105  8e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 		 228 aa  104  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  29.26 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.13 
 
 		 244 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120829  normal  0.282186 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 		 258 aa  104  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  30.17 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  29.08 
 
 		 254 aa  103  2e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.53 
 
 		 237 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  31.65 
 
 		 225 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 		 213 aa  102  4e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.57 
 
 		 234 aa  102  5e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00144491  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 		 225 aa  102  5e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.74 
 
 		 228 aa  100  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 		 238 aa  101  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  29.58 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 		 244 aa  99.8  3e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  29.17 
 
 		 237 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 		 244 aa  99  5e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28 
 
 		 256 aa  98.6  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  31.6 
 
 		 227 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  29.74 
 
 		 228 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.82 
 
 		 234 aa  98.2  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.137706  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.83 
 
 		 238 aa  98.2  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3423  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  28.95 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>