More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0928 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  64.72 
 
 		 552 aa  730    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  59.78 
 
 		 555 aa  664    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 553 aa  1127    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  58.81 
 
 		 555 aa  656    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  58.39 
 
 		 548 aa  634  1e-180  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  55.84 
 
 		 550 aa  604  1.0000000000000001e-171  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  52.83 
 
 		 561 aa  562  1.0000000000000001e-159  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4754  AMP-dependent synthetase and ligase  47.36 
 
 		 573 aa  450  1e-125  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.548745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  39.02 
 
 		 557 aa  372  1e-102  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  38.17 
 
 		 566 aa  363  5.0000000000000005e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 		 559 aa  360  3e-98  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 539 aa  359  7e-98  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 583 aa  353  4e-96  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.9 
 
 		 582 aa  347  3e-94  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.23 
 
 		 561 aa  347  4e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.41 
 
 		 582 aa  347  4e-94  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.41 
 
 		 563 aa  347  5e-94  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.9 
 
 		 563 aa  346  5e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.08 
 
 		 563 aa  346  5e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.41 
 
 		 563 aa  347  5e-94  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.59 
 
 		 561 aa  346  6e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.85 
 
 		 551 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.23 
 
 		 561 aa  345  1e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.9 
 
 		 561 aa  345  1e-93  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.05 
 
 		 561 aa  343  5e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 561 aa  342  1e-92  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 569 aa  335  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.76 
 
 		 514 aa  333  4e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.16 
 
 		 585 aa  332  7.000000000000001e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.59 
 
 		 512 aa  331  2e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 		 565 aa  331  2e-89  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.44 
 
 		 512 aa  330  3e-89  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 583 aa  326  6e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  38.98 
 
 		 544 aa  325  2e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  35.64 
 
 		 564 aa  323  5e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  38.21 
 
 		 521 aa  323  6e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  36.75 
 
 		 549 aa  323  6e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  36.09 
 
 		 584 aa  322  9.999999999999999e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 567 aa  320  3.9999999999999996e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  34.52 
 
 		 513 aa  319  7e-86  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  36.36 
 
 		 577 aa  319  7e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.67 
 
 		 566 aa  318  1e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.34 
 
 		 549 aa  318  2e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.34 
 
 		 585 aa  317  4e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.45 
 
 		 510 aa  313  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.69 
 
 		 510 aa  312  9e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.9 
 
 		 510 aa  312  9e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 		 560 aa  311  2e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.7 
 
 		 510 aa  311  2e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 577 aa  311  2e-83  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.69 
 
 		 510 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.49 
 
 		 510 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.49 
 
 		 510 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.05 
 
 		 510 aa  310  4e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2588  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 591 aa  310  5e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.401336  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.49 
 
 		 510 aa  310  5.9999999999999995e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.29 
 
 		 510 aa  309  6.999999999999999e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.4 
 
 		 571 aa  309  8e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  39.06 
 
 		 506 aa  308  1.0000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.85 
 
 		 510 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  36.74 
 
 		 506 aa  308  1.0000000000000001e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 590 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 578 aa  307  3e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.73 
 
 		 551 aa  307  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 577 aa  306  9.000000000000001e-82  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.88 
 
 		 586 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 527 aa  305  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.75 
 
 		 560 aa  305  2.0000000000000002e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.38 
 
 		 564 aa  304  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1015  AMP-dependent synthetase and ligase  35.96 
 
 		 498 aa  303  5.000000000000001e-81  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.00519801 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2064  long-chain fatty-acid-CoA ligase  35.8 
 
 		 560 aa  302  8.000000000000001e-81  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 591 aa  302  8.000000000000001e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 		 573 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 575 aa  301  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.74 
 
 		 553 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.88 
 
 		 525 aa  300  3e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 543 aa  301  3e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.11 
 
 		 567 aa  300  5e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.38 
 
 		 563 aa  300  6e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 520 aa  299  9e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.14 
 
 		 565 aa  299  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  36.6 
 
 		 563 aa  298  2e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 564 aa  298  2e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000129983 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.61 
 
 		 564 aa  298  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.64 
 
 		 559 aa  296  6e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 584 aa  296  9e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 568 aa  293  6e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 579 aa  293  8e-78  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 		 569 aa  291  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.78 
 
 		 557 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  34.04 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 562 aa  291  3e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5806  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 		 562 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154251  normal  0.312131 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 		 564 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1054  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 584 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.63665  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1534  AMP-dependent synthetase and ligase  35.08 
 
 		 584 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.61 
 
 		 557 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 508 aa  290  7e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1510  AMP-dependent synthetase and ligase  34.9 
 
 		 584 aa  289  8e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.79948  hitchhiker  0.00072846 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 536 aa  289  1e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>