More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2058 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  100 
 
 
221 aa  455  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.56 
 
 
213 aa  247  1e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.23 
 
 
217 aa  225  4e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  37.72 
 
 
247 aa  144  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  40.36 
 
 
224 aa  141  8e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  40.36 
 
 
221 aa  141  8e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.26 
 
 
232 aa  137  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
233 aa  137  2e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
227 aa  133  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
232 aa  133  3e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  38.05 
 
 
229 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  39.3 
 
 
219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  33.33 
 
 
232 aa  126  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  36.94 
 
 
221 aa  124  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  36.94 
 
 
221 aa  122  3e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  36.94 
 
 
221 aa  123  3e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 
221 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  36.49 
 
 
221 aa  122  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 
228 aa  122  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  38.12 
 
 
221 aa  122  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
223 aa  121  7e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  38.84 
 
 
219 aa  121  9e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  37.99 
 
 
229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
223 aa  119  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
231 aa  118  7e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  34.93 
 
 
234 aa  118  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  34.98 
 
 
231 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.05 
 
 
223 aa  113  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 
233 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 
226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  34.98 
 
 
221 aa  112  5e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  33.77 
 
 
231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 
223 aa  111  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  34.39 
 
 
226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  36.49 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
235 aa  108  6e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  38.42 
 
 
193 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  37.5 
 
 
221 aa  107  1e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  33.48 
 
 
226 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
234 aa  107  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
214 aa  106  3e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.62 
 
 
238 aa  106  3e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
231 aa  105  6e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  39.01 
 
 
221 aa  105  7e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  34.21 
 
 
226 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 
236 aa  100  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.46 
 
 
230 aa  100  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 
237 aa  99  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  33.92 
 
 
237 aa  98.6  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.15 
 
 
237 aa  97.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.82 
 
 
231 aa  97.8  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
238 aa  97.1  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  34.96 
 
 
225 aa  95.5  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1587  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.61 
 
 
244 aa  95.1  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00000600536  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1941  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.46 
 
 
234 aa  94.7  9e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0923131  normal  0.859754 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
225 aa  94.7  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.22 
 
 
228 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5986  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
220 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1645  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.35 
 
 
233 aa  93.2  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.138611  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.39 
 
 
206 aa  92.8  3e-18  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.85 
 
 
237 aa  92.8  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  34.07 
 
 
225 aa  92.4  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0872  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.79 
 
 
247 aa  92  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.42 
 
 
233 aa  92  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.2 
 
 
228 aa  92  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  32.43 
 
 
227 aa  91.7  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2778  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.38 
 
 
234 aa  92  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.408649 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
225 aa  91.7  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
225 aa  91.7  9e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
225 aa  91.7  9e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  34.5 
 
 
225 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1623  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.17 
 
 
244 aa  91.3  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000163996  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.19 
 
 
231 aa  90.9  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1607  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.87 
 
 
248 aa  90.1  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000319104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  31.56 
 
 
231 aa  89.7  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.6 
 
 
233 aa  89  5e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
224 aa  89  5e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
225 aa  89  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  35.47 
 
 
225 aa  88.6  7e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01089  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  32.98 
 
 
244 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000046254  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 
228 aa  88.2  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2808  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.84 
 
 
244 aa  88.2  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000227771  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01097  hypothetical protein  32.98 
 
 
244 aa  88.2  9e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000400605  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1608  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.17 
 
 
244 aa  88.2  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000263068  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2554  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.17 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.3114e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1215  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.17 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  7.480399999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1472  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.98 
 
 
244 aa  87.8  1e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000346671  hitchhiker  0.00000000000000508287 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2034  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.17 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000773418  decreased coverage  0.000000561813 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.68 
 
 
245 aa  87.4  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1214  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.17 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000193485  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2508  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.17 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000339194  hitchhiker  0.00000190522 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2231  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.17 
 
 
244 aa  88.2  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000399569  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
228 aa  87  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 
239 aa  87  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2503  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.34 
 
 
244 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000690955  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  36.1 
 
 
225 aa  87  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2277  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.27 
 
 
234 aa  87  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000536338  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>