More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4068 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  56.08 
 
 		 592 aa  648    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  56.69 
 
 		 571 aa  662    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  55.11 
 
 		 571 aa  645    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 579 aa  1188    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  54.18 
 
 		 567 aa  635    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  57.91 
 
 		 580 aa  681    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  50.17 
 
 		 569 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  40.69 
 
 		 553 aa  385  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  39.59 
 
 		 532 aa  373  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  42.14 
 
 		 535 aa  374  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  40.68 
 
 		 537 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  39.54 
 
 		 562 aa  352  7e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  39.29 
 
 		 562 aa  348  2e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  39.58 
 
 		 601 aa  345  2e-93  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  35.7 
 
 		 551 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 		 584 aa  295  2e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  35.81 
 
 		 527 aa  290  6e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 582 aa  288  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 563 aa  287  4e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 563 aa  286  5.999999999999999e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 582 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.29 
 
 		 561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 563 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.39 
 
 		 561 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.35 
 
 		 563 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.11 
 
 		 561 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  33.98 
 
 		 559 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.6 
 
 		 564 aa  285  2.0000000000000002e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.1 
 
 		 551 aa  285  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.76 
 
 		 561 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.32 
 
 		 567 aa  283  7.000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  32.86 
 
 		 561 aa  282  9e-75  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 566 aa  282  1e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 551 aa  281  2e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 569 aa  280  4e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 561 aa  279  9e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 		 562 aa  278  1e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.86 
 
 		 559 aa  278  2e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  31.99 
 
 		 557 aa  278  2e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 561 aa  276  7e-73  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  32.84 
 
 		 577 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.68 
 
 		 565 aa  272  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 549 aa  272  1e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.92 
 
 		 564 aa  270  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.87 
 
 		 568 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 583 aa  268  2.9999999999999995e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  30.99 
 
 		 584 aa  266  8e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 559 aa  266  1e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.71 
 
 		 568 aa  265  1e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  34.14 
 
 		 577 aa  265  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  35.21 
 
 		 550 aa  264  4e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 555 aa  263  4.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.65 
 
 		 553 aa  262  1e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.9 
 
 		 527 aa  262  1e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  31.91 
 
 		 577 aa  262  1e-68  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 575 aa  261  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  32.65 
 
 		 579 aa  261  2e-68  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  35.62 
 
 		 551 aa  261  3e-68  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 539 aa  261  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.25 
 
 		 568 aa  258  1e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.63 
 
 		 563 aa  258  2e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.42 
 
 		 566 aa  258  3e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  31.42 
 
 		 573 aa  257  4e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 587 aa  257  5e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.31 
 
 		 569 aa  256  6e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  32.83 
 
 		 548 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.19 
 
 		 571 aa  255  2.0000000000000002e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 583 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.03 
 
 		 565 aa  253  7e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 552 aa  253  9.000000000000001e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.05 
 
 		 577 aa  253  1e-65  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 		 568 aa  251  3e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 585 aa  250  5e-65  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 662 aa  249  8e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.28 
 
 		 586 aa  249  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.04 
 
 		 562 aa  248  3e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 590 aa  247  3e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03427  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.77 
 
 		 522 aa  247  4e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.831251  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.52 
 
 		 520 aa  246  6e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  30.76 
 
 		 578 aa  246  6.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  32.59 
 
 		 508 aa  246  8e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 565 aa  246  9.999999999999999e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  31.43 
 
 		 591 aa  246  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3122  AMP-dependent synthetase and ligase  31.32 
 
 		 573 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183253  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  30.57 
 
 		 569 aa  244  3e-63  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.62 
 
 		 560 aa  244  3e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.14 
 
 		 560 aa  244  3e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.79 
 
 		 585 aa  244  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.6 
 
 		 562 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  30.39 
 
 		 569 aa  244  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 549 aa  244  3.9999999999999997e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.49 
 
 		 513 aa  243  6e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.63 
 
 		 584 aa  243  7e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.37 
 
 		 562 aa  243  7e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 563 aa  243  7e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  30.8 
 
 		 525 aa  243  7.999999999999999e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5361  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 544 aa  242  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.521806  normal  0.341711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5806  AMP-dependent synthetase and ligase  34.07 
 
 		 562 aa  243  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154251  normal  0.312131 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.55 
 
 		 562 aa  242  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.83 
 
 		 562 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>