154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2168 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2168  hypothetical protein  100 
 
 		 399 aa  823    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2935  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.76 
 
 		 383 aa  134  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0474976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0836  TPR repeat-containing protein  30.29 
 
 		 403 aa  127  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0293971  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0653  TPR domain-containing protein  28.67 
 
 		 386 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00726  TPR domain protein  29.52 
 
 		 385 aa  120  3e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2703  TPR domain-containing protein  27.49 
 
 		 394 aa  120  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2902  tetratricopeptide TPR_2  28.42 
 
 		 376 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.449948  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3829  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 		 397 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0177121  normal  0.253608 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0530  tetratricopeptide TPR_2  27.33 
 
 		 392 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0800  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.014788  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3705  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000033956  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3647  Tetratricopeptide domain protein  28.28 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000857085  hitchhiker  0.00481631 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0757  TPR domain-containing protein  26.69 
 
 		 395 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0626  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 406 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.13673  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0983  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 		 402 aa  109  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.145285 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0594  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 		 395 aa  107  4e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.212365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3359  TPR repeat-containing protein  26.99 
 
 		 395 aa  106  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.811599  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3529  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 		 395 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.178581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0849  TPR repeat-containing protein  27.01 
 
 		 393 aa  102  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00820886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0936  TPR repeat-containing protein  29.31 
 
 		 388 aa  99  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4120  TPR repeat-containing protein  27.85 
 
 		 380 aa  95.9  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.132007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1794  TPR repeat-containing protein  21.68 
 
 		 416 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  29.68 
 
 		 1676 aa  65.1  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1445  hypothetical protein  22.11 
 
 		 386 aa  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000257118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1815  TPR repeat-containing protein  25.27 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2760  TPR repeat-containing protein  22.92 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.258861  normal  0.160346 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  33.96 
 
 		 878 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  31.16 
 
 		 764 aa  60.1  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  31.16 
 
 		 622 aa  60.1  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  34.9 
 
 		 685 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  33.33 
 
 		 810 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 542 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  29.14 
 
 		 594 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  25.29 
 
 		 2262 aa  57.8  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0487  TPR repeat-containing protein  24.53 
 
 		 566 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  29.63 
 
 		 837 aa  57.4  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  27.52 
 
 		 585 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  24.36 
 
 		 288 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.01 
 
 		 632 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4642  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 		 249 aa  56.2  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 750 aa  55.1  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2246  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  36.8 
 
 		 252 aa  55.1  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.353905 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2678  TPR repeat-containing protein  30.28 
 
 		 480 aa  54.7  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2091  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.17 
 
 		 212 aa  54.3  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3548  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.85 
 
 		 313 aa  53.9  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.385244  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1211  TPR domain/sulfotransferase domain protein  25 
 
 		 695 aa  53.9  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4362  tetratricopeptide TPR_2  32.59 
 
 		 725 aa  53.5  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.714509 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15741  hypothetical protein  34.11 
 
 		 514 aa  53.5  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.354121 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2550  TPR repeat-containing protein  26.28 
 
 		 670 aa  53.1  0.000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.507483  normal  0.0818134 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 612 aa  52.8  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4942  TPR repeat-containing protein  37.97 
 
 		 133 aa  52.8  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00284868  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1096  sulfotransferase  26.15 
 
 		 1764 aa  52.8  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0687  TPR repeat-containing protein  23.56 
 
 		 2262 aa  52.8  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00419541 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1879  TPR repeat-containing protein  21.66 
 
 		 388 aa  52.8  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00684701 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19131  hypothetical protein  29.45 
 
 		 936 aa  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.105709 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00381  hypothetical protein  28.49 
 
 		 437 aa  51.6  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1288  sulfotransferase  34.82 
 
 		 636 aa  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.494721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  29.45 
 
 		 405 aa  51.2  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  27.33 
 
 		 374 aa  51.6  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02771  hypothetical protein  25.76 
 
 		 704 aa  51.2  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.608629 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.56 
 
 		 2240 aa  51.2  0.00004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1547  TPR domain-containing protein  36.67 
 
 		 473 aa  50.4  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.661842  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  32.14 
 
 		 603 aa  50.4  0.00005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1420  TPR repeat-containing protein  31.82 
 
 		 809 aa  50.4  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128456  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  30.41 
 
 		 718 aa  50.1  0.00006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0297  TPR repeat-containing protein  32.43 
 
 		 922 aa  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.276018  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5809  TPR repeat-containing protein  28.37 
 
 		 546 aa  49.7  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.520553 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  25.98 
 
 		 789 aa  49.7  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0812  tetratricopeptide TPR_2  29.5 
 
 		 452 aa  49.3  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.159009  normal  0.340374 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  24.82 
 
 		 587 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23400  TPR repeat-containing protein  31.09 
 
 		 183 aa  48.5  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000457247  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24171  hypothetical protein  29.59 
 
 		 733 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  30.33 
 
 		 399 aa  48.1  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1618  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 		 217 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00366972 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2992  TPR repeat-containing protein  30.08 
 
 		 824 aa  47.8  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000746825 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  29.34 
 
 		 739 aa  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1719  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 		 583 aa  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1752  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  35.29 
 
 		 409 aa  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 649 aa  47.8  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1518  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 375 aa  47.8  0.0003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.946116  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0720  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.33 
 
 		 186 aa  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1855  sulfotransferase  32.46 
 
 		 725 aa  47.8  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0957  TPR repeat-containing protein  26.85 
 
 		 161 aa  47.4  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000843973  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1208  TPR repeat-containing protein  25.48 
 
 		 389 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1303  type IV pilus biogenesis/stability protein PilW  27.13 
 
 		 266 aa  47.8  0.0004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.682058  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1590  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.26 
 
 		 294 aa  47.4  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  23.3 
 
 		 3145 aa  47.4  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4084  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 843 aa  47  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  31.91 
 
 		 816 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  24.11 
 
 		 545 aa  47.4  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0465  TPR repeat-containing protein  36.47 
 
 		 255 aa  47  0.0006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20571  SAM-binding motif-containing protein  27.54 
 
 		 780 aa  47  0.0006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.183834 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  24.55 
 
 		 828 aa  47  0.0006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2419  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 		 792 aa  47  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0484292  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1318  TPR repeat-containing protein  27.14 
 
 		 534 aa  47  0.0006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000693072  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1512  TPR domain-containing protein  27.14 
 
 		 550 aa  46.6  0.0007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0206479  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0901  tfp pilus assembly protein PilF  31.09 
 
 		 246 aa  46.6  0.0008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 448 aa  46.6  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  29.34 
 
 		 909 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2701  FecR protein  25.6 
 
 		 1237 aa  45.8  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0375839  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>