More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0310 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0310  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 533 aa  1075    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.280778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3306  AMP-dependent synthetase and ligase  51.26 
 
 		 511 aa  463  1e-129  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000435597 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3767  AMP-dependent synthetase and ligase  48.55 
 
 		 512 aa  436  1e-121  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0143855  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1547  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.3 
 
 		 526 aa  430  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8762  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.32 
 
 		 510 aa  426  1e-118  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.225168 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1417  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.39 
 
 		 528 aa  420  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5079  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.22 
 
 		 506 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.216799 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4694  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.22 
 
 		 506 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.107104  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.22 
 
 		 506 aa  417  9.999999999999999e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2126  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40.93 
 
 		 546 aa  395  1e-108  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0597043  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5286  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.26 
 
 		 523 aa  394  1e-108  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.680641  normal  0.33628 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2768  AMP-dependent synthetase and ligase  46.37 
 
 		 489 aa  391  1e-107  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.997978  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1480  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.41 
 
 		 512 aa  388  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2360  AMP-dependent synthetase and ligase  43.87 
 
 		 552 aa  384  1e-105  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0362234 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3655  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.29 
 
 		 483 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334351  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3728  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.29 
 
 		 483 aa  382  1e-105  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.38736 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3475  AMP-dependent synthetase and ligase  43.65 
 
 		 524 aa  377  1e-103  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.440115  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3836  AMP-dependent synthetase and ligase  42.83 
 
 		 510 aa  376  1e-103  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3668  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.7 
 
 		 483 aa  376  1e-103  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.188298  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13594  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.21 
 
 		 507 aa  376  1e-103  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0112349  normal  0.250187 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2660  AMP-dependent synthetase and ligase  43.05 
 
 		 510 aa  375  1e-102  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.846562  normal  0.161262 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4133  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.22 
 
 		 490 aa  374  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.731956  normal  0.7945 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2861  AMP-dependent synthetase and ligase  42.22 
 
 		 508 aa  375  1e-102  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.213595 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4311  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.59 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.569405 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2525  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.94 
 
 		 478 aa  367  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.539052 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3996  AMP-dependent synthetase and ligase  40.62 
 
 		 523 aa  366  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.414143  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0384  AMP-dependent synthetase and ligase  39.32 
 
 		 522 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.766945 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  37.45 
 
 		 552 aa  355  2e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  36.25 
 
 		 552 aa  349  7e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  36.76 
 
 		 549 aa  348  1e-94  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2101  AMP-dependent synthetase and ligase  40.61 
 
 		 543 aa  348  1e-94  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.197388  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2105  AMP-dependent synthetase and ligase  38.98 
 
 		 545 aa  345  1e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  36.43 
 
 		 549 aa  344  2e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  37.11 
 
 		 560 aa  336  5e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  35.02 
 
 		 552 aa  333  6e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0234  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 843 aa  330  5.0000000000000004e-89  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000591284  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  35.78 
 
 		 544 aa  330  5.0000000000000004e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  35.1 
 
 		 549 aa  325  1e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  39.2 
 
 		 630 aa  325  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0789  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 553 aa  322  1.9999999999999998e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.109867  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 		 566 aa  318  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  37.48 
 
 		 562 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2679  AMP-binding domain protein  38.21 
 
 		 561 aa  318  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.180976  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  37.14 
 
 		 538 aa  316  5e-85  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  34.76 
 
 		 558 aa  316  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0470  AMP-binding domain protein  37.5 
 
 		 579 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.500012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1813  AMP-binding domain protein  35.69 
 
 		 560 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.659175  normal  0.258259 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3066  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 558 aa  313  4.999999999999999e-84  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.479156  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3833  AMP-binding domain protein  36.74 
 
 		 601 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  35.86 
 
 		 574 aa  312  7.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  36.52 
 
 		 557 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2285  AMP-binding domain protein  36.11 
 
 		 570 aa  310  4e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0389499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  36.55 
 
 		 538 aa  310  4e-83  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  34.49 
 
 		 560 aa  310  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2357  AMP-binding domain protein  36.99 
 
 		 570 aa  310  5e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0641132  normal  0.0814981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  37.02 
 
 		 557 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  38 
 
 		 543 aa  309  8e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1971  AMP-binding domain protein  36.3 
 
 		 578 aa  309  9e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4161  AMP-binding domain protein  36.52 
 
 		 577 aa  308  1.0000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  37.09 
 
 		 557 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4872  AMP-binding domain protein  38.08 
 
 		 549 aa  308  2.0000000000000002e-82  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2693  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 562 aa  308  2.0000000000000002e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  37.02 
 
 		 564 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0344  AMP-binding domain protein  36.41 
 
 		 562 aa  307  3e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.100012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0582  AMP-binding domain protein  33.85 
 
 		 587 aa  306  5.0000000000000004e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.44238  normal  0.647319 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5134  AMP-binding domain protein  37.63 
 
 		 518 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0657606  normal  0.735688 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2475  AMP-binding domain protein  36.6 
 
 		 574 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  0.707205 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3937  AMP-binding domain protein  35.93 
 
 		 539 aa  306  6e-82  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.104158  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4878  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 530 aa  305  1.0000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0148671 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  34.33 
 
 		 566 aa  305  2.0000000000000002e-81  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.404945  normal  0.888891 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  35.69 
 
 		 540 aa  304  3.0000000000000004e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  36.83 
 
 		 551 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  36.51 
 
 		 579 aa  303  5.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  35.86 
 
 		 540 aa  303  5.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4524  AMP-binding domain protein  35.86 
 
 		 540 aa  303  5.000000000000001e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2768  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 		 558 aa  303  6.000000000000001e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000354199 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 1043 aa  303  6.000000000000001e-81  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01449  AMP-binding domain protein  33.95 
 
 		 579 aa  302  9e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.300352  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2068  AMP-binding domain protein  33.33 
 
 		 596 aa  302  9e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3655  AMP-binding domain protein  34.99 
 
 		 565 aa  302  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3108  AMP-binding domain protein  36.2 
 
 		 546 aa  302  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.580008  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1086  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 566 aa  302  1e-80  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  36.27 
 
 		 544 aa  302  1e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3209  AMP-binding domain protein  36.2 
 
 		 546 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.609491  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 554 aa  301  2e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3009  AMP-binding domain protein  35.21 
 
 		 546 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1679  AMP-binding domain protein  35.13 
 
 		 570 aa  300  4e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4355  AMP-binding domain protein  36.4 
 
 		 577 aa  300  4e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  34.98 
 
 		 560 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1667  AMP-binding domain protein  33.97 
 
 		 549 aa  299  7e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.327549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  34.51 
 
 		 560 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  34.6 
 
 		 560 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0327  AMP-binding domain protein  33.07 
 
 		 549 aa  298  2e-79  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.347146  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1585  AMP-binding domain protein  33.14 
 
 		 549 aa  298  2e-79  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2361  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 		 550 aa  298  2e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.727031  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1442  AMP-binding domain protein  32.01 
 
 		 550 aa  297  3e-79  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.684137  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  35.51 
 
 		 564 aa  297  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2646  AMP-binding domain protein  35.5 
 
 		 570 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2721  AMP-binding domain protein  35.5 
 
 		 570 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.443793  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1739  AMP-binding domain protein  35.5 
 
 		 570 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.184325  hitchhiker  0.00142918 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>