264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3404 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3404  TrkA domain-containing protein  100 
 
 		 584 aa  1083    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  40.1 
 
 		 593 aa  383  1e-105  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  41.5 
 
 		 606 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  36.39 
 
 		 593 aa  344  2e-93  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  38.07 
 
 		 588 aa  345  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  37.04 
 
 		 594 aa  343  5e-93  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1238  hypothetical protein  34.81 
 
 		 590 aa  337  2.9999999999999997e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1238  hypothetical protein  34.47 
 
 		 590 aa  334  3e-90  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3860  transporter  36.73 
 
 		 586 aa  334  3e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102256  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5342  TrkA-C domain protein  35.19 
 
 		 588 aa  332  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.270023 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  38.13 
 
 		 605 aa  327  4.0000000000000003e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5704  TrkA-C domain protein  35.53 
 
 		 588 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  35.4 
 
 		 591 aa  325  2e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1895  TrkA-C  41 
 
 		 591 aa  322  9.999999999999999e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.940085 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3381  TrkA-like  37.88 
 
 		 591 aa  320  5e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  38.24 
 
 		 614 aa  313  5.999999999999999e-84  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  36.95 
 
 		 632 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3152  Citrate transporter  37.05 
 
 		 580 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1598  TrkA-C domain protein  37.48 
 
 		 593 aa  309  9e-83  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.332959  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0637  membrane transporter  34.98 
 
 		 620 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.797217  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2081  TrkA-C  36.01 
 
 		 593 aa  306  6e-82  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  36.2 
 
 		 593 aa  306  7e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3445  TrkA domain-containing protein  37.37 
 
 		 587 aa  301  2e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3754  TrkA domain-containing protein  35.96 
 
 		 590 aa  300  4e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0621  TrkA family protein  35.75 
 
 		 590 aa  300  5e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0659  TrkA family protein  36.43 
 
 		 619 aa  295  2e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.702121  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2761  uncharacterized transporter  40.64 
 
 		 592 aa  295  2e-78  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0332677 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2162  TrkA-C  33.84 
 
 		 590 aa  293  5e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3039  TrkA domain-containing protein  35.54 
 
 		 594 aa  289  1e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4381  TrkA domain-containing protein  34.74 
 
 		 591 aa  288  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.558265  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3442  Citrate transporter  36.59 
 
 		 581 aa  277  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739627  normal  0.715274 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1887  Citrate transporter  34.31 
 
 		 641 aa  273  8.000000000000001e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.554815  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3475  citrate transporter  35.77 
 
 		 591 aa  270  4e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0424744  hitchhiker  0.000014271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  32.83 
 
 		 588 aa  258  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  32.52 
 
 		 613 aa  244  3.9999999999999997e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  32.18 
 
 		 588 aa  228  3e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  34.02 
 
 		 588 aa  225  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  32.35 
 
 		 612 aa  224  3e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  31.52 
 
 		 609 aa  223  9e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  29.47 
 
 		 589 aa  220  3.9999999999999997e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  30.91 
 
 		 592 aa  220  6e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  28.62 
 
 		 602 aa  218  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  31.69 
 
 		 588 aa  217  5.9999999999999996e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  28.62 
 
 		 596 aa  216  7e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  34.57 
 
 		 581 aa  214  1.9999999999999998e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  30.17 
 
 		 588 aa  212  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4989  Citrate transporter  34.23 
 
 		 592 aa  210  5e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.516998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  31.32 
 
 		 600 aa  208  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  32.62 
 
 		 588 aa  208  2e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  30.26 
 
 		 610 aa  207  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  27.69 
 
 		 611 aa  207  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  29.24 
 
 		 610 aa  204  4e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1777  citrate transporter  30.18 
 
 		 609 aa  203  6e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.443807 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2347  TrkA domain-containing protein  31.84 
 
 		 588 aa  202  9.999999999999999e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  33.51 
 
 		 591 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0961  TrkA-C  29.52 
 
 		 574 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  29.42 
 
 		 608 aa  199  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  29.11 
 
 		 597 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  28.38 
 
 		 610 aa  199  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1389  Citrate transporter  29.48 
 
 		 611 aa  199  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0150325  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0170  Citrate transporter  27.72 
 
 		 619 aa  198  2.0000000000000003e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  30.13 
 
 		 589 aa  198  2.0000000000000003e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  28.78 
 
 		 630 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  28.78 
 
 		 610 aa  199  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  32.01 
 
 		 609 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3490  TrkA-C domain protein  29.9 
 
 		 608 aa  197  3e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  29.24 
 
 		 610 aa  196  9e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  29.24 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  29.24 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3312  citrate transporter  28.9 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00101097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  29.24 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2776  Citrate transporter  30.59 
 
 		 619 aa  195  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  29.24 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  29.24 
 
 		 610 aa  195  2e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  28.05 
 
 		 591 aa  194  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0665  TrkA domain-containing protein  29.14 
 
 		 574 aa  193  6e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  28.47 
 
 		 592 aa  193  7e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2585  putative transporter  29.08 
 
 		 610 aa  192  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  31.09 
 
 		 609 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2668  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  29.08 
 
 		 610 aa  192  2e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238092  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2312  DASS family sodium/sulfate transporter  32.33 
 
 		 605 aa  190  5.999999999999999e-47  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.160189 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  28.36 
 
 		 621 aa  189  1e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1509  Citrate transporter  29.15 
 
 		 620 aa  189  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.355628  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  31.35 
 
 		 609 aa  188  3e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  28.4 
 
 		 592 aa  188  3e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  31.74 
 
 		 609 aa  187  4e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  27.61 
 
 		 596 aa  187  6e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3239  TrkA-C domain protein  29.53 
 
 		 613 aa  187  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0010645  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  29.3 
 
 		 593 aa  186  7e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3185  TrkA domain-containing protein  28.99 
 
 		 574 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2565  Citrate transporter  30.68 
 
 		 612 aa  186  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000262812  hitchhiker  0.00846498 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  27.44 
 
 		 596 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2884  TrkA domain-containing protein  31.42 
 
 		 619 aa  185  2.0000000000000003e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123208 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  29.12 
 
 		 616 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  26.28 
 
 		 622 aa  184  3e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0381  DASS family sodium/sulfate transporter  32.28 
 
 		 601 aa  184  4.0000000000000006e-45  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.223448  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  29.64 
 
 		 592 aa  184  4.0000000000000006e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  29.46 
 
 		 627 aa  184  4.0000000000000006e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  28.07 
 
 		 596 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2586  TrkA domain-containing protein  29.45 
 
 		 605 aa  183  8.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>