More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3685 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  84.72 
 
 		 601 aa  990    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 562 aa  1151    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  96.8 
 
 		 562 aa  1120    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  53.47 
 
 		 553 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  52.57 
 
 		 532 aa  560  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  53.04 
 
 		 535 aa  560  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  52.65 
 
 		 537 aa  548  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  43.75 
 
 		 551 aa  445  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  45.47 
 
 		 527 aa  427  1e-118  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  39.54 
 
 		 579 aa  352  7e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  39.61 
 
 		 571 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  39.79 
 
 		 580 aa  337  2.9999999999999997e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  36.9 
 
 		 569 aa  335  2e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  38.47 
 
 		 571 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.42 
 
 		 563 aa  330  4e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 582 aa  329  7e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 563 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.82 
 
 		 561 aa  326  9e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.7 
 
 		 561 aa  325  2e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  37.37 
 
 		 584 aa  325  2e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 563 aa  324  3e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 582 aa  324  3e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 563 aa  324  3e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.35 
 
 		 561 aa  323  7e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.76 
 
 		 568 aa  322  9.000000000000001e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.65 
 
 		 569 aa  320  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.49 
 
 		 561 aa  318  2e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.53 
 
 		 567 aa  317  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.67 
 
 		 566 aa  316  6e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.68 
 
 		 571 aa  316  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.81 
 
 		 561 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.1 
 
 		 565 aa  313  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.05 
 
 		 559 aa  312  1e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.52 
 
 		 564 aa  310  5e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.46 
 
 		 568 aa  310  5.9999999999999995e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.2 
 
 		 566 aa  306  6e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  37.18 
 
 		 561 aa  306  6e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 		 539 aa  306  7e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  36.59 
 
 		 567 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.66 
 
 		 568 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 		 553 aa  303  5.000000000000001e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.74 
 
 		 559 aa  300  7e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.32 
 
 		 551 aa  297  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  37.06 
 
 		 592 aa  297  3e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 561 aa  294  2e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 557 aa  293  8e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 549 aa  292  1e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.4 
 
 		 586 aa  291  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.41 
 
 		 560 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 555 aa  291  2e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.1 
 
 		 563 aa  291  3e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.78 
 
 		 565 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 559 aa  289  8e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 559 aa  286  5e-76  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 551 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  33.89 
 
 		 583 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 514 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.61 
 
 		 584 aa  277  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  34.89 
 
 		 525 aa  277  3e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 520 aa  276  7e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 569 aa  275  1.0000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 		 565 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  36.51 
 
 		 552 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.3 
 
 		 560 aa  273  6e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 563 aa  272  1e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.14 
 
 		 521 aa  272  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 565 aa  270  4e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.64 
 
 		 565 aa  270  5e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 565 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 565 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 525 aa  268  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 550 aa  267  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 569 aa  266  5e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 		 577 aa  266  5.999999999999999e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 565 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 578 aa  266  1e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 558 aa  265  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 		 564 aa  264  3e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 		 583 aa  264  4e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.15 
 
 		 562 aa  263  6.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  36.38 
 
 		 551 aa  263  8.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.51 
 
 		 564 aa  262  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  32.53 
 
 		 577 aa  261  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 		 565 aa  261  2e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 512 aa  261  3e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 553 aa  261  3e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.97 
 
 		 563 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  32.37 
 
 		 585 aa  260  5.0000000000000005e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.6 
 
 		 503 aa  260  6e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 584 aa  259  8e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.31 
 
 		 562 aa  259  1e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  31.53 
 
 		 573 aa  259  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.03 
 
 		 563 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.72 
 
 		 562 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.09 
 
 		 562 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 549 aa  258  2e-67  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.72 
 
 		 562 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  32.43 
 
 		 552 aa  257  4e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.71 
 
 		 557 aa  257  4e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 558 aa  256  6e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>