More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4457 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.68 
 
 		 568 aa  657    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  71.48 
 
 		 565 aa  835    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.61 
 
 		 571 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.7 
 
 		 568 aa  666    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  73.04 
 
 		 586 aa  842    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.95 
 
 		 566 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 563 aa  1174    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.42 
 
 		 568 aa  666    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.42 
 
 		 560 aa  632  1e-180  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.62 
 
 		 553 aa  631  1e-180  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.45 
 
 		 559 aa  625  1e-178  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.61 
 
 		 560 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.54 
 
 		 569 aa  610  1e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.69 
 
 		 575 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.61 
 
 		 564 aa  598  1e-170  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.41 
 
 		 564 aa  593  1e-168  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.61 
 
 		 559 aa  592  1e-168  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.33 
 
 		 567 aa  583  1.0000000000000001e-165  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.89 
 
 		 565 aa  580  1e-164  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.28 
 
 		 584 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  52.74 
 
 		 563 aa  551  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49 
 
 		 551 aa  537  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  45.99 
 
 		 559 aa  525  1e-148  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.39 
 
 		 562 aa  516  1.0000000000000001e-145  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5508  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  45.55 
 
 		 675 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.87 
 
 		 563 aa  356  6.999999999999999e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.72 
 
 		 561 aa  355  1e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.87 
 
 		 563 aa  355  1e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.62 
 
 		 561 aa  355  2e-96  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.51 
 
 		 561 aa  354  2e-96  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.51 
 
 		 582 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.98 
 
 		 582 aa  351  2e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.69 
 
 		 563 aa  351  2e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.69 
 
 		 563 aa  351  2e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.36 
 
 		 561 aa  351  2e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  35.85 
 
 		 561 aa  346  8e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 559 aa  345  1e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.94 
 
 		 561 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  36.23 
 
 		 539 aa  341  2e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 583 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  35.35 
 
 		 557 aa  332  9e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.47 
 
 		 551 aa  332  1e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  37.38 
 
 		 555 aa  331  2e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  38.27 
 
 		 552 aa  330  3e-89  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  35.9 
 
 		 577 aa  326  6e-88  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 566 aa  325  1e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 561 aa  325  1e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 		 585 aa  325  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  36.85 
 
 		 549 aa  325  2e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 532 aa  322  9.000000000000001e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  37.24 
 
 		 537 aa  318  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  36.15 
 
 		 565 aa  315  9.999999999999999e-85  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 577 aa  315  9.999999999999999e-85  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 579 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.57 
 
 		 512 aa  313  3.9999999999999997e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  35.71 
 
 		 548 aa  309  9e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.75 
 
 		 514 aa  307  4.0000000000000004e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  34.51 
 
 		 555 aa  306  5.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 521 aa  306  5.0000000000000004e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 590 aa  306  5.0000000000000004e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 569 aa  306  9.000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 564 aa  306  1.0000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 525 aa  302  8.000000000000001e-81  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.98 
 
 		 578 aa  302  1e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 591 aa  301  3e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 		 551 aa  300  5e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  35.38 
 
 		 553 aa  300  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 543 aa  300  7e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  35.95 
 
 		 553 aa  298  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 577 aa  297  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 549 aa  296  6e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.99 
 
 		 584 aa  295  2e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.35 
 
 		 512 aa  295  2e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.65 
 
 		 510 aa  295  2e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  34.73 
 
 		 564 aa  294  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 577 aa  294  3e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 510 aa  294  3e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 510 aa  294  3e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 544 aa  294  3e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 510 aa  293  5e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 510 aa  293  5e-78  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 510 aa  293  6e-78  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 523 aa  291  2e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 510 aa  291  2e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  33.94 
 
 		 536 aa  290  3e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 		 550 aa  291  3e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  32.81 
 
 		 583 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  35.1 
 
 		 562 aa  291  3e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 518 aa  290  4e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.08 
 
 		 510 aa  290  5.0000000000000004e-77  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.08 
 
 		 510 aa  289  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  34.91 
 
 		 601 aa  288  2e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.59 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.87 
 
 		 572 aa  287  4e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.71 
 
 		 510 aa  286  7e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  34.21 
 
 		 508 aa  286  9e-76  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.63 
 
 		 561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.96 
 
 		 572 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 553 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>