More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2109 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  100 
 
 		 252 aa  521  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  52 
 
 		 244 aa  251  6e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  47.58 
 
 		 244 aa  235  5.0000000000000005e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  52.03 
 
 		 241 aa  235  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  46.51 
 
 		 253 aa  211  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  41.3 
 
 		 294 aa  198  9e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  40.71 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 		 233 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 		 254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38 
 
 		 256 aa  170  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 		 256 aa  168  1e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  39.29 
 
 		 253 aa  157  1e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  41.88 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  38.46 
 
 		 235 aa  152  4e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  36.55 
 
 		 236 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.8 
 
 		 248 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  36.99 
 
 		 242 aa  150  3e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  36.4 
 
 		 263 aa  149  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.11 
 
 		 258 aa  147  1.0000000000000001e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  33.88 
 
 		 235 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  36.44 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  36.96 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  48.52 
 
 		 235 aa  145  6e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  35.37 
 
 		 236 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  39.2 
 
 		 256 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  36.55 
 
 		 236 aa  144  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  34.41 
 
 		 235 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 		 246 aa  143  3e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  46.71 
 
 		 238 aa  142  4e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 		 256 aa  142  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 		 243 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  34.94 
 
 		 235 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  34.94 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  42.33 
 
 		 235 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  34.54 
 
 		 235 aa  139  6e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 		 237 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.98 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.98 
 
 		 229 aa  133  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 		 231 aa  132  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.94 
 
 		 256 aa  131  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  34.15 
 
 		 235 aa  131  9e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 244 aa  129  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 		 236 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  38.28 
 
 		 254 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 		 241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  33.86 
 
 		 239 aa  125  7e-28  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 		 256 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.92 
 
 		 233 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  32.41 
 
 		 239 aa  123  2e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 221 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 		 247 aa  123  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  38.33 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.86 
 
 		 251 aa  120  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  37.13 
 
 		 234 aa  118  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  34.82 
 
 		 232 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 		 217 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  37.13 
 
 		 234 aa  116  3e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  32.79 
 
 		 219 aa  115  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  33.64 
 
 		 234 aa  115  6.9999999999999995e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  36.53 
 
 		 234 aa  115  7.999999999999999e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  30.61 
 
 		 264 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  29.41 
 
 		 260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 		 234 aa  109  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  33.5 
 
 		 199 aa  85.1  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 		 231 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01180  Rossman fold oxidoreductase, putative  24.23 
 
 		 290 aa  74.7  0.000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  30.3 
 
 		 221 aa  72  0.000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.9 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.71 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.66 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35363  predicted protein  31.45 
 
 		 253 aa  68.6  0.00000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.267844  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  25.79 
 
 		 226 aa  68.2  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.11 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  25.79 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  25.79 
 
 		 226 aa  66.2  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  25.3 
 
 		 231 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  25.53 
 
 		 221 aa  65.1  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  25.53 
 
 		 221 aa  64.7  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.23 
 
 		 233 aa  65.1  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.79 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  26 
 
 		 229 aa  65.1  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.88 
 
 		 228 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  26.06 
 
 		 221 aa  63.9  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  24.3 
 
 		 229 aa  64.3  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.14 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.36 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.38 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  27.86 
 
 		 221 aa  62.8  0.000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  27.56 
 
 		 221 aa  61.6  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 231 aa  61.6  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.95 
 
 		 232 aa  61.6  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  28.91 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  28.26 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  25 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  26.61 
 
 		 219 aa  60.8  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 		 221 aa  60.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  29.85 
 
 		 254 aa  60.1  0.00000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>