More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2950 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2950  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  664    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.29372  normal  0.491589 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2533  LysR family transcriptional regulator  68.44 
 
 		 340 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4364  LysR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 352 aa  389  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  60.66 
 
 		 310 aa  379  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  63.37 
 
 		 314 aa  368  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5351  LysR family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 327 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5468  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 327 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722609  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5393  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 327 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147064  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4810  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 327 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4801  LysR family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 311 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3318  LysR family transcriptional regulator  56.65 
 
 		 327 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0186  LysR family transcriptional regulator  56.87 
 
 		 327 aa  325  9e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.142233 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1579  transcriptional regulator, LysR family  54.79 
 
 		 312 aa  276  3e-73  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 297 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 313 aa  173  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 318 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 304 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 305 aa  164  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 305 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 292 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 313 aa  162  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 303 aa  162  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 293 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0810  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 295 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  159  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4963  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.463042  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2063  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.656887 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  35.89 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1164  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1198  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 308 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1182  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.815774  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3770  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.14508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 299 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 303 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3283  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 298 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.96132  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.69 
 
 		 302 aa  153  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  153  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 304 aa  153  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 301 aa  152  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 335 aa  153  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 302 aa  152  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.395428  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2247  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.711859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2785  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 311 aa  152  8.999999999999999e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.769841 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3267  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.995202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1591  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.245083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4248  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 305 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 399 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 327 aa  151  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4953  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.179436 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0927  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355565  normal  0.387417 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 299 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3188  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.872504  normal  0.155223 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.62 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1355  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  30.14 
 
 		 303 aa  150  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>