More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2761 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2761  uncharacterized transporter  100 
 
 		 592 aa  1131    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0332677 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3381  TrkA-like  74.37 
 
 		 591 aa  838    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1895  TrkA-C  73.36 
 
 		 591 aa  779    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.940085 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2162  TrkA-C  52.69 
 
 		 590 aa  591  1e-168  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1168  transporter, Divalent Anion:Sodium Symporter family  42.96 
 
 		 593 aa  461  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1094  TrkA domain-containing protein  42.83 
 
 		 593 aa  450  1e-125  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00281936  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0633  TrkA-C  41.04 
 
 		 594 aa  438  1e-121  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0927115  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1645  Citrate transporter  43.56 
 
 		 606 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.607353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1726  citrate transporter  42.31 
 
 		 588 aa  420  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0637  membrane transporter  40.54 
 
 		 620 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.797217  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3458  TrkA domain-containing protein  42.11 
 
 		 605 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0475  citrate transporter  42.27 
 
 		 632 aa  412  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0502  TrkA domain-containing protein  41.43 
 
 		 593 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.42475  hitchhiker  0.00110922 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1598  TrkA-C domain protein  41.56 
 
 		 593 aa  392  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.332959  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1887  Citrate transporter  40.62 
 
 		 641 aa  388  1e-106  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.554815  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0867  TrkA-C domain protein  43.11 
 
 		 614 aa  387  1e-106  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.18544  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1238  hypothetical protein  36.8 
 
 		 590 aa  385  1e-105  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1238  hypothetical protein  36.9 
 
 		 590 aa  385  1e-105  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3860  transporter  38.51 
 
 		 586 aa  381  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.102256  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1803  TrkA domain-containing protein  35.47 
 
 		 591 aa  380  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129836 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5342  TrkA-C domain protein  36.59 
 
 		 588 aa  377  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.270023 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2081  TrkA-C  38.11 
 
 		 593 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4381  TrkA domain-containing protein  40.37 
 
 		 591 aa  376  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.558265  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5704  TrkA-C domain protein  36.76 
 
 		 588 aa  371  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.859269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3039  TrkA domain-containing protein  38.76 
 
 		 594 aa  365  1e-100  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.170851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0621  TrkA family protein  37.37 
 
 		 590 aa  363  5.0000000000000005e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3754  TrkA domain-containing protein  37.67 
 
 		 590 aa  360  5e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0659  TrkA family protein  36.89 
 
 		 619 aa  356  7.999999999999999e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.702121  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3445  TrkA domain-containing protein  38.49 
 
 		 587 aa  347  3e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3475  citrate transporter  35.29 
 
 		 591 aa  317  3e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0424744  hitchhiker  0.000014271 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3404  TrkA domain-containing protein  39.77 
 
 		 584 aa  300  6e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0606  putative membrane transport protein  32.46 
 
 		 588 aa  265  2e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.252017  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0038  TrkA-C domain protein  29.9 
 
 		 596 aa  259  1e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0040  TrkA-C domain protein  29.7 
 
 		 602 aa  258  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1409  citrate transporter  31.31 
 
 		 613 aa  256  8e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.000000118186  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2317  TrkA domain-containing protein  34.6 
 
 		 588 aa  253  6e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.12678  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1941  TrkA-C domain protein  32.16 
 
 		 623 aa  243  7.999999999999999e-63  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4947  TrkA-C domain protein  29.06 
 
 		 597 aa  239  1e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.816628 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0636  Citrate transporter  32.21 
 
 		 616 aa  237  5.0000000000000005e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.315061  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3383  TrkA-like  29.9 
 
 		 593 aa  236  7e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0635  Citrate transporter  30.66 
 
 		 622 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4508  TrkA domain-containing protein  30.54 
 
 		 592 aa  230  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.951327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2058  citrate transporter  30.74 
 
 		 609 aa  227  4e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153049 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4408  TrkA-C domain protein  29.71 
 
 		 596 aa  226  1e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3033  citrate transporter  30.51 
 
 		 612 aa  223  7e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4471  TrkA-C domain protein  29.36 
 
 		 596 aa  223  9e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2066  TrkA domain-containing protein  30.98 
 
 		 598 aa  222  1.9999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233721 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2621  TrkA domain-containing protein  31.64 
 
 		 588 aa  222  1.9999999999999999e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0998803  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3899  TrkA domain-containing protein  30.9 
 
