More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3403 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3892  AMP-binding domain protein  61.5 
 
 		 576 aa  729    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3025  AMP-binding domain protein  59.96 
 
 		 576 aa  719    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0333  AMP-binding domain protein  59.09 
 
 		 571 aa  706    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1584  AMP-binding domain protein  60.85 
 
 		 570 aa  730    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3458  acyl-CoA synthetase  55.27 
 
 		 562 aa  641    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0442  AMP-binding domain protein  59.5 
 
 		 571 aa  700    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.89643  normal  0.841381 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0108  AMP-binding domain protein  60.07 
 
 		 575 aa  731    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3018  AMP-binding domain protein  60.56 
 
 		 576 aa  731    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3403  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  100 
 
 		 579 aa  1192    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2319  AMP-binding domain protein  57.89 
 
 		 565 aa  669    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770298  normal  0.0254377 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2959  AMP-binding domain protein  60.56 
 
 		 576 aa  731    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0124  AMP-binding domain protein  60.6 
 
 		 575 aa  728    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1467  AMP-binding domain protein  60.57 
 
 		 578 aa  732    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0288  AMP-binding domain protein  56.89 
 
 		 564 aa  657    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0229323  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5975  AMP-binding domain protein  56.99 
 
 		 572 aa  645    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0176  AMP-binding domain protein  60.38 
 
 		 576 aa  730    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.970705  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3290  AMP-binding domain protein  60.6 
 
 		 575 aa  733    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1448  AMP-dependent synthetase and ligase  57.92 
 
 		 596 aa  643    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0462  AMP-binding domain protein  57.71 
 
 		 564 aa  677    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3306  AMP-binding domain protein  60.91 
 
 		 576 aa  732    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63972  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0580  AMP-binding domain protein  56.74 
 
 		 576 aa  674    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.566618  normal  0.942666 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3966  AMP-binding domain protein  60.38 
 
 		 576 aa  728    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3833  AMP-binding domain protein  56.92 
 
 		 601 aa  650    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4161  AMP-binding domain protein  56.23 
 
 		 577 aa  645    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0042  AMP-binding domain protein  61.26 
 
 		 576 aa  734    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0318  AMP-binding domain protein  58.67 
 
 		 571 aa  703    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.922079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4723  AMP-binding domain protein  55.75 
 
 		 560 aa  658    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.712671  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0252  AMP-binding domain protein  56.99 
 
 		 564 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0610  AMP-binding domain protein  61.17 
 
 		 570 aa  738    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.920315  normal  0.508617 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3045  AMP-binding domain protein  57.67 
 
 		 578 aa  669    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0108  AMP-binding domain protein  60.42 
 
 		 575 aa  726    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.480818  normal  0.901201 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2947  AMP-binding domain protein  60.25 
 
 		 575 aa  725    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.768033  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0344  AMP-binding domain protein  58.65 
 
 		 562 aa  665    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.100012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0099  AMP-binding domain protein  60.07 
 
 		 575 aa  728    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0108  AMP-binding domain protein  60.25 
 
 		 575 aa  725    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.969616  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0752  AMP-binding domain protein  58.23 
 
 		 576 aa  701    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2693  AMP-dependent synthetase and ligase  58.14 
 
 		 562 aa  702    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4040  AMP-binding domain protein  60.38 
 
 		 576 aa  730    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4372  AMP-dependent synthetase and ligase  59.03 
 
 		 539 aa  654    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4355  AMP-binding domain protein  59.19 
 
 		 577 aa  669    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0470  AMP-binding domain protein  56.56 
 
 		 579 aa  642    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.500012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3764  AMP-binding domain protein  57.84 
 
 		 578 aa  669    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3353  AMP-binding domain protein  60.56 
 
 		 576 aa  731    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0354  AMP-dependent synthetase and ligase  57.27 
 
 		 576 aa  647    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.725771 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2311  acyl-CoA synthetase  54.55 
 
 		 557 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.462118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2479  acyl-CoA synthetase  54.55 
 
 		 557 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.282098  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3655  AMP-binding domain protein  53.43 
 
 		 565 aa  628  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0315072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31470  AMP-binding domain protein  54.41 
 
 		 564 aa  630  1e-179  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0028776  hitchhiker  0.0000000416298 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2679  AMP-binding domain protein  54.59 
 
 		 561 aa  629  1e-179  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.180976  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2068  AMP-binding domain protein  53.33 
 
 		 596 aa  625  1e-178  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  53.49 
 
 		 549 aa  627  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  53.78 
 
 		 552 aa  622  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2607  AMP-binding domain protein  52.78 
 
