More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2635 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.63 
 
 		 559 aa  673    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.58 
 
 		 568 aa  891    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  76.12 
 
 		 568 aa  897    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.95 
 
 		 563 aa  645    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.82 
 
 		 564 aa  711    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  90.11 
 
 		 571 aa  1059    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  75.58 
 
 		 568 aa  891    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  62.52 
 
 		 559 aa  706    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 566 aa  1179    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.03 
 
 		 565 aa  722    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.07 
 
 		 567 aa  703    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.51 
 
 		 569 aa  720    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.68 
 
 		 560 aa  630  1e-179  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  55.04 
 
 		 553 aa  624  1e-177  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.74 
 
 		 565 aa  624  1e-177  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.76 
 
 		 560 aa  616  1e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.36 
 
 		 586 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.94 
 
 		 575 aa  596  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.16 
 
 		 564 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  48.28 
 
 		 559 aa  572  1.0000000000000001e-162  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  51.64 
 
 		 563 aa  555  1e-157  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.18 
 
 		 584 aa  552  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.37 
 
 		 551 aa  536  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.47 
 
 		 562 aa  498  1e-139  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5508  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  45.78 
 
 		 675 aa  466  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  37.15 
 
 		 557 aa  366  1e-100  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.04 
 
 		 561 aa  368  1e-100  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.94 
 
 		 563 aa  362  1e-98  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 		 563 aa  361  2e-98  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.43 
 
 		 561 aa  361  2e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 		 563 aa  360  3e-98  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.41 
 
 		 582 aa  360  3e-98  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.77 
 
 		 563 aa  360  3e-98  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.43 
 
 		 561 aa  360  6e-98  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 561 aa  359  7e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.59 
 
 		 582 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.8 
 
 		 561 aa  355  8.999999999999999e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 		 561 aa  352  1e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  37.59 
 
 		 532 aa  352  1e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  37.68 
 
 		 552 aa  350  4e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  37.79 
 
 		 555 aa  350  4e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.16 
 
 		 555 aa  347  4e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 559 aa  345  1e-93  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  36.22 
 
 		 561 aa  345  1e-93  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 566 aa  344  2e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  35.75 
 
 		 551 aa  339  9e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  38.81 
 
 		 521 aa  337  1.9999999999999998e-91  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  37.04 
 
 		 536 aa  334  3e-90  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  38.84 
 
 		 512 aa  332  8e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 577 aa  331  2e-89  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  37.59 
 
 		 549 aa  330  3e-89  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 577 aa  329  7e-89  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 569 aa  327  4.0000000000000003e-88  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.28 
 
 		 539 aa  326  6e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.3 
 
 		 579 aa  326  8.000000000000001e-88  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 583 aa  324  2e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  35.79 
 
 		 537 aa  324  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 548 aa  322  9.999999999999999e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 535 aa  320  6e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 553 aa  319  7e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 		 553 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 551 aa  318  2e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 565 aa  312  1e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  35.02 
 
 		 523 aa  308  2.0000000000000002e-82  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  33.5 
 
 		 590 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  35.68 
 
 		 527 aa  307  3e-82  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 		 562 aa  306  6e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.78 
 
 		 583 aa  306  8.000000000000001e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  36.6 
 
 		 508 aa  303  8.000000000000001e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 584 aa  301  2e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  35.66 
 
 		 562 aa  301  3e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  34.69 
 
 		 498 aa  299  7e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.25 
 
 		 577 aa  299  8e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.85 
 
 		 514 aa  299  9e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3506  AMP-dependent synthetase and ligase  37.67 
 
 		 505 aa  297  3e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0661851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 		 591 aa  296  5e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  35.05 
 
 		 584 aa  296  9e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  35.99 
 
 		 569 aa  296  9e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 550 aa  296  1e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  33.87 
 
 		 564 aa  295  1e-78  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  36.17 
 
 		 495 aa  295  1e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  33.9 
 
 		 578 aa  295  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 662 aa  294  3e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 		 577 aa  294  3e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 558 aa  293  5e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.87 
 
 		 566 aa  293  8e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  35.22 
 
 		 564 aa  292  1e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0200  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 566 aa  291  2e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.366303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 518 aa  291  3e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 		 512 aa  291  3e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.34 
 
 		 572 aa  291  3e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  33.57 
 
 		 560 aa  291  3e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.27 
 
 		 585 aa  290  4e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.58 
 
 		 561 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 506 aa  289  1e-76  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.58 
 
 		 561 aa  289  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 525 aa  288  2e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.4 
 
 		 561 aa  287  4e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.4 
 
 		 583 aa  287  4e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.4 
 
 		 561 aa  287  4e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>