More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3362 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  84.01 
 
 		 601 aa  978    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 562 aa  1152    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  96.8 
 
 		 562 aa  1120    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  53.1 
 
 		 553 aa  569  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  51.84 
 
 		 532 aa  550  1e-155  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  52.48 
 
 		 535 aa  551  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  51.74 
 
 		 537 aa  538  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  42.96 
 
 		 551 aa  445  1e-123  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  44.57 
 
 		 527 aa  422  1e-116  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  39.29 
 
 		 579 aa  348  2e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  39.18 
 
 		 571 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  36.51 
 
 		 569 aa  331  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 582 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  38.75 
 
 		 571 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.24 
 
 		 563 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 582 aa  326  7e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 563 aa  326  8.000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 563 aa  326  9e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.88 
 
 		 563 aa  326  9e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 584 aa  325  2e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  38.54 
 
 		 580 aa  325  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.64 
 
 		 561 aa  323  4e-87  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.53 
 
 		 561 aa  322  8e-87  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 		 561 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.07 
 
 		 566 aa  316  9e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.07 
 
 		 568 aa  311  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.45 
 
 		 561 aa  311  2e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.16 
 
 		 559 aa  308  1.0000000000000001e-82  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.91 
 
 		 569 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.51 
 
 		 561 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.95 
 
 		 571 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.66 
 
 		 566 aa  301  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 		 553 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.99 
 
 		 567 aa  301  3e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  36.7 
 
 		 567 aa  300  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.75 
 
 		 565 aa  300  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 539 aa  299  8e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.51 
 
 		 568 aa  299  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.31 
 
 		 564 aa  298  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.62 
 
 		 551 aa  298  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 561 aa  298  2e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 549 aa  296  8e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  37.23 
 
 		 592 aa  294  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 561 aa  293  5e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 557 aa  293  7e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.67 
 
 		 568 aa  293  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 559 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 559 aa  286  9e-76  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.86 
 
 		 560 aa  284  3.0000000000000004e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  34.18 
 
 		 559 aa  283  4.0000000000000003e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 551 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.56 
 
 		 555 aa  280  5e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.06 
 
 		 563 aa  280  5e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 514 aa  279  8e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 565 aa  279  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.18 
 
 		 586 aa  278  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  32.19 
 
 		 583 aa  276  8e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 		 520 aa  274  3e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 569 aa  273  5.000000000000001e-72  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 564 aa  273  9e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 525 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  35.54 
 
 		 552 aa  270  7e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.32 
 
 		 565 aa  269  8e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.47 
 
 		 584 aa  265  1e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  34.61 
 
 		 565 aa  265  1e-69  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.4 
 
 		 560 aa  266  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  34.97 
 
 		 563 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 521 aa  264  3e-69  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  34.2 
 
 		 577 aa  264  3e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.32 
 
 		 565 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.32 
 
 		 565 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 578 aa  263  6e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.14 
 
 		 565 aa  263  6e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 584 aa  263  8.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 583 aa  262  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 577 aa  262  1e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26720  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.54 
 
 		 503 aa  261  3e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.371331  normal  0.219754 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.96 
 
 		 558 aa  260  5.0000000000000005e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 		 573 aa  259  7e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  32.37 
 
 		 585 aa  259  9e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 525 aa  259  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.78 
 
 		 562 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.51 
 
 		 564 aa  258  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 662 aa  256  5e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 565 aa  256  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.95 
 
 		 555 aa  256  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 527 aa  256  8e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5833  AMP-dependent synthetase and ligase  34.26 
 
 		 569 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  35.65 
 
 		 551 aa  255  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1573  AMP-binding domain protein  31.33 
 
 		 552 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.116566  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 558 aa  253  5.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.31 
 
 		 583 aa  253  5.000000000000001e-66  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 591 aa  253  9.000000000000001e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 553 aa  253  9.000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.72 
 
 		 563 aa  252  1e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  33.89 
 
 		 550 aa  252  1e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.6 
 
 		 585 aa  252  1e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.34 
 
 		 577 aa  252  1e-65  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  32.92 
 
 		 549 aa  252  1e-65  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.97 
 
 		 563 aa  251  2e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>