More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3422 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3422  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.803212  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0855  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  51.06 
 
 		 292 aa  286  2.9999999999999996e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.776251  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003057  transcriptional regulator  50.7 
 
 		 286 aa  282  4.0000000000000003e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.674929  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 321 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 301 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 330 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 330 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 323 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 330 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 324 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 325 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 325 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.61 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4517  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.408069  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4649  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  0.0278568 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3391  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0564115 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 310 aa  125  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 313 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0156  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 299 aa  122  6e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  29.72 
 
 		 293 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3690  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316859  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  27.95 
 
 		 309 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  26.35 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  31.23 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 337 aa  119  4.9999999999999996e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  28.52 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  29.31 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  28.57 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  28.28 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 315 aa  116  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 317 aa  116  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1915  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0315625 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  27.27 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0415  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  28.28 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5494  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 312 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 289 aa  115  6e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 335 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  27.55 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 306 aa  115  8.999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  28.33 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1894  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 324 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2373  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.232459  normal  0.974047 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3340  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.659318 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3341  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4825  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.28 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>