 		 570 aa  622  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  52.57 
 
 		 549 aa  622  1e-177  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2475  AMP-binding domain protein  53.04 
 
 		 574 aa  623  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0776889  normal  0.707205 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2941  acyl-CoA synthetase  53.7 
 
 		 557 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.581775  normal  0.0544542 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1679  AMP-binding domain protein  52.55 
 
 		 570 aa  619  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2285  AMP-binding domain protein  53.09 
 
 		 570 aa  619  1e-176  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0389499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1904  AMP-binding domain protein  53.64 
 
 		 573 aa  620  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2721  AMP-binding domain protein  52.24 
 
 		 570 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.443793  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2593  AMP-binding domain protein  52.91 
 
 		 574 aa  615  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2646  AMP-binding domain protein  52.24 
 
 		 570 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1693  AMP-binding domain protein  54.55 
 
 		 543 aa  616  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.301435  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2357  AMP-binding domain protein  52.91 
 
 		 570 aa  618  1e-175  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0641132  normal  0.0814981 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1739  AMP-binding domain protein  52.24 
 
 		 570 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.184325  hitchhiker  0.00142918 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1971  AMP-binding domain protein  52.91 
 
 		 578 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2361  AMP-dependent synthetase and ligase  55.12 
 
 		 550 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.727031  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0339  AMP-binding domain protein  53.09 
 
 		 602 aa  611  9.999999999999999e-175  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4037  AMP-dependent synthetase and ligase  51.65 
 
 		 558 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0518356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1389  AMP-binding domain protein  51.66 
 
 		 549 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000722424  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0308  AMP-binding domain protein  52.74 
 
 		 584 aa  608  9.999999999999999e-173  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3108  AMP-binding domain protein  52.57 
 
 		 546 aa  605  9.999999999999999e-173  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.580008  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34080  AMP-binding domain protein  53.14 
 
 		 552 aa  605  9.999999999999999e-173  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.448325  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4063  AMP-binding domain protein  52 
 
 		 560 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.365849  normal  0.0336017 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4818  AMP-binding domain protein  53.51 
 
 		 540 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3209  AMP-binding domain protein  52.57 
 
 		 546 aa  604  1.0000000000000001e-171  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.609491  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0154  AMP-dependent synthetase and ligase  51 
 
 		 566 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1563  AMP-binding domain protein  53.37 
 
 		 538 aa  603  1.0000000000000001e-171  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716975 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1778  AMP-binding domain protein  51.64 
 
 		 560 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0198659 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4437  AMP-binding domain protein  53.33 
 
 		 540 aa  601  1e-170  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2503  AMP-binding domain protein  51.45 
 
 		 568 aa  599  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4524  AMP-binding domain protein  53.33 
 
 		 540 aa  601  1e-170  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4867  AMP-binding domain protein  52.89 
 
 		 538 aa  595  1e-169  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.223701  normal  0.186874 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  51.65 
 
 		 552 aa  598  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  53.12 
 
 		 551 aa  597  1e-169  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.472076  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3009  AMP-binding domain protein  51.78 
 
 		 546 aa  595  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3661  AMP-binding domain protein  51.82 
 
 		 560 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000288335 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1813  AMP-binding domain protein  52.12 
 
 		 560 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.659175  normal  0.258259 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2083  AMP-dependent synthetase and ligase  52.7 
 
 		 544 aa  598  1e-169  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3937  AMP-binding domain protein  52.78 
 
 		 539 aa  597  1e-169  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.104158  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2984  AMP-binding domain protein  53.63 
 
 		 546 aa  597  1e-169  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.136347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5134  AMP-binding domain protein  53.5 
 
 		 518 aa  593  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0657606  normal  0.735688 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0770  AMP-dependent synthetase and ligase  48.22 
 
 		 566 aa  587  1e-166  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.404945  normal  0.888891 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0241  AMP-dependent synthetase and ligase  54.76 
 
 		 545 aa  585  1e-166  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.276778  normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2692  AMP-binding domain protein  50.92 
 
 		 552 aa  585  1e-166  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.262026  normal  0.421392 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4008  AMP-dependent synthetase and ligase  51.62 
 
 		 1043 aa  585  1e-166  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1963  AMP-binding domain protein  50.27 
 
 		 560 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.17114  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  51.75 
 
 		 544 aa  584  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1627  AMP-dependent synthetase and ligase  48.92 
 
 		 571 aa  580  1e-164  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1086  AMP-dependent synthetase and ligase  48.4 
 
 		 566 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>