More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5351 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5351  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  659    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4810  LysR family transcriptional regulator  97.86 
 
 		 327 aa  624  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.411933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5468  LysR family transcriptional regulator  90.8 
 
 		 327 aa  580  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0722609  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0186  LysR family transcriptional regulator  92.94 
 
 		 327 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.142233 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5393  LysR family transcriptional regulator  90.8 
 
 		 327 aa  580  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.147064  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4801  LysR family transcriptional regulator  92.48 
 
 		 311 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3318  LysR family transcriptional regulator  86.5 
 
 		 327 aa  549  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4752  transcriptional regulator, LysR family  62.59 
 
 		 314 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4364  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 352 aa  360  1e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2533  LysR family transcriptional regulator  56.49 
 
 		 340 aa  333  3e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.572705 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1599  LysR family transcriptional regulator  51.36 
 
 		 310 aa  313  1.9999999999999998e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.145078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2950  LysR family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 336 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.29372  normal  0.491589 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1579  transcriptional regulator, LysR family  53.79 
 
 		 312 aa  263  2e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 297 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 297 aa  153  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0028  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.391462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 321 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 335 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 318 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 340 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 342 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3549  LyrR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 299 aa  143  5e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 298 aa  143  5e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 303 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0784  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2614  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00915901  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0491  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 294 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3100  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5829  transcriptional regulator, LysR family  35.82 
 
 		 306 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.438872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 313 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 304 aa  139  7e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0149  LyrR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 294 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2818  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 316 aa  139  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 292 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  30.93 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 299 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  31.56 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  32.99 
 
 		 309 aa  138  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0247  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 305 aa  138  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000112344 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3618  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.219787  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0249  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0248  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000146756 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0246  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 302 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>