More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1635 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  61.2 
 
 		 592 aa  705    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 571 aa  1164    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  90.72 
 
 		 571 aa  1065    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  58.66 
 
 		 580 aa  664    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  55.11 
 
 		 579 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  61.59 
 
 		 567 aa  720    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  52.55 
 
 		 569 aa  596  1e-169  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  41.06 
 
 		 553 aa  384  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  40.86 
 
 		 532 aa  369  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  41.59 
 
 		 535 aa  361  2e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  40.73 
 
 		 537 aa  350  3e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  38.47 
 
 		 562 aa  334  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  38.75 
 
 		 562 aa  328  1.0000000000000001e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  38.06 
 
 		 601 aa  324  3e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  36.05 
 
 		 551 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 561 aa  291  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 559 aa  290  4e-77  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 566 aa  286  7e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.86 
 
 		 561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 527 aa  283  4.0000000000000003e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 549 aa  283  4.0000000000000003e-75  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.86 
 
 		 561 aa  282  9e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 561 aa  281  2e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.86 
 
 		 582 aa  281  2e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 569 aa  280  4e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.16 
 
 		 561 aa  280  7e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.16 
 
 		 561 aa  279  1e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.86 
 
 		 563 aa  278  2e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.04 
 
 		 559 aa  278  2e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 577 aa  278  3e-73  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 563 aa  277  4e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.17 
 
 		 568 aa  276  5e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.84 
 
 		 586 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.93 
 
 		 565 aa  274  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 563 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 563 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.69 
 
 		 582 aa  274  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  32.15 
 
 		 557 aa  274  4.0000000000000004e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 568 aa  272  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 551 aa  271  2e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  32.34 
 
 		 577 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 		 566 aa  270  4e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.38 
 
 		 584 aa  270  5.9999999999999995e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.13 
 
 		 568 aa  268  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  36.01 
 
 		 550 aa  269  1e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  32.93 
 
 		 591 aa  268  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 		 579 aa  267  4e-70  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.15 
 
 		 560 aa  266  8.999999999999999e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 590 aa  265  1e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.29 
 
 		 569 aa  266  1e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.3 
 
 		 577 aa  266  1e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.51 
 
 		 551 aa  263  4.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 571 aa  263  8e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 584 aa  262  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.5 
 
 		 567 aa  261  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.87 
 
 		 563 aa  260  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.68 
 
 		 583 aa  260  4e-68  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 559 aa  259  6e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.15 
 
 		 559 aa  259  7e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 584 aa  259  1e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 539 aa  259  1e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.44 
 
 		 555 aa  259  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 551 aa  258  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.17 
 
 		 562 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.93 
 
 		 562 aa  255  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  32.46 
 
 		 569 aa  254  4.0000000000000004e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.92 
 
 		 562 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 565 aa  254  4.0000000000000004e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 552 aa  254  4.0000000000000004e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.11 
 
 		 562 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 561 aa  253  6e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.41 
 
 		 562 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.12 
 
 		 562 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  32.07 
 
 		 563 aa  252  1e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  30.96 
 
 		 583 aa  252  1e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  32.29 
 
 		 569 aa  251  2e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.03 
 
 		 578 aa  251  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 562 aa  250  4e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.59 
 
 		 575 aa  250  6e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.56 
 
 		 566 aa  249  7e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  33.02 
 
 		 585 aa  249  7e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.02 
 
 		 572 aa  249  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 573 aa  249  1e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.7 
 
 		 564 aa  249  1e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.93 
 
 		 560 aa  249  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 553 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.63 
 
 		 562 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.53 
 
 		 565 aa  246  6e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.63 
 
 		 577 aa  246  6.999999999999999e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.45 
 
 		 562 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.33 
 
 		 515 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  31.82 
 
 		 564 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 555 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.75 
 
 		 573 aa  246  9.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.45 
 
 		 562 aa  245  9.999999999999999e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 569 aa  246  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.41 
 
 		 564 aa  244  3e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.68 
 
 		 562 aa  244  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.7 
 
 		 585 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.28 
 
 		 554 aa  243  5e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>