More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3917 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 238 aa  483  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  95.8 
 
 		 238 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.19 
 
 		 239 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12179  normal  0.661706 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.29 
 
 		 238 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.36 
 
 		 239 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  85.36 
 
 		 239 aa  408  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.819367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  73.36 
 
 		 237 aa  337  8e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.34 
 
 		 234 aa  291  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  60.08 
 
 		 234 aa  287  9e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.74 
 
 		 231 aa  276  1e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.44 
 
 		 233 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.42 
 
 		 228 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  41.67 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.56 
 
 		 228 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.82 
 
 		 228 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 		 229 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 		 228 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  35.24 
 
 		 226 aa  142  5e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  35.24 
 
 		 226 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 226 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.37 
 
 		 232 aa  131  7.999999999999999e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  34.8 
 
 		 231 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  35.68 
 
 		 241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 		 231 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 		 228 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  34.93 
 
 		 232 aa  129  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 231 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 		 228 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  32.16 
 
 		 229 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.43 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 		 232 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  32.76 
 
 		 228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4571  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 		 228 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000728936  hitchhiker  0.00656486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  32.16 
 
 		 229 aa  124  9e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 		 231 aa  122  4e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 224 aa  122  7e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  32.17 
 
 		 231 aa  121  9e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.17 
 
 		 166 aa  119  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  34.04 
 
 		 226 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.91 
 
 		 233 aa  118  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  29.87 
 
 		 229 aa  115  6e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  32.77 
 
 		 226 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29 
 
 		 231 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 231 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  32.62 
 
 		 225 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  32.62 
 
 		 225 aa  111  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.02 
 
 		 233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  35.24 
 
 		 225 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  32.76 
 
 		 225 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 		 231 aa  103  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  30.54 
 
 		 237 aa  102  5e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  29 
 
 		 247 aa  100  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  31.47 
 
 		 234 aa  98.2  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  32.62 
 
 		 225 aa  97.8  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.97 
 
 		 223 aa  97.1  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  31.09 
 
 		 193 aa  95.9  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.83 
 
 		 235 aa  93.6  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  30.08 
 
 		 236 aa  93.2  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0395  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0578  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 225 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  31.56 
 
 		 222 aa  92.4  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5986  short chain dehydrogenase  30.22 
 
 		 220 aa  92  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0416  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 225 aa  91.7  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2276  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 227 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.92 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  30.4 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2011  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 227 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3084  short chain dehydrogenase  32.19 
 
 		 227 aa  91.7  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628833  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0097  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 227 aa  90.1  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  27.43 
 
 		 221 aa  87.4  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.45 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3775  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.66 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00144491  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3053  short chain dehydrogenase  34.62 
 
 		 222 aa  82.4  0.000000000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.31 
 
 		 256 aa  81.6  0.000000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.18 
 
 		 223 aa  81.3  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  30.29 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 223 aa  79.7  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4367  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.91 
 
 		 230 aa  77  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.94 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  24.78 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  25.66 
 
 		 221 aa  75.1  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.83 
 
 		 228 aa  74.7  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  24.78 
 
 		 221 aa  72.8  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1687  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 		 247 aa  72.8  0.000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.188551  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  26.97 
 
 		 254 aa  72.8  0.000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  22.75 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>