More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0855 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0855  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 292 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.776251  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3422  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 288 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.803212  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003057  transcriptional regulator  44.33 
 
 		 286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.674929  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4364  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  30.45 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 296 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  26.64 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 305 aa  123  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1542  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 315 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00182355  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 336 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  28.72 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 324 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 324 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 324 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 325 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  27.97 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 330 aa  116  3e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.7 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 298 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 319 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 325 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0156  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 309 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.46 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  28 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 300 aa  113  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  25.61 
 
 		 296 aa  113  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4804  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0414707 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6475  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.820215 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1689  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  27.95 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4684  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.43 
 
 		 318 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5648  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  26.64 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0091  LysR family transcriptional regulator  28.39 
 
 		 353 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 298 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 303 aa  112  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_003296  RS05463  transcription regulator protein  27.03 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.163697 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2533  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 340 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  27.3 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 291 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3879  LysR substrate binding domain protein  30.22 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>