More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0229 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  90.72 
 
 		 571 aa  1065    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  61.01 
 
 		 592 aa  707    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 571 aa  1161    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  59.72 
 
 		 580 aa  676    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  56.69 
 
 		 579 aa  662    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  60.71 
 
 		 567 aa  718    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  52.98 
 
 		 569 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  41.64 
 
 		 553 aa  395  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  41.71 
 
 		 532 aa  371  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  41.39 
 
 		 537 aa  364  2e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  41.4 
 
 		 535 aa  364  2e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  39.61 
 
 		 562 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  39.18 
 
 		 562 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  38.66 
 
 		 601 aa  330  6e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  36.78 
 
 		 551 aa  313  6.999999999999999e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.74 
 
 		 566 aa  298  2e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 559 aa  297  4e-79  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  35.12 
 
 		 561 aa  294  2e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 		 527 aa  290  4e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.81 
 
 		 561 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.66 
 
 		 559 aa  287  4e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.98 
 
 		 561 aa  286  5e-76  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  34.57 
 
 		 549 aa  286  5.999999999999999e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.22 
 
 		 568 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.87 
 
 		 561 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 		 582 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.1 
 
 		 557 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.16 
 
 		 563 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.81 
 
 		 561 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.81 
 
 		 561 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 		 563 aa  283  7.000000000000001e-75  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.46 
 
 		 569 aa  282  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 565 aa  280  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.39 
 
 		 568 aa  280  4e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.22 
 
 		 569 aa  280  6e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 		 563 aa  280  7e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 		 582 aa  280  7e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 		 563 aa  280  7e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.57 
 
 		 560 aa  277  3e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.4 
 
 		 586 aa  276  9e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  32.7 
 
 		 591 aa  275  1.0000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 551 aa  274  3e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.57 
 
 		 571 aa  272  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  34.22 
 
 		 559 aa  271  2e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.1 
 
 		 566 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.93 
 
 		 568 aa  270  5e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.09 
 
 		 560 aa  269  1e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.93 
 
 		 584 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 539 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.97 
 
 		 551 aa  268  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  31.09 
 
 		 577 aa  267  4e-70  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  32 
 
 		 590 aa  267  4e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.78 
 
 		 567 aa  266  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 		 563 aa  266  1e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.33 
 
 		 564 aa  266  1e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 579 aa  264  3e-69  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 550 aa  264  3e-69  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  32.12 
 
 		 577 aa  263  4.999999999999999e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.57 
 
 		 562 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 559 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  32.24 
 
 		 583 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 551 aa  263  6.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 		 563 aa  263  8.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.62 
 
 		 562 aa  259  7e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.75 
 
 		 562 aa  259  7e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  34.16 
 
 		 548 aa  258  2e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.34 
 
 		 564 aa  258  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 573 aa  257  3e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  32.01 
 
 		 584 aa  257  3e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 		 562 aa  257  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 583 aa  257  4e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  30.91 
 
 		 577 aa  256  6e-67  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 565 aa  256  6e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 		 562 aa  256  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 564 aa  256  1.0000000000000001e-66  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 584 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  32.22 
 
 		 561 aa  254  4.0000000000000004e-66  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.23 
 
 		 578 aa  253  6e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.34 
 
 		 562 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.27 
 
 		 555 aa  253  8.000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 585 aa  253  8.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.34 
 
 		 562 aa  253  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  32.75 
 
 		 569 aa  253  9.000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.16 
 
 		 575 aa  252  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 		 566 aa  253  1e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  32.98 
 
 		 569 aa  251  2e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.65 
 
 		 562 aa  250  6e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.556582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.69 
 
 		 555 aa  249  7e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.46 
 
 		 562 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  32.87 
 
 		 553 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.46 
 
 		 562 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.64 
 
 		 515 aa  248  3e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  32.98 
 
 		 569 aa  248  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  32.58 
 
 		 587 aa  247  4e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.48 
 
 		 562 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.35 
 
 		 565 aa  246  6e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00067  putative long-chain fatty acyl CoA ligase  32.52 
 
 		 560 aa  246  6.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 568 aa  246  6.999999999999999e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1936  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.1 
 
 		 572 aa  246  6.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.451048  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.73 
 
 		 563 aa  246  8e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>