More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003057 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003057  transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  580  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.674929  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3422  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 288 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.803212  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0855  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 292 aa  233  4.0000000000000004e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.776251  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  142  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  29.39 
 
 		 309 aa  135  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3215  putative transcriptional regulator protein  30.85 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3853  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.134116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1423  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.15 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0521  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0257  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0522  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3510  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001225  transcriptional regulator LysR family  28.67 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.338504  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3788  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3844  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0481  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3970  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 314 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3712  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.75932 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  29.29 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 315 aa  127  3e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0523  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 310 aa  126  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1541  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.827921  normal  0.805114 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 335 aa  126  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3182  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 303 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.795153  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 302 aa  125  9e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0451  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5239  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2575  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 298 aa  123  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.402222 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000653  transcriptional regulator LysR family  30.14 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 301 aa  122  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2157  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.623501  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  29.43 
 
 		 305 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 325 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 324 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 298 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 325 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0773  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00220265  normal  0.22547 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  29.02 
 
 		 297 aa  119  7.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0600  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 305 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 321 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 330 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  27.21 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4936  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.74 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.249085  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 294 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 330 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3212  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.86 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1239  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3407  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 336 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 310 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  27.8 
 
 		 329 aa  115  6e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 329 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 304 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4056  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.19 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 302 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2913  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4821  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3744  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.111222 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>