More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2725 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2725  cyclic nucleotide binding/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 322 aa  660    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.792666  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 608 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  33.98 
 
 		 721 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3563  cyclic nucleotide-binding protein  26.98 
 
 		 312 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187188  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 461 aa  119  6e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 555 aa  114  3e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 638 aa  113  5e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  29.64 
 
 		 388 aa  109  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.39 
 
 		 728 aa  108  1e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.42 
 
 		 557 aa  108  1e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  29.14 
 
 		 388 aa  108  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4314  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 379 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 357 aa  106  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.68 
 
 		 1032 aa  106  5e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  35.71 
 
 		 273 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36 
 
 		 565 aa  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  35.26 
 
 		 563 aa  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.51 
 
 		 772 aa  104  2e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0190  cyclic nucleotide-binding protein  28.35 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0274907  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 377 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4028  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 447 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  29.24 
 
 		 320 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1742  diguanylate cyclase  29.66 
 
 		 259 aa  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0534167  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 322 aa  102  9e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.84 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 351 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  35.37 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.33 
 
 		 550 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.15 
 
 		 704 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  38.27 
 
 		 1643 aa  99.8  5e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 610 aa  100  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 381 aa  99.8  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.15 
 
 		 713 aa  99.8  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 380 aa  100  5e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.11 
 
 		 458 aa  99.8  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  35 
 
 		 353 aa  99.8  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6549  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 546 aa  99.4  8e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.530699 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  32.95 
 
 		 688 aa  99  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 427 aa  98.6  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 646 aa  99  1e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0845  diguanylate cyclase  24.6 
 
 		 318 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 574 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 386 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  35.62 
 
 		 323 aa  97.8  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 499 aa  97.8  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1059  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.2 
 
 		 570 aa  98.2  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  35.58 
 
 		 574 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  30.06 
 
 		 609 aa  97.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0096  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 555 aa  97.4  3e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  37.65 
 
 		 457 aa  97.4  3e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 292 aa  97.1  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.13 
 
 		 1079 aa  97.1  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  36.14 
 
 		 796 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6137  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 551 aa  97.1  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11555  normal  0.0857113 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  35 
 
 		 569 aa  97.1  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  33.33 
 
 		 308 aa  96.7  5e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  30.06 
 
 		 709 aa  96.7  5e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.37 
 
 		 686 aa  96.7  5e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 659 aa  96.7  5e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  35.9 
 
 		 296 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.04 
 
 		 324 aa  96.3  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  33.12 
 
 		 371 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.47 
 
 		 901 aa  95.9  7e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  36.88 
 
 		 325 aa  96.3  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 456 aa  95.9  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 371 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 371 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  33.12 
 
 		 371 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  33.12 
 
 		 371 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  33.12 
 
 		 371 aa  95.9  9e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 758 aa  95.9  9e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 494 aa  95.9  9e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  33.53 
 
 		 609 aa  95.9  9e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 462 aa  95.5  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 564 aa  95.9  9e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  33.12 
 
 		 366 aa  95.1  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  34.76 
 
 		 574 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  34.19 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  31.55 
 
 		 640 aa  95.1  1e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  33.12 
 
 		 371 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.9 
 
 		 708 aa  95.5  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4720  diguanylate cyclase  35.5 
 
 		 428 aa  95.5  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.71 
 
 		 612 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  33.12 
 
 		 371 aa  95.1  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 486 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  33.33 
 
 		 371 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 722 aa  94.7  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1484  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 615 aa  94.7  2e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 486 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 486 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 360 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 296 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1837  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 544 aa  94  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.980403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0148  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  32.93 
 
 		 560 aa  94  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.189493 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0346  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 570 aa  94  3e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.292647 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2561  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.52 
 
 		 836 aa  94  3e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 486 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>