More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0406 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0406  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
658 aa  1322    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135462  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.48 
 
 
690 aa  623  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3194  histidine kinase  52.21 
 
 
663 aa  604  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3694  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  51.89 
 
 
676 aa  588  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122155  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5498  histidine kinase  51.74 
 
 
676 aa  581  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1828  sensor histidine kinase  45.73 
 
 
674 aa  536  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.719935  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3720  histidine kinase  47.68 
 
 
693 aa  532  1e-150  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4007  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.88 
 
 
656 aa  480  1e-134  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755968  normal  0.278919 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1168  sensor histidine kinase  44.44 
 
 
685 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.527437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3736  histidine kinase  41.7 
 
 
675 aa  444  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1695  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 
691 aa  382  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.113476  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0126  sensor histidine kinase  37.5 
 
 
708 aa  380  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000118135  normal  0.929624 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4717  sensor histidine kinase  36.86 
 
 
709 aa  374  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.91 
 
 
709 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000275597  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3965  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 
711 aa  375  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00131359  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.38 
 
 
714 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4075  ATPase domain-containing protein  36.76 
 
 
711 aa  374  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00205283  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4092  histidine kinase  37 
 
 
706 aa  369  1e-100  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.14 
 
 
707 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000535893  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4455  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
717 aa  360  4e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.243225  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.87 
 
 
717 aa  360  5e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273141  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4260  histidine kinase  35.87 
 
 
717 aa  360  6e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000203667  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0089  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 
705 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0206322  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.72 
 
 
717 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00270553  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.04 
 
 
713 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0360535  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0126  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.5 
 
 
705 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2086  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
699 aa  354  2.9999999999999997e-96  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003502  signal transduction histidine kinase  33.43 
 
 
659 aa  330  7e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1128  sensor histidine kinase  35.36 
 
 
677 aa  327  5e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3392  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 
662 aa  325  2e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000136214  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  32.39 
 
 
680 aa  317  4e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1403  signal transduction protein, histidine kinase  32.74 
 
 
675 aa  317  6e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  36.27 
 
 
674 aa  310  6.999999999999999e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3376  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.95 
 
 
691 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.87 
 
 
671 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414779  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1985  histidine kinase  33.04 
 
 
672 aa  300  6e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2240  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.28 
 
 
672 aa  300  6e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  33.43 
 
 
673 aa  297  4e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  35.79 
 
 
661 aa  290  4e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
661 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0142  histidine kinase  32.09 
 
 
614 aa  226  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0888  histidine kinase  30.71 
 
 
647 aa  206  9e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  37.35 
 
 
516 aa  187  6e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0613  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.19 
 
 
641 aa  184  6e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.41 
 
 
639 aa  178  2e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.78 
 
 
639 aa  176  9.999999999999999e-43  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.94 
 
 
541 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 
639 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  34.03 
 
 
542 aa  173  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1524  histidine kinase  34.98 
 
 
592 aa  173  7.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.64718e-19 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
548 aa  173  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2716  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.05 
 
 
592 aa  172  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0655  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
542 aa  172  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000210229  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.42 
 
 
640 aa  172  2e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0554  histidine kinase  32.6 
 
 
499 aa  171  4e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 
544 aa  169  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  34.82 
 
 
548 aa  168  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0494  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
491 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.73 
 
 
919 aa  167  4e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.63 
 
 
548 aa  168  4e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0960  histidine kinase  35.75 
 
 
531 aa  167  6.9999999999999995e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.34 
 
 
588 aa  167  8e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0282  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
494 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4359  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
646 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.974463  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4376  histidine kinase  32.31 
 
 
667 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.314442  normal  0.0171304 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0267  histidine kinase  32.14 
 
 
517 aa  164  7e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0229879 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2824  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 
645 aa  164  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4226  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.75 
 
 
613 aa  163  8.000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.156155  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3646  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
522 aa  163  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00328327  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2916  sensor histidine kinase  33.92 
 
 
487 aa  161  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.691073  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  39.08 
 
 
626 aa  160  8e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4382  histidine kinase  34.81 
 
 
646 aa  157  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00540034  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2042  sensor histidine kinase  34.46 
 
 
524 aa  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1855  histidine kinase  34.01 
 
 
600 aa  154  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.355606  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0619  histidine kinase  41.09 
 
 
313 aa  154  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2683  histidine kinase  29.8 
 
 
490 aa  154  5.9999999999999996e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000711589 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0750  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.49 
 
 
390 aa  154  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2829  histidine kinase  34.48 
 
 
602 aa  153  8e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  29.49 
 
 
770 aa  152  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4259  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.74 
 
 
804 aa  152  3e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1533  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.79 
 
 
488 aa  150  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1867  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.64 
 
 
586 aa  150  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  37.02 
 
 
1092 aa  150  7e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
627 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
627 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
627 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
627 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  35.56 
 
 
627 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  42.11 
 
 
819 aa  149  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2159  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
498 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
627 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2551  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.27 
 
 
396 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.14529e-19 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_887  sensor histidine kinase/response regulator  38.11 
 
 
1258 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  35.56 
 
 
627 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1167  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
551 aa  148  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1259  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.43 
 
 
505 aa  148  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000141182 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1952  histidine kinase  33.64 
 
 
560 aa  148  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2603  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.2 
 
 
570 aa  147  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3269  sensor protein  31.9 
 
 
619 aa  148  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4097  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.16 
 
 
766 aa  147  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>