 		 592 aa  219  7.999999999999999e-56  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.118663 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3512  TrkA domain-containing protein  30.98 
 
 		 608 aa  217  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0656  sodium/sulphate symporter  31.11 
 
 		 592 aa  217  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1036  TrkA-C domain protein  32.06 
 
 		 627 aa  216  7e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.131112 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3152  Citrate transporter  31.95 
 
 		 580 aa  216  7e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1684  TrkA-like protein  31.39 
 
 		 588 aa  216  8e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2309  TrkA domain-containing protein  31.11 
 
 		 592 aa  216  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.887231  normal  0.094745 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1490  TrkA-C domain protein  27.04 
 
 		 624 aa  215  1.9999999999999998e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.149438 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3469  hypothetical protein  30.87 
 
 		 600 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.098173 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3442  Citrate transporter  32.99 
 
 		 581 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.739627  normal  0.715274 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0693  TrkA domain-containing protein  29.75 
 
 		 607 aa  214  3.9999999999999995e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00166729  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1821  citrate transporter family protein  29.5 
 
 		 630 aa  213  4.9999999999999996e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1447  citrate transporter family protein  29.5 
 
 		 610 aa  213  5.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0576  TrkA domain-containing protein  30.47 
 
 		 592 aa  213  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.60388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0104  Citrate transporter  32.69 
 
 		 618 aa  213  1e-53  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1555  citrate transporter  29.33 
 
 		 610 aa  211  4e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2351  TrkA domain-containing protein  31.69 
 
 		 588 aa  210  6e-53  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.119552  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1899  TrkA-C  29.95 
 
 		 592 aa  209  9e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2441  putative transporter  28.3 
 
 		 610 aa  209  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2793  TrkA domain-containing protein  28.52 
 
 		 588 aa  204  4e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1488  Citrate transporter  28.28 
 
 		 610 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1175  TrkA-C, di- and tricarboxylate transporters  29.03 
 
 		 589 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0557  citrate transporter  30.66 
 
 		 596 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000015136 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1106  TrkA-like protein  29.73 
 
 		 589 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3330  DASS family sodium/sulfate transporter  31.87 
 
 		 592 aa  201  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4056  TrkA domain-containing protein  31.87 
 
 		 592 aa  201  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0290  TrkA domain-containing protein  29.06 
 
 		 618 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0631  TrkA-C domain protein  28.5 
 
 		 599 aa  201  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3565  citrate transporter  29.13 
 
 		 609 aa  200  5e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0137837  normal  0.113815 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1537  Citrate transporter  30.51 
 
 		 604 aa  198  3e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.853419  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2668  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  28.62 
 
 		 610 aa  198  3e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238092  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1390  citrate transporter  31.81 
 
 		 581 aa  197  5.000000000000001e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3221  citrate transporter  30.36 
 
 		 609 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405525  normal  0.45192 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02217  predicted transporter  28.3 
 
 		 610 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1364  Citrate transporter  28.3 
 
 		 610 aa  196  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.020399  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1530  TrkA-C domain protein  26.98 
 
 		 591 aa  196  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02177  hypothetical protein  28.3 
 
 		 610 aa  196  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2766  uncharacterized transporter  29.07 
 
 		 599 aa  196  1e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.14891 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1360  citrate transporter  28.3 
 
 		 610 aa  196  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.611944 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3431  TRAP transporter, DctM-like membrane protein  28.3 
 
 		 610 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.346504  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2447  putative transporter  28.3 
 
 		 610 aa  196  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.392855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2836  citrate transporter  28.12 
 
 		 610 aa  194  3e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.523534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1857  TrkA-C domain protein  31.28 
 
 		 591 aa  194  3e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0660  TrkA-C  28.31 
 
 		 596 aa  193  6e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.178336  normal  0.122015 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0766  Citrate transporter  26.99 
 
 		 621 aa  193  6e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2555  Citrate transporter  26.11 
 
 		 611 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2585  putative transporter  28.14 
 
 		 610 aa  192  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.509273  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1903  citrate transporter  28.74 
 
 		 609 aa  192  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0146908  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0844  Trk family potassium uptake protein  28.53 
 
 		 616 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1558  TrkA domain-containing protein  28.96 
 
 		 613 aa  191  5e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.256635  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3931  sodium/sulfate symporter family protein  28.69 
 
 		 609 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0534753  normal  0.0578867 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2292  citrate transporter  31.01 
 
 		 596 aa  190  7e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0655867  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>