More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5547 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010087  Bmul_5361  AMP-dependent synthetase and ligase  78.49 
 
 
544 aa  862    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.521806  normal  0.341711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5806  AMP-dependent synthetase and ligase  74.91 
 
 
562 aa  840    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154251  normal  0.312131 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6761  AMP-dependent synthetase and ligase  91.18 
 
 
544 aa  984    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.315927  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6813  AMP-dependent synthetase and ligase  88.97 
 
 
544 aa  973    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5547  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
544 aa  1095    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.730505 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1557  AMP-dependent synthetase and ligase  91.36 
 
 
544 aa  1010    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5782  AMP-dependent synthetase and ligase  96.69 
 
 
544 aa  1039    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6272  AMP-dependent synthetase and ligase  91.36 
 
 
544 aa  1010    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.417798  normal  0.3516 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3427  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.72 
 
 
546 aa  528  1e-148  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.115009  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.18 
 
 
561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.18 
 
 
561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.18 
 
 
561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.18 
 
 
561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.18 
 
 
561 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  47.64 
 
 
561 aa  514  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  47.64 
 
 
583 aa  514  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.27 
 
 
561 aa  512  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.64 
 
 
561 aa  514  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  47.64 
 
 
561 aa  514  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  47.47 
 
 
560 aa  513  1e-144  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.64 
 
 
561 aa  514  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.64 
 
 
583 aa  514  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.45 
 
 
561 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.64 
 
 
561 aa  514  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  48.66 
 
 
559 aa  511  1e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0952  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 
563 aa  509  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.412461  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  47.71 
 
 
553 aa  509  1e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2857  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.2 
 
 
569 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  45.28 
 
 
569 aa  506  9.999999999999999e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2994  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.64 
 
 
560 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.562113  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.27 
 
 
572 aa  508  9.999999999999999e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3752  AMP-dependent synthetase and ligase  47.86 
 
 
557 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.419437  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3299  AMP-dependent synthetase and ligase  47.7 
 
 
559 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1323  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.65 
 
 
561 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3148  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.74 
 
 
560 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3950  AMP-dependent synthetase and ligase  48.13 
 
 
559 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0302713  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  45.1 
 
 
569 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3797  AMP-dependent synthetase and ligase  47.58 
 
 
566 aa  504  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.589487 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4074  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.01 
 
 
561 aa  504  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0518  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.73 
 
 
557 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3734  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.92 
 
 
560 aa  504  1e-141  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.862355  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0476  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.46 
 
 
557 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4543  AMP-dependent synthetase and ligase  47.3 
 
 
562 aa  498  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0064  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.73 
 
 
557 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2760  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.27 
 
 
573 aa  500  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000411499  hitchhiker  0.00194378 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0546  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.73 
 
 
557 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.93 
 
 
562 aa  496  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4746  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.11 
 
 
563 aa  498  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5859  AMP-dependent synthetase and ligase  45.84 
 
 
567 aa  498  1e-139  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  47.68 
 
 
561 aa  495  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3633  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.73 
 
 
557 aa  496  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.956552  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2551  AMP-dependent synthetase and ligase  48.4 
 
 
559 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.083055  normal  0.0774583 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.11 
 
 
565 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1189  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.64 
 
 
551 aa  494  9.999999999999999e-139  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3104  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.14 
 
 
569 aa  493  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.219632  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.55 
 
 
567 aa  492  9.999999999999999e-139  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1344  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.29 
 
 
572 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.77905 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0424  AMP-dependent synthetase and ligase  48.82 
 
 
561 aa  495  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.11 
 
 
565 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  47.14 
 
 
559 aa  492  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2739  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.32 
 
 
569 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.44 
 
 
562 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0451  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.74 
 
 
557 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.93 
 
 
565 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.99 
 
 
557 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4097  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.39 
 
 
563 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1993  AMP-dependent synthetase and ligase  45.82 
 
 
567 aa  490  1e-137  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3834  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.21 
 
 
563 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.75 
 
 
565 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1831  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  46.27 
 
 
558 aa  490  1e-137  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.149833  normal  0.317759 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.84 
 
 
557 aa  491  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2804  AMP-dependent synthetase and ligase  45.64 
 
 
552 aa  490  1e-137  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.456781  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0069  AMP-dependent synthetase and ligase  45.74 
 
 
647 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0373  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.75 
 
 
581 aa  489  1e-137  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.826783  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.47 
 
 
562 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0353  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  47.49 
 
 
565 aa  485  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.333466  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3572  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  47.55 
 
 
557 aa  488  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  46.91 
 
 
569 aa  488  1e-136  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2848  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.22 
 
 
557 aa  488  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2685  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.38 
 
 
557 aa  488  1e-136  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0867888  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0474  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.91 
 
 
557 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.47 
 
 
562 aa  486  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.47 
 
 
577 aa  487  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.2 
 
 
558 aa  487  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01137  acyl-CoA synthetase (long-chain-fatty-acid-CoA ligase), acyl-adenylate activating enzyme  45.27 
 
 
550 aa  487  1e-136  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00114592  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.63 
 
 
557 aa  488  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.63 
 
 
557 aa  488  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3482  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.39 
 
 
557 aa  488  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0194948  hitchhiker  0.00229302 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.15 
 
 
562 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.72 
 
 
557 aa  488  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.07 
 
 
562 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.97 
 
 
562 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.15 
 
 
562 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  46.25 
 
 
579 aa  482  1e-135  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.67 
 
 
565 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.97 
 
 
562 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.49 
 
 
562 aa  485  1e-135  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.72 
 
 
557 aa  482  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  43.56 
 
 
563 aa  483  1e-135  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  45.49 
 
 
562 aa  484  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>