More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03427 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_03427  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 
522 aa  1073    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.831251  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  54.56 
 
 
537 aa  570  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2322  AMP-dependent synthetase and ligase  53.82 
 
 
523 aa  569  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000119755  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3695  AMP-dependent synthetase and ligase  54.35 
 
 
534 aa  555  1e-157  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3139  AMP-dependent synthetase and ligase  54.44 
 
 
534 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000126557  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3231  AMP-dependent synthetase and ligase  54.63 
 
 
534 aa  549  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000448213  normal  0.730696 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.53 
 
 
532 aa  547  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3322  AMP-dependent synthetase and ligase  53.38 
 
 
532 aa  547  1e-154  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000803182  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0883  AMP-dependent synthetase and ligase  54.44 
 
 
534 aa  548  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000227614  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  52.9 
 
 
532 aa  547  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  53.46 
 
 
533 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1058  AMP-dependent synthetase and ligase  53.46 
 
 
533 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.599602  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3334  AMP-dependent synthetase and ligase  53.46 
 
 
533 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0892803  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  53.37 
 
 
533 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0956  AMP-dependent synthetase and ligase  53.27 
 
 
533 aa  538  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.646193  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3084  AMP-dependent synthetase and ligase  52.32 
 
 
531 aa  538  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2897  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.16 
 
 
531 aa  532  1e-150  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00596817  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  47.66 
 
 
565 aa  520  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.4 
 
 
558 aa  518  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2934  AMP-dependent synthetase and ligase  49.81 
 
 
535 aa  511  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.66 
 
 
562 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.57 
 
 
562 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.21 
 
 
562 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.2 
 
 
562 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.92 
 
 
562 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.37 
 
 
562 aa  485  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.73 
 
 
562 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.87 
 
 
563 aa  484  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46 
 
 
562 aa  481  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.47 
 
 
562 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.88 
 
 
562 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.19 
 
 
565 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.19 
 
 
565 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.19 
 
 
565 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.19 
 
 
565 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.44 
 
 
563 aa  465  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.76 
 
 
562 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.09 
 
 
562 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1557  AMP-dependent synthetase and ligase  46.2 
 
 
544 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.94 
 
 
562 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6272  AMP-dependent synthetase and ligase  46.2 
 
 
544 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417798  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.53 
 
 
557 aa  464  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.63 
 
 
557 aa  463  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.63 
 
 
557 aa  462  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.82 
 
 
557 aa  465  1e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.93 
 
 
557 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.96 
 
 
565 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  44.74 
 
 
533 aa  460  9.999999999999999e-129  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  46.18 
 
 
567 aa  461  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1667  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.45 
 
 
573 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.82 
 
 
557 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2941  AMP-dependent synthetase and ligase  46.25 
 
 
573 aa  456  1e-127  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000307884  normal  0.662405 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6813  AMP-dependent synthetase and ligase  45.7 
 
 
544 aa  457  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  42.4 
 
 
553 aa  455  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.67 
 
 
557 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  44.98 
 
 
647 aa  456  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  46.89 
 
 
558 aa  458  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336851  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  46.01 
 
 
559 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5547  AMP-dependent synthetase and ligase  46.56 
 
 
544 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.730505 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.07 
 
 
557 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.34 
 
 
563 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.45 
 
 
558 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.94 
 
 
557 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.38 
 
 
563 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  44.85 
 
 
561 aa  453  1.0000000000000001e-126  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  46.44 
 
 
559 aa  453  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.75 
 
 
557 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.75 
 
 
557 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.53 
 
 
557 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.75 
 
 
557 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6761  AMP-dependent synthetase and ligase  45.12 
 
 
544 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315927  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  45.83 
 
 
559 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3249  AMP-dependent synthetase and ligase  44.36 
 
 
572 aa  449  1e-125  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0843615 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  44.49 
 
 
559 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6801  AMP-dependent synthetase and ligase  46.15 
 
 
540 aa  448  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.867252  normal  0.1235 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.63 
 
 
563 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5361  AMP-dependent synthetase and ligase  45.19 
 
 
544 aa  449  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.521806  normal  0.341711 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.88 
 
 
555 aa  451  1e-125  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  43.18 
 
 
569 aa  451  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.07 
 
 
561 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  46.37 
 
 
544 aa  450  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_004310  BR0289  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.22 
 
 
554 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.883702  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0303  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.22 
 
 
581 aa  448  1.0000000000000001e-124  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.993767  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.67 
 
 
581 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  45.88 
 
 
559 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 
561 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 
561 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.9 
 
 
560 aa  443  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 
561 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 
561 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.51 
 
 
561 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.93 
 
 
557 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.69 
 
 
572 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  46.34 
 
 
562 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  42.59 
 
 
572 aa  439  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.31 
 
 
563 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  41.84 
 
 
561 aa  436  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.84 
 
 
561 aa  436  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  41.84 
 
 
583 aa  436  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  44.81 
 
 
557 aa  437  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>