More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0860 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 228 aa  450  1e-125  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  96.93 
 
 		 228 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.72 
 
 		 228 aa  394  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.77 
 
 		 228 aa  259  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.46 
 
 		 228 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  49.78 
 
 		 231 aa  199  3e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.47 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  44.98 
 
 		 241 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  44.98 
 
 		 241 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4571  short chain dehydrogenase  44.64 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.000000000728936  hitchhiker  0.00656486 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  44.16 
 
 		 234 aa  175  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  41.59 
 
 		 228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  41.59 
 
 		 228 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  42.41 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.05 
 
 		 233 aa  170  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.16 
 
 		 234 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  45.33 
 
 		 227 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.86 
 
 		 166 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  42.17 
 
 		 226 aa  165  5.9999999999999996e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  41.3 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 		 229 aa  154  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.91 
 
 		 237 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.78 
 
 		 224 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 		 238 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 238 aa  149  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  41.41 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.819367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 238 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.44 
 
 		 239 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12179  normal  0.661706 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  35.06 
 
 		 232 aa  131  9e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.63 
 
 		 232 aa  129  4.0000000000000003e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 		 231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  37.12 
 
 		 226 aa  118  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.56 
 
 		 227 aa  118  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.65 
 
 		 231 aa  114  1.0000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.61 
 
 		 223 aa  113  2.0000000000000002e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.94 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.78 
 
 		 231 aa  112  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0133  short chain dehydrogenase  36.13 
 
 		 237 aa  111  9e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  33.19 
 
 		 231 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  35.81 
 
 		 226 aa  110  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  34.51 
 
 		 229 aa  110  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  35.14 
 
 		 219 aa  110  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0275  short chain dehydrogenase  36.97 
 
 		 236 aa  109  4.0000000000000004e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0287555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1671  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.72 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  35.59 
 
 		 221 aa  108  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  30.3 
 
 		 247 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.33 
 
 		 232 aa  106  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 		 231 aa  104  9e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  32.44 
 
 		 221 aa  104  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.31 
 
 		 233 aa  103  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0377  short chain dehydrogenase  38.26 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.773672 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0460  short chain dehydrogenase  36.84 
 
 		 225 aa  102  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.790746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0125  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 		 237 aa  102  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.330397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 		 231 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  33.33 
 
 		 221 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  33.33 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.75 
 
 		 235 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2943  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.885555 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2314  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  32.43 
 
 		 221 aa  99.8  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2928  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  31.72 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6271  short chain dehydrogenase  37.83 
 
 		 225 aa  99.4  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  35.14 
 
 		 221 aa  98.6  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  32.88 
 
 		 221 aa  98.6  7e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  32.43 
 
 		 221 aa  97.8  1e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0343  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 		 225 aa  97.1  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 		 223 aa  96.3  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.63 
 
 		 230 aa  95.9  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2840  short chain dehydrogenase  36.52 
 
 		 225 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.703441  normal  0.858614 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2977  short chain dehydrogenase  36.52 
 
 		 225 aa  95.1  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 		 222 aa  95.1  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4256  short chain dehydrogenase  34.91 
 
 		 225 aa  94.7  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.55035  normal  0.209111 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  31.28 
 
 		 219 aa  94.7  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  32.43 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  35.79 
 
 		 193 aa  92.8  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.42 
 
 		 214 aa  92.4  6e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 		 228 aa  91.3  1e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  31.17 
 
 		 234 aa  90.5  2e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 221 aa  90.1  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0177  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 225 aa  87.8  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2058  short chain dehydrogenase / reductase  33.33 
 
 		 221 aa  87  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.252145 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 		 217 aa  86.7  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0578  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0395  short chain dehydrogenase  37.39 
 
 		 225 aa  85.5  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5986  short chain dehydrogenase  35.56 
 
 		 220 aa  85.1  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0416  short chain dehydrogenase  36.96 
 
 		 225 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_35363  predicted protein  31.28 
 
 		 253 aa  83.6  0.000000000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.267844  normal  0.139954 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2011  short chain dehydrogenase  37.34 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2276  short chain dehydrogenase  37.34 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3084  short chain dehydrogenase  37.34 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.628833  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0097  short chain dehydrogenase  36.91 
 
 		 227 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.138998  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>