More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3084 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3664  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.92 
 
 		 532 aa  747    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0956  AMP-dependent synthetase and ligase  70.24 
 
 		 533 aa  744    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.646193  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  71.46 
 
 		 537 aa  805    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3695  AMP-dependent synthetase and ligase  73.5 
 
 		 534 aa  816    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3334  AMP-dependent synthetase and ligase  70.24 
 
 		 533 aa  745    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0892803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0970  AMP-dependent synthetase and ligase  69.74 
 
 		 533 aa  747    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2934  AMP-dependent synthetase and ligase  68.05 
 
 		 535 aa  754    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3322  AMP-dependent synthetase and ligase  73.12 
 
 		 532 aa  804    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000803182  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2897  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  69.36 
 
 		 531 aa  745    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00596817  normal  0.874412 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0883  AMP-dependent synthetase and ligase  70.62 
 
 		 534 aa  763    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000227614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3139  AMP-dependent synthetase and ligase  71.19 
 
 		 534 aa  768    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000126557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3084  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 531 aa  1095    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  68.23 
 
 		 532 aa  765    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1058  AMP-dependent synthetase and ligase  70.3 
 
 		 533 aa  749    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.599602  normal  0.879487 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1025  AMP-dependent synthetase and ligase  70.43 
 
 		 533 aa  748    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3231  AMP-dependent synthetase and ligase  71.19 
 
 		 534 aa  768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000448213  normal  0.730696 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.93 
 
 		 558 aa  563  1.0000000000000001e-159  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1468  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.19 
 
 		 563 aa  552  1e-156  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2322  AMP-dependent synthetase and ligase  51.63 
 
 		 523 aa  549  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000119755  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03427  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.32 
 
 		 522 aa  538  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.831251  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.44 
 
 		 565 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.33 
 
 		 562 aa  532  1e-150  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.44 
 
 		 565 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.53 
 
 		 565 aa  529  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1573  AMP-dependent synthetase and ligase  49.54 
 
 		 565 aa  531  1e-149  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.750238  hitchhiker  0.00328561 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.09 
 
 		 562 aa  531  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.35 
 
 		 565 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.36 
 
 		 562 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.44 
 
 		 565 aa  524  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.36 
 
 		 562 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.36 
 
 		 562 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.15 
 
 		 563 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.18 
 
 		 562 aa  519  1e-146  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.08 
 
 		 562 aa  521  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.64 
 
 		 562 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.96 
 
 		 563 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.41 
 
 		 562 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.35 
 
 		 562 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.41 
 
 		 562 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.17 
 
 		 562 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.54 
 
 		 562 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  47.13 
 
 		 553 aa  503  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.44 
 
 		 557 aa  503  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.51 
 
 		 573 aa  500  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 557 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.44 
 
 		 572 aa  497  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.97 
 
 		 557 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.22 
 
 		 557 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46 
 
 		 555 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.18 
 
 		 558 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.6 
 
 		 557 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.62 
 
 		 572 aa  491  1e-137  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.79 
 
 		 557 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  46.17 
 
 		 567 aa  490  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1886  pseudouridine synthase, Rsu  47.94 
 
 		 533 aa  488  1e-137  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.62 
 
 		 572 aa  490  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.79 
 
 		 557 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.6 
 
 		 557 aa  489  1e-137  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.42 
 
 		 557 aa  489  1e-137  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  45.59 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  45.59 
 
 		 583 aa  486  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.8 
 
 		 577 aa  486  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.32 
 
 		 561 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  45.59 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.32 
 
 		 561 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.6 
 
 		 557 aa  488  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 583 aa  486  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  45.5 
 
 		 562 aa  488  1e-136  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.8 
 
 		 562 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  45.87 
 
 		 569 aa  485  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.32 
 
 		 561 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.8 
 
 		 562 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.24 
 
 		 557 aa  488  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.24 
 
 		 557 aa  488  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.14 
 
 		 561 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.32 
 
 		 561 aa  488  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.4 
 
 		 561 aa  484  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  46.48 
 
 		 647 aa  483  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.34 
 
 		 561 aa  482  1e-135  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  46.34 
 
 		 559 aa  479  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.42 
 
 		 557 aa  481  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  45.14 
 
 		 566 aa  481  1e-134  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.65 
 
 		 566 aa  479  1e-134  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30140  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.67 
 
 		 567 aa  479  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.58356  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 563 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  46.7 
 
 		 559 aa  481  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 563 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  44.55 
 
 		 549 aa  477  1e-133  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.59 
 
 		 561 aa  477  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  46.06 
 
 		 561 aa  475  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  44.73 
 
 		 557 aa  477  1e-133  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  45.6 
 
 		 561 aa  474  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.83 
 
 		 563 aa  473  1e-132  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  45.69 
 
 		 559 aa  475  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.22 
 
 		 561 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  44.71 
 
 		 552 aa  473  1e-132  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  45.97 
 
 		 559 aa  471  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>