More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5508 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5508  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  100 
 
 
675 aa  1392    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.82 
 
 
575 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.91 
 
 
564 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.82 
 
 
584 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.99 
 
 
571 aa  489  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  48.9 
 
 
563 aa  486  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.55 
 
 
563 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.78 
 
 
566 aa  484  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.13 
 
 
568 aa  474  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.2 
 
 
568 aa  473  1e-132  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.37 
 
 
568 aa  472  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.68 
 
 
559 aa  471  1.0000000000000001e-131  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.27 
 
 
565 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 
553 aa  461  9.999999999999999e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.35 
 
 
560 aa  461  9.999999999999999e-129  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.88 
 
 
564 aa  446  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.07 
 
 
586 aa  445  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.19 
 
 
565 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.45 
 
 
569 aa  437  1e-121  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.96 
 
 
560 aa  439  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.93 
 
 
567 aa  432  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.3 
 
 
551 aa  426  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.64 
 
 
559 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  38.69 
 
 
559 aa  397  1e-109  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.39 
 
 
562 aa  385  1e-105  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 
561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 
559 aa  284  4.0000000000000003e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 
552 aa  278  2e-73  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  32.97 
 
 
557 aa  277  5e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 
549 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 
536 aa  271  4e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 
566 aa  270  5.9999999999999995e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.84 
 
 
583 aa  265  2e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 
525 aa  264  3e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  30.95 
 
 
539 aa  265  3e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 
521 aa  264  4e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.73 
 
 
582 aa  262  2e-68  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.92 
 
 
561 aa  261  2e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.84 
 
 
561 aa  261  3e-68  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.31 
 
 
561 aa  259  8e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.21 
 
 
561 aa  259  8e-68  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  29.73 
 
 
551 aa  259  1e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.71 
 
 
563 aa  259  2e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  31.79 
 
 
527 aa  258  2e-67  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.54 
 
 
563 aa  258  3e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 
569 aa  256  8e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 
508 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  36.33 
 
 
505 aa  255  2.0000000000000002e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.54 
 
 
563 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.54 
 
 
582 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.54 
 
 
563 aa  254  4.0000000000000004e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 
565 aa  254  4.0000000000000004e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  33.08 
 
 
523 aa  254  5.000000000000001e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 
512 aa  254  5.000000000000001e-66  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 
561 aa  253  6e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 
555 aa  253  8.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.96 
 
 
515 aa  253  1e-65  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 
543 aa  251  2e-65  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 
561 aa  252  2e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 
583 aa  250  7e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 
585 aa  249  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 
584 aa  248  3e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  31.73 
 
 
518 aa  248  3e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.34 
 
 
510 aa  248  3e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0142  AMP-dependent synthetase and ligase  33.95 
 
 
508 aa  246  9.999999999999999e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.15 
 
 
510 aa  246  9.999999999999999e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 
521 aa  246  9.999999999999999e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 
510 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.15 
 
 
510 aa  245  1.9999999999999999e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  31.59 
 
 
532 aa  245  1.9999999999999999e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.88 
 
 
514 aa  245  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 
510 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 
537 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 
510 aa  244  3.9999999999999997e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 
544 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 
510 aa  243  7e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 
510 aa  243  7.999999999999999e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.73 
 
 
506 aa  243  9e-63  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 
510 aa  242  1e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.78 
 
 
510 aa  241  4e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 
549 aa  241  4e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 
573 aa  241  4e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 
537 aa  240  5.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  30.29 
 
 
564 aa  240  5.999999999999999e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.28 
 
 
577 aa  240  6.999999999999999e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.65 
 
 
512 aa  239  1e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0734  AMP-dependent synthetase and ligase  34.65 
 
 
511 aa  238  3e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.52 
 
 
555 aa  238  4e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  31.64 
 
 
584 aa  236  9e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3333  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 
519 aa  236  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 
548 aa  235  2.0000000000000002e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  32.69 
 
 
535 aa  234  3e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 
511 aa  233  6e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.96 
 
 
510 aa  233  6e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4005  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 
522 aa  233  7.000000000000001e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 
506 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.51 
 
 
585 aa  233  8.000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7687  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  32.2 
 
 
500 aa  233  9e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1423  AMP-dependent synthetase and ligase  34.74 
 
 
510 aa  232  1e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.11 
 
 
577 aa  232  1e-59  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>