More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0229 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 231 aa  476  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  36.29 
 
 		 232 aa  143  2e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.29 
 
 		 232 aa  142  4e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 		 232 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.45 
 
 		 233 aa  131  7.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2097  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 235 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 		 223 aa  128  9.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.31 
 
 		 206 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.32 
 
 		 232 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 		 227 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  34.04 
 
 		 247 aa  126  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.58 
 
 		 231 aa  126  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.63 
 
 		 231 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.798961  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1888  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 		 234 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.358477 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2084  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 		 238 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0860576  normal  0.320515 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.77 
 
 		 223 aa  122  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0400  putative short-chain dehydrogenase, oxidoreductase  32.33 
 
 		 234 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0465203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3410  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460296  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  34.75 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.79 
 
 		 230 aa  119  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  32.76 
 
 		 221 aa  118  6e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.47 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  35.09 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.819367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 239 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1151  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 		 214 aa  115  3.9999999999999997e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2641  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.03 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 239 aa  115  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12179  normal  0.661706 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0658  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.76 
 
 		 233 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 238 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.162448  normal  0.562749 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  31.03 
 
 		 221 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  31.38 
 
 		 231 aa  113  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  30.47 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  29.18 
 
 		 221 aa  109  4.0000000000000004e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1598  putative oxidoreductase protein  33.47 
 
 		 229 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.299801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01860  Short chain dehydrogenase family protein  31.91 
 
 		 219 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.203928  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.91 
 
 		 231 aa  107  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0670  short chain dehydrogenase  33.05 
 
 		 241 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.620328  normal  0.485565 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 		 221 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11130  short chain dehydrogenase  31.76 
 
 		 229 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.34 
 
 		 228 aa  106  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.97281  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  28.02 
 
 		 221 aa  105  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  29.74 
 
 		 221 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  29.18 
 
 		 221 aa  105  7e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1408  short-chain dehydrogenase/reductase family protein  29.31 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.417919  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1469  short-chain dehydrogenase/reductase  31.91 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02039  short chain oxidoreductase (CsgA), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00910)  34.65 
 
 		 251 aa  103  2e-21  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.049775  normal  0.21203 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0766  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  33.9 
 
 		 241 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1022  short chain dehydrogenase  32.07 
 
 		 229 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  32.33 
 
 		 221 aa  103  2e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.6 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0722078 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3390  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 226 aa  102  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.47762 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.74 
 
 		 228 aa  102  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0232972  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 231 aa  102  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  33.19 
 
 		 221 aa  101  9e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0860  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 		 228 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122274  normal  0.0405726 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3702  short chain dehydrogenase  31.9 
 
 		 227 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3129  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0819  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 		 228 aa  100  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.176111  normal  0.198058 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  29.71 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0676  short chain dehydrogenase  31.62 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000931099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3270  short chain dehydrogenase  32.91 
 
 		 226 aa  99.8  3e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01679  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase  34.56 
 
 		 242 aa  99  6e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 		 237 aa  98.2  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.5 
 
 		 239 aa  97.1  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_36622  Predicted short chain-type dehydrogenase  31.62 
 
 		 250 aa  97.4  2e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5986  short chain dehydrogenase  32.92 
 
 		 220 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0076717 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 		 246 aa  97.1  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 		 231 aa  97.4  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.47 
 
 		 224 aa  95.5  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.46 
 
 		 233 aa  94.7  9e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2766  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 		 228 aa  94.4  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4186  short chain dehydrogenase  34.18 
 
 		 222 aa  94  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.61 
 
 		 238 aa  93.2  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32277  short chain dehydrogenase  27.65 
 
 		 256 aa  92.4  5e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.741112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32278  putative short chain dehydrogenase  27.38 
 
 		 255 aa  92.4  5e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0632  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 		 228 aa  91.7  8e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000159867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54817  putative short chain dehydrogenase  29.01 
 
 		 255 aa  91.7  9e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.176178  normal  0.315077 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01300  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase (JCVI)  31.92 
 
 		 260 aa  91.3  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0592  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 		 228 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.23035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0814  putative short-chain dehydrogenase/reductase  32.67 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.968056 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  32.02 
 
 		 193 aa  90.1  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.75 
 
 		 235 aa  89.7  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.71 
 
 		 245 aa  89  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000035289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.09 
 
 		 228 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.506179 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0637  short chain dehydrogenase  30.9 
 
 		 228 aa  89  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000253756 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.29 
 
 		 256 aa  89  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  29.69 
 
 		 255 aa  87.8  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0139  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.87 
 
 		 229 aa  88.2  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.22 
 
 		 238 aa  87  2e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.65 
 
 		 252 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 		 246 aa  86.3  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 		 260 aa  85.9  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0107  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 		 226 aa  85.9  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.950091 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1457  hypothetical protein  27.97 
 
 		 213 aa  85.9  5e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  27.2 
 
 		 254 aa  85.5  6e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1298  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  34.18 
 
 		 249 aa  85.5  7e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.145366  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.8 
 
 		 252 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519755  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>