More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2866 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  100 
 
 		 569 aa  1182    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  52.98 
 
 		 571 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  52.1 
 
 		 592 aa  595  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  52.55 
 
 		 571 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  52.63 
 
 		 567 aa  587  1e-166  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  50.17 
 
 		 579 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  46.37 
 
 		 580 aa  525  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  37.04 
 
 		 553 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 		 532 aa  344  2.9999999999999997e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  36.9 
 
 		 562 aa  335  2e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  36.51 
 
 		 562 aa  331  2e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 535 aa  327  4.0000000000000003e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  35.89 
 
 		 601 aa  324  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  36.16 
 
 		 537 aa  313  3.9999999999999997e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  35.33 
 
 		 527 aa  298  2e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.82 
 
 		 582 aa  287  2.9999999999999996e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.76 
 
 		 563 aa  286  5e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 549 aa  286  5.999999999999999e-76  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 		 563 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.88 
 
 		 561 aa  286  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 		 563 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 		 582 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.58 
 
 		 563 aa  285  2.0000000000000002e-75  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.45 
 
 		 561 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 		 561 aa  284  4.0000000000000003e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.52 
 
 		 561 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.65 
 
 		 561 aa  283  6.000000000000001e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35 
 
 		 559 aa  281  2e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  32.54 
 
 		 561 aa  277  3e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  32.04 
 
 		 577 aa  276  7e-73  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.79 
 
 		 560 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  34.53 
 
 		 563 aa  274  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 579 aa  271  2e-71  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  30.93 
 
 		 577 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  31.51 
 
 		 569 aa  270  5.9999999999999995e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 584 aa  268  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  32.97 
 
 		 566 aa  268  2e-70  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 557 aa  266  7e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.68 
 
 		 560 aa  265  1e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 564 aa  265  2e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 		 583 aa  263  8e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.99 
 
 		 562 aa  262  1e-68  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 561 aa  262  2e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 539 aa  261  2e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 551 aa  261  3e-68  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  33.04 
 
 		 577 aa  261  3e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.27 
 
 		 584 aa  260  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.75 
 
 		 566 aa  259  7e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  32.66 
 
 		 551 aa  258  2e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 559 aa  256  5e-67  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 536 aa  253  5.000000000000001e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  31.85 
 
 		 525 aa  253  5.000000000000001e-66  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.26 
 
 		 551 aa  253  5.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  32.09 
 
 		 559 aa  252  1e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  31.18 
 
 		 583 aa  251  2e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3077  AMP-dependent synthetase and ligase  32.13 
 
 		 553 aa  251  3e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  30.65 
 
 		 591 aa  250  5e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.64 
 
 		 586 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.41 
 
 		 568 aa  249  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5361  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 		 544 aa  249  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.521806  normal  0.341711 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.81 
 
 		 571 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 		 565 aa  248  2e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  32.95 
 
 		 553 aa  248  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  31.7 
 
 		 548 aa  246  9.999999999999999e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  30.84 
 
 		 590 aa  246  9.999999999999999e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.56 
 
 		 562 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.12 
 
 		 569 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  32.5 
 
 		 555 aa  243  6e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  30.76 
 
 		 578 aa  243  7e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.27 
 
 		 568 aa  243  9e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.32 
 
 		 562 aa  242  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5806  AMP-dependent synthetase and ligase  31.15 
 
 		 562 aa  242  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.154251  normal  0.312131 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 		 559 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  32.25 
 
 		 550 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.24 
 
 		 562 aa  240  4e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.33 
 
 		 577 aa  240  4e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  32.39 
 
 		 555 aa  241  4e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 508 aa  240  5e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  30.47 
 
 		 527 aa  240  5e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 552 aa  240  5e-62  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2192  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 		 588 aa  239  8e-62  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.899371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  31.38 
 
 		 544 aa  239  8e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.4 
 
 		 553 aa  239  8e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2654  AMP-dependent synthetase and ligase  31.92 
 
 		 587 aa  239  8e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.83 
 
 		 562 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.4 
 
 		 568 aa  239  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.89 
 
 		 562 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.57 
 
 		 562 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  30.85 
 
 		 551 aa  238  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.54 
 
 		 562 aa  237  3e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6813  AMP-dependent synthetase and ligase  31.76 
 
 		 544 aa  238  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.99 
 
 		 561 aa  237  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.29 
 
 		 568 aa  237  4e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.68 
 
 		 562 aa  237  4e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  31.99 
 
 		 561 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.99 
 
 		 561 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 585 aa  237  5.0000000000000005e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 527 aa  237  5.0000000000000005e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.99 
 
 		 561 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.99 
 
 		 561 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>