More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3702 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  100 
 
 		 227 aa  455  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4571  short chain dehydrogenase  53.95 
 
 		 228 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000728936  hitchhiker  0.00656486 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  52.63 
 
 		 228 aa  234  8e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  51.75 
 
 		 228 aa  234  9e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  52.19 
 
 		 228 aa  232  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  51.54 
 
 		 241 aa  232  3e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  50.22 
 
 		 241 aa  228  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 226 aa  224  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  50 
 
 		 226 aa  223  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  49.12 
 
 		 226 aa  219  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  46.43 
 
 		 231 aa  206  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.79 
 
 		 228 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.85 
 
 		 224 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.22 
 
 		 228 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  42.98 
 
 		 229 aa  170  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.22 
 
 		 228 aa  169  3e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.33 
 
 		 228 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.78 
 
 		 228 aa  167  9e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.23 
 
 		 238 aa  165  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 		 231 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 		 237 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12179  normal  0.661706 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.67 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  41.23 
 
 		 229 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 		 238 aa  158  6e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 		 239 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 		 239 aa  158  7e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.819367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.26 
 
 		 233 aa  157  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  39.3 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.17 
 
 		 234 aa  152  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  37.89 
 
 		 225 aa  138  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 		 231 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.05 
 
 		 233 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 		 225 aa  132  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.63 
 
 		 232 aa  133  3e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 		 225 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  37 
 
 		 225 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 		 225 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  36.12 
 
 		 225 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.05 
 
 		 166 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  34.06 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.67 
 
 		 227 aa  125  7e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  37.23 
 
 		 237 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.62 
 
 		 231 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 		 229 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  34.36 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  35.5 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 232 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  33.04 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 		 236 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 		 225 aa  112  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 		 231 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  34.19 
 
 		 234 aa  112  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 		 223 aa  109  3e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  33.91 
 
 		 231 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 232 aa  109  4.0000000000000004e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0416  short chain dehydrogenase  35.4 
 
 		 225 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 231 aa  108  7.000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.77 
 
 		 217 aa  108  8.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0395  short chain dehydrogenase  35.4 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0578  short chain dehydrogenase  35.4 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  30.97 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5986  short chain dehydrogenase  34.55 
 
 		 220 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  35.75 
 
 		 193 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.58 
 
 		 214 aa  103  3e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0097  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 		 227 aa  102  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  35.75 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3084  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628833  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2011  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2276  short chain dehydrogenase  35.09 
 
 		 227 aa  102  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.9 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.43 
 
 		 206 aa  99.8  3e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3775  short chain dehydrogenase  33.94 
 
 		 222 aa  95.1  8e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3053  short chain dehydrogenase  37.37 
 
 		 222 aa  94.4  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 		 228 aa  93.6  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  33.04 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  32.43 
 
 		 221 aa  91.7  8e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  31.7 
 
 		 219 aa  90.5  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.49 
 
 		 234 aa  89.4  4e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00144491  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  30.53 
 
 		 219 aa  89  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  31.38 
 
 		 240 aa  89  6e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 223 aa  88.2  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  29.02 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.66 
 
 		 230 aa  86.3  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 		 223 aa  86.3  4e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 		 239 aa  86.3  4e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.35 
 
 		 238 aa  85.5  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.93 
 
 		 250 aa  85.1  8e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0163958 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  28.57 
 
 		 221 aa  85.1  9e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  29.78 
 
 		 221 aa  84.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  31.7 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>