More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0819 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 228 aa  450  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.93 
 
 		 228 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.4 
 
 		 228 aa  391  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.46 
 
 		 228 aa  254  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.14 
 
 		 228 aa  249  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  48.68 
 
 		 231 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.81 
 
 		 231 aa  189  2.9999999999999997e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  44.98 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  45.41 
 
 		 241 aa  184  9e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4571  short chain dehydrogenase  44.54 
 
 		 228 aa  178  7e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000728936  hitchhiker  0.00656486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  43.86 
 
 		 234 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 		 228 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  45.22 
 
 		 227 aa  169  3e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.61 
 
 		 233 aa  168  7e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  42.61 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.3 
 
 		 234 aa  166  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  42.61 
 
 		 226 aa  166  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  41.74 
 
 		 226 aa  164  9e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.56 
 
 		 166 aa  162  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.34 
 
 		 237 aa  157  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  40.97 
 
 		 229 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 238 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 		 239 aa  149  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.819367  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.81 
 
 		 224 aa  149  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  40.97 
 
 		 229 aa  148  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 		 239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12179  normal  0.661706 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 		 238 aa  145  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 		 238 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  34.63 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.2 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 231 aa  118  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  36.24 
 
 		 226 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.22 
 
 		 227 aa  115  5e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 		 223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 		 232 aa  113  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  33.62 
 
 		 231 aa  112  5e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 231 aa  111  8.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  33.19 
 
 		 231 aa  111  9e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 		 229 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 		 237 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 231 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  34.68 
 
 		 219 aa  110  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 		 226 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  36.97 
 
 		 236 aa  108  5e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.28 
 
 		 223 aa  108  1e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  34.68 
 
 		 221 aa  106  4e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  32.89 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 232 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  36.64 
 
 		 225 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 		 233 aa  103  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 		 225 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 		 231 aa  102  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  29.78 
 
 		 247 aa  102  6e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 		 237 aa  101  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  33.78 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  33.78 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 231 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  33.78 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  32.16 
 
 		 229 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  33.33 
 
 		 221 aa  99  5e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 		 225 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  31.28 
 
 		 219 aa  96.7  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  34.23 
 
 		 221 aa  96.7  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  36.52 
 
 		 225 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 		 223 aa  95.5  6e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  36.52 
 
 		 225 aa  95.5  6e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 225 aa  95.1  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  33.18 
 
 		 221 aa  92.8  4e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.78 
 
 		 230 aa  92  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 		 228 aa  90.1  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  35.26 
 
 		 193 aa  90.9  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 		 214 aa  90.1  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  33.77 
 
 		 225 aa  89.7  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  30.04 
 
 		 234 aa  90.1  3e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 221 aa  89.7  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  33.78 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3053  short chain dehydrogenase  37.96 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0578  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0395  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  85.1  9e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 		 233 aa  85.1  9e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.88 
 
 		 217 aa  84.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3775  short chain dehydrogenase  36.07 
 
 		 222 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.67 
 
 		 256 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0416  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 		 225 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5986  short chain dehydrogenase  35.11 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3084  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2011  short chain dehydrogenase  36.8 
 
 		 227 aa  83.2  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>