More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4364 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4364  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 352 aa  711    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2533  LysR family transcriptional regulator  59.69 
 
 		 340 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  61.28 
 
 		 314 aa  364  1e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2950  LysR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 336 aa  351  8.999999999999999e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.29372  normal  0.491589 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5468  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 327 aa  348  8e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722609  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5393  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 327 aa  348  8e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147064  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4801  LysR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 311 aa  345  5e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3318  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 327 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5351  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 327 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4810  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 327 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0186  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 327 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.142233 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  55.33 
 
 		 310 aa  339  4e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1579  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 		 312 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 342 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 324 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 294 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.29 
 
 		 293 aa  159  9e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 303 aa  159  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 294 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 313 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 316 aa  158  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 334 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  30.36 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  35.57 
 
 		 305 aa  157  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 320 aa  157  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 303 aa  157  4e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5229  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 304 aa  156  6e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23572  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1187  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  156  6e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 340 aa  155  9e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  34.78 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4052  putative LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.880964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6743  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.796721 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.03 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 304 aa  153  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  29.77 
 
 		 330 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 292 aa  152  8e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 298 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 296 aa  152  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 313 aa  152  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0622  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.815272  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  30.1 
 
 		 303 aa  152  1e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 334 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  30.49 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  30.65 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>