More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_1821 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  64.6 
 
 
555 aa  712    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  60.47 
 
 
548 aa  668    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  62.55 
 
 
552 aa  692    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  59.46 
 
 
555 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
550 aa  1108    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  55.84 
 
 
553 aa  604  1.0000000000000001e-171  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  50.36 
 
 
561 aa  536  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4754  AMP-dependent synthetase and ligase  48.99 
 
 
573 aa  491  1e-137  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.548745  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  39.17 
 
 
557 aa  360  3e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  39.35 
 
 
566 aa  348  1e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.95 
 
 
561 aa  347  3e-94  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  37.88 
 
 
561 aa  345  1e-93  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.95 
 
 
563 aa  344  2e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.59 
 
 
582 aa  344  2e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 
561 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 
563 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.25 
 
 
561 aa  342  1e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 
563 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.89 
 
 
561 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 
582 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 
563 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  37.59 
 
 
559 aa  339  7e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37 
 
 
561 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  41.21 
 
 
539 aa  336  7e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  39.18 
 
 
549 aa  333  5e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0807  AMP-dependent synthetase and ligase  37.25 
 
 
513 aa  330  6e-89  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  37.79 
 
 
560 aa  329  8e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 
583 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  37.23 
 
 
558 aa  327  3e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  38.42 
 
 
565 aa  327  3e-88  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  37.57 
 
 
565 aa  326  6e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 
583 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  36.45 
 
 
569 aa  322  9.999999999999999e-87  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 
584 aa  321  1.9999999999999998e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 
551 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  36.43 
 
 
561 aa  318  2e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.66 
 
 
563 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
553 aa  316  6e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.14 
 
 
567 aa  315  9.999999999999999e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 
585 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1704  AMP-dependent synthetase and ligase  36.58 
 
 
599 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.180137  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.48 
 
 
562 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  37.37 
 
 
558 aa  313  4.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.43 
 
 
560 aa  313  4.999999999999999e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1672  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 
601 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.455088 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.16 
 
 
554 aa  312  7.999999999999999e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.36 
 
 
569 aa  312  9e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  35.36 
 
 
591 aa  312  1e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.36 
 
 
569 aa  311  1e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2778  putative long chain fatty-acid CoA ligase(long- chain acyl-CoA synthetase)  34.56 
 
 
604 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.422591  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 
560 aa  312  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.79 
 
 
557 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  34.71 
 
 
590 aa  310  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 
557 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 
562 aa  311  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 
567 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.08 
 
 
560 aa  309  6.999999999999999e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.98 
 
 
581 aa  309  6.999999999999999e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.44 
 
 
557 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 
557 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.99 
 
 
581 aa  309  8e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 
549 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.64 
 
 
566 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.04 
 
 
562 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  34.91 
 
 
559 aa  308  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.27 
 
 
563 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.21 
 
 
557 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.33 
 
 
549 aa  308  2.0000000000000002e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 
569 aa  307  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.49 
 
 
561 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.18 
 
 
569 aa  306  9.000000000000001e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 
527 aa  304  2.0000000000000002e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4769  AMP-dependent synthetase and ligase  37.14 
 
 
563 aa  305  2.0000000000000002e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0138  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.11 
 
 
566 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.938727  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 
557 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.17 
 
 
562 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.17 
 
 
562 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 
565 aa  304  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.49 
 
 
563 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1015  AMP-dependent synthetase and ligase  37.33 
 
 
498 aa  303  4.0000000000000003e-81  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  decreased coverage  0.00519801 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 
557 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 
573 aa  303  5.000000000000001e-81  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.3 
 
 
565 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.19 
 
 
512 aa  303  6.000000000000001e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.3 
 
 
557 aa  303  7.000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 
579 aa  303  7.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 
584 aa  302  9e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.7 
 
 
563 aa  302  9e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1265  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 
566 aa  302  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.47 
 
 
557 aa  302  1e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3563  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.22 
 
 
557 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3556  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.22 
 
 
557 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207193  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  40.19 
 
 
506 aa  302  1e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3537  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.22 
 
 
557 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.42 
 
 
562 aa  302  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  35.04 
 
 
553 aa  301  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.11 
 
 
565 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4674  AMP-dependent synthetase and ligase  33.88 
 
 
584 aa  301  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0112629 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.15 
 
 
514 aa  301  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.85 
 
 
557 aa  301  2e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>