More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0156 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0156  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  619  1e-176  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0932  transcriptional regulator  39.79 
 
 		 303 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10090  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 303 aa  229  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000636611  normal  0.898763 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2157  transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  228  7e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.623501  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1969  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 296 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2779  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 304 aa  201  9e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.978059  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 343 aa  162  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 313 aa  152  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 304 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1967  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0256766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 335 aa  149  6e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  30.6 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  29.21 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0938  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  31.31 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 315 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.4 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0423  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.586718  hitchhiker  0.000106922 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3048  helix-turn-helix, Fis-type  32.52 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0203224 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1613  LysR substrate binding domain protein  32.99 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.294229  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1728  LysR substrate binding domain-containing protein  32.99 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 317 aa  139  7e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7382  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 307 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 330 aa  137  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  29.97 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1664  LysR substrate binding domain protein  33.1 
 
 		 302 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  29.23 
 
 		 293 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  29.97 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  30.34 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 303 aa  135  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0469  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.166611  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0632  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0806  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 312 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3422  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 288 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.803212  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3267  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.995202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0449  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0211  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 303 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3304  transcriptional regulator, LysR family  28.94 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0406781  hitchhiker  0.00949003 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03369  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.57 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00202868  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03322  hypothetical protein  28.57 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00215275  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0392  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  30.58 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3926  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 299 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.711763  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>