More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2727 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2727  C-factor, putative  100 
 
 		 256 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  98.05 
 
 		 256 aa  507  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  72.24 
 
 		 248 aa  334  9e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0120  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.19 
 
 		 256 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.65432 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0667  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  66.02 
 
 		 256 aa  309  2e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3970  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 		 256 aa  228  9e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000000119913  decreased coverage  0.00103281 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.97 
 
 		 256 aa  219  3e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00155018 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2584  short chain dehydrogenase  45.97 
 
 		 254 aa  200  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.567266 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 		 258 aa  194  8.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.56 
 
 		 243 aa  187  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320432  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10851  hypothetical protein  43.46 
 
 		 239 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.77001  hitchhiker  0.00492189 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0395  putative short chain dehydrogenase  42.99 
 
 		 239 aa  179  4e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.518242  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40154  predicted protein  38.11 
 
 		 282 aa  178  7e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.529098  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000794  cell-cell signaling protein C-factor  40.24 
 
 		 235 aa  177  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3527  C factor cell-cell signaling protein  40.08 
 
 		 236 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1304  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 		 233 aa  176  4e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.324723  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1127  CsgA C-factor signaling protein  45.08 
 
 		 242 aa  175  6e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.596754  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0457  C factor cell-cell signaling protein  40.65 
 
 		 235 aa  175  7e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0440  C factor cell-cell signaling protein  40.24 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0466  C factor cell-cell signaling protein  40.65 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3705  C factor cell-cell signaling protein  39.02 
 
 		 236 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3873  C factor cell-cell signaling protein  40 
 
 		 235 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0523  C factor cell-cell signaling protein  39.43 
 
 		 235 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0428  C factor cell-cell signaling protein  39.29 
 
 		 236 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1351  CsgA C-factor signaling protein  45.99 
 
 		 242 aa  169  5e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.430394 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 		 246 aa  169  5e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.904753  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4170  C factor cell-cell signaling protein  39.02 
 
 		 236 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1301  C factor cell-cell signaling protein  42.16 
 
 		 263 aa  167  2e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1370  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.16 
 
 		 244 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1118  C factor cell-cell signaling protein  40.34 
 
 		 259 aa  166  4e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4061  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.9 
 
 		 253 aa  166  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.185996  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06691  C factor cell-cell signaling protein  44.1 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0409  putative short chain dehydrogenase  42.33 
 
 		 234 aa  165  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.547798  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04331  putative short chain dehydrogenase  36.89 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1411  C factor cell-cell signaling protein  46.94 
 
 		 235 aa  161  9e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04641  putative short chain dehydrogenase  37.3 
 
 		 234 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.139782  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03636  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  41.7 
 
 		 241 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.246288  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0074  C factor cell-cell signaling protein  36.25 
 
 		 253 aa  159  4e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.5 
 
 		 247 aa  159  6e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.677675  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1165  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.3 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.210939  normal  0.103918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.18 
 
 		 242 aa  157  1e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1118  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 		 242 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2109  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  40 
 
 		 252 aa  156  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.334946  normal  0.249661 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04751  putative short chain dehydrogenase  39.79 
 
 		 234 aa  155  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0516  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.55 
 
 		 244 aa  154  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.567639  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4369  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.31 
 
 		 251 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.949414 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1495  hypothetical protein  33.6 
 
 		 235 aa  150  2e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0535918  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 		 233 aa  150  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5782  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.175261  normal  0.299031 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 		 236 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.329508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0083  C factor  37.88 
 
 		 232 aa  145  5e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3708  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 		 217 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.325747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3424  hypothetical protein  40.57 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 		 229 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1087  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 		 234 aa  142  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7188  putative glucose/ribitol dehydrogenase  48.92 
 
 		 254 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.623309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 		 244 aa  140  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.543229  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2496  C factor cell-cell signaling protein  43.92 
 
 		 238 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0930  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  36.48 
 
 		 241 aa  139  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3069  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 		 217 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.325387 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_12043  predicted protein  33.71 
 
 		 260 aa  139  6e-32  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.26 
 
 		 231 aa  131  9e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3165  hypothetical protein  33.45 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.64 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3642  CsgA, Rossman fold oxidoreductase  35.77 
 
 		 219 aa  117  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01180  Rossman fold oxidoreductase, putative  27.74 
 
 		 290 aa  106  3e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0705  short-chain dehydrogenase/reductase  30.49 
 
 		 221 aa  97.4  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.096337  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002919  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 		 229 aa  96.3  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08791  short-chain dehydrogenase/reductase  29.1 
 
 		 221 aa  93.2  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07571  short-chain dehydrogenase/reductase  29.67 
 
 		 221 aa  91.3  1e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0735  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.71 
 
 		 233 aa  91.7  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.965519  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 		 231 aa  90.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.0036356  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1936  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.65 
 
 		 221 aa  89.4  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.424112  normal  0.883846 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07551  short-chain dehydrogenase/reductase  28.46 
 
 		 221 aa  88.6  9e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1267  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.23 
 
 		 232 aa  88.6  9e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.139748 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1086  short chain dehydrogenase  28.05 
 
 		 232 aa  88.2  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0975  short-chain dehydrogenase/reductase  34.27 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.264766  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1087  short-chain dehydrogenase/reductase  34.15 
 
 		 221 aa  88.2  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.236682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0979  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.05 
 
 		 232 aa  88.2  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  28.91 
 
 		 247 aa  87.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 		 223 aa  87.8  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1945  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.66 
 
 		 227 aa  86.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2690  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.82 
 
 		 232 aa  86.3  5e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.608582  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05700  conserved hypothetical protein  32.29 
 
 		 199 aa  85.9  6e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.328433 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2459  csgA protein  31.05 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.54228  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2386  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.86 
 
 		 231 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.927324 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 		 223 aa  83.2  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07591  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily protein  29.76 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.122507 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2008  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.72 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.110275 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14521  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  30.2 
 
 		 221 aa  82.4  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00861762 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1893  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.909495 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2239  short chain dehydrogenase  27.53 
 
 		 231 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4308  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.89 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0124  short chain dehydrogenase family protein  28.57 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.635136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.05 
 
 		 239 aa  79.7  0.00000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00775431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.05 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.115059  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.16 
 
 		 285 aa  79.7  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.239273 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2144  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.85459  normal  0.0309227 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01071  Short-chain dehydrogenases of various substrate specificities  30.2 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.315767  normal  0.657338 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03037  hypothetical protein  32.5 
 
 		 193 aa  79  0.00000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>