More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0126 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0089  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  90.61 
 
 
705 aa  1251    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0206322  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4717  sensor histidine kinase  81.28 
 
 
709 aa  1144    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3681  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  84.64 
 
 
713 aa  1164    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0360535  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0084  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  82.39 
 
 
717 aa  1131    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0273141  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0126  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
705 aa  1430    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4455  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  82.39 
 
 
717 aa  1131    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.243225  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3872  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  81.42 
 
 
709 aa  1149    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000275597  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3965  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  81.28 
 
 
711 aa  1152    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00131359  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3915  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  70.84 
 
 
714 aa  1008    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00135351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4092  histidine kinase  83.95 
 
 
706 aa  1171    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4260  histidine kinase  82.39 
 
 
717 aa  1132    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000203667  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0126  sensor histidine kinase  79.86 
 
 
708 aa  1119    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000118135  normal  0.929624 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4315  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  82.25 
 
 
717 aa  1130    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00270553  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4075  ATPase domain-containing protein  81.42 
 
 
711 aa  1153    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00205283  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  81.53 
 
 
707 aa  1113    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000535893  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  45.01 
 
 
680 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003502  signal transduction histidine kinase  44.94 
 
 
659 aa  561  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1403  signal transduction protein, histidine kinase  43.75 
 
 
675 aa  557  1e-157  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1128  sensor histidine kinase  46.03 
 
 
677 aa  551  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2086  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.3 
 
 
699 aa  502  1e-141  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.08 
 
 
690 aa  433  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1695  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.37 
 
 
691 aa  432  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.113476  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3720  histidine kinase  37.29 
 
 
693 aa  418  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3194  histidine kinase  36.87 
 
 
663 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3694  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
676 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122155  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1828  sensor histidine kinase  35.6 
 
 
674 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.719935  normal  0.143927 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5498  histidine kinase  36.73 
 
 
676 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1168  sensor histidine kinase  33.78 
 
 
685 aa  364  3e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.527437 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3736  histidine kinase  33.18 
 
 
675 aa  360  5e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0406  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.91 
 
 
658 aa  355  2e-96  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135462  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4007  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 
656 aa  346  8.999999999999999e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755968  normal  0.278919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3392  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.06 
 
 
662 aa  318  2e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000136214  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
661 aa  312  2e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3376  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 
691 aa  309  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1057  histidine kinase  32.64 
 
 
673 aa  306  1.0000000000000001e-81  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0263803 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  32.47 
 
 
661 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2240  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 
672 aa  302  1e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1985  histidine kinase  34.93 
 
 
672 aa  303  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0775  sensor histidine kinase  33.09 
 
 
674 aa  298  2e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
671 aa  292  2e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414779  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0142  histidine kinase  30.63 
 
 
614 aa  221  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0888  histidine kinase  25.36 
 
 
647 aa  200  9e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 
639 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 
639 aa  181  5.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0599  sensor histidine kinase  34.56 
 
 
516 aa  180  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.712445  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0668  histidine kinase  38.49 
 
 
542 aa  178  4e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.512830000000001e-32 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.95 
 
 
639 aa  177  6e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  35.24 
 
 
541 aa  171  5e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0655  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
542 aa  169  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000210229  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2742  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
544 aa  168  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617202  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3530  histidine kinase  32 
 
 
548 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3383  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.45 
 
 
548 aa  164  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.918408  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.77 
 
 
640 aa  164  6e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3466  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 
548 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535402  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1952  histidine kinase  36.14 
 
 
560 aa  161  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3646  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 
522 aa  160  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00328327  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0613  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.75 
 
 
641 aa  159  1e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1867  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.62 
 
 
586 aa  158  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1796  histidine kinase  35.2 
 
 
584 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.96 
 
 
919 aa  153  1e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2011  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 
584 aa  152  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0631  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.08 
 
 
588 aa  151  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0619  histidine kinase  37.6 
 
 
313 aa  150  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1382  histidine kinase  38.21 
 
 
912 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0638  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
373 aa  148  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  31.87 
 
 
627 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  31.87 
 
 
627 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  31.87 
 
 
627 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  31.87 
 
 
627 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  31.87 
 
 
627 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  31.87 
 
 
627 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  31.87 
 
 
627 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  30.9 
 
 
626 aa  147  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  38.57 
 
 
598 aa  146  1e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.97 
 
 
1021 aa  146  1e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.95 
 
 
544 aa  145  2e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1511  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.99 
 
 
575 aa  145  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  31.76 
 
 
315 aa  145  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3901  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.21 
 
 
661 aa  145  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0390399  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1221  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.8 
 
 
862 aa  145  3e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000508764  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  35.14 
 
 
358 aa  145  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3608  sensor histidine kinase  32.68 
 
 
313 aa  144  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  37.83 
 
 
608 aa  144  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  30.02 
 
 
688 aa  144  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0672  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.8 
 
 
373 aa  144  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  28.53 
 
 
770 aa  143  9e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0201  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 
408 aa  143  9e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.39 
 
 
608 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  34.83 
 
 
358 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0960  histidine kinase  30.65 
 
 
531 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
586 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  37.39 
 
 
608 aa  143  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1167  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.29 
 
 
551 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  34.83 
 
 
389 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  34.83 
 
 
389 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  35.69 
 
 
505 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  34.83 
 
 
389 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  34.83 
 
 
389 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 
630 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.449456  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.09 
 
 
1050 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>