More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_2412 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  71.08 
 
 		 592 aa  838    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  60.71 
 
 		 571 aa  718    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 567 aa  1164    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  55.06 
 
 		 580 aa  639    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  54.18 
 
 		 579 aa  635    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  61.59 
 
 		 571 aa  720    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  52.63 
 
 		 569 aa  587  1e-166  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  41.11 
 
 		 553 aa  382  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  39.17 
 
 		 532 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  39.52 
 
 		 535 aa  352  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  39.31 
 
 		 537 aa  350  5e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 562 aa  304  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  36.7 
 
 		 562 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 551 aa  299  8e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  36.72 
 
 		 601 aa  296  6e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.59 
 
 		 568 aa  289  1e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.05 
 
 		 568 aa  282  1e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.96 
 
 		 582 aa  281  3e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.96 
 
 		 563 aa  280  5e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.87 
 
 		 568 aa  280  6e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.96 
 
 		 563 aa  280  6e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.96 
 
 		 582 aa  279  7e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.96 
 
 		 563 aa  279  8e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.96 
 
 		 563 aa  279  8e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 		 561 aa  279  8e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.06 
 
 		 561 aa  279  1e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  31.88 
 
 		 559 aa  278  2e-73  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.88 
 
 		 561 aa  278  2e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.88 
 
 		 561 aa  276  7e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 566 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.46 
 
 		 575 aa  274  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.2 
 
 		 569 aa  274  4.0000000000000004e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 549 aa  273  7e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.7 
 
 		 561 aa  273  7e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.16 
 
 		 563 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 		 565 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.54 
 
 		 564 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.32 
 
 		 561 aa  268  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.9 
 
 		 566 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 527 aa  267  5e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.39 
 
 		 559 aa  266  5e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 551 aa  265  2e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.6 
 
 		 569 aa  265  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.47 
 
 		 562 aa  263  6e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 559 aa  262  1e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 571 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 		 557 aa  261  3e-68  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 583 aa  260  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 567 aa  260  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 559 aa  259  6e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.15 
 
 		 586 aa  259  7e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 561 aa  259  8e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 548 aa  259  1e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 577 aa  259  1e-67  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 563 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.19 
 
 		 579 aa  258  2e-67  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.69 
 
 		 551 aa  257  4e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 584 aa  256  1.0000000000000001e-66  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 		 584 aa  254  3e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 583 aa  254  3e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.07 
 
 		 584 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  31.5 
 
 		 577 aa  253  9.000000000000001e-66  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  35.5 
 
 		 551 aa  251  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.68 
 
 		 565 aa  251  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.1 
 
 		 562 aa  250  5e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 564 aa  250  6e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.87 
 
 		 564 aa  249  7e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.27 
 
 		 577 aa  249  1e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.66 
 
 		 562 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.38 
 
 		 560 aa  246  8e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 525 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 591 aa  245  1.9999999999999999e-63  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.59 
 
 		 560 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  33.64 
 
 		 552 aa  243  5e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 569 aa  242  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.41 
 
 		 562 aa  242  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.91 
 
 		 562 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 537 aa  242  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  30.61 
 
 		 590 aa  241  4e-62  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.67 
 
 		 562 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 550 aa  239  6.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  30.49 
 
 		 573 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.05 
 
 		 562 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  29.93 
 
 		 520 aa  239  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.72 
 
 		 562 aa  239  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  31.95 
 
 		 578 aa  239  1e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.56 
 
 		 585 aa  238  2e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.74 
 
 		 562 aa  238  3e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.58 
 
 		 562 aa  238  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.3 
 
 		 562 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  31.03 
 
 		 539 aa  236  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 		 585 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 555 aa  234  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.16 
 
 		 568 aa  234  4.0000000000000004e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0310  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 533 aa  233  7.000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.280778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.14 
 
 		 572 aa  232  1e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.46 
 
 		 562 aa  232  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 544 aa  231  2e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 587 aa  231  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 565 aa  232  2e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>