More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3898 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  68.11 
 
 		 535 aa  751    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 553 aa  1138    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  71.92 
 
 		 537 aa  767    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  68.76 
 
 		 532 aa  754    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  53.47 
 
 		 562 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  53.1 
 
 		 562 aa  569  1e-161  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  49.91 
 
 		 601 aa  542  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  47.37 
 
 		 551 aa  468  1.0000000000000001e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  47.26 
 
 		 527 aa  445  1e-123  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  41.64 
 
 		 571 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  40.69 
 
 		 579 aa  385  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  41.06 
 
 		 571 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  41.11 
 
 		 567 aa  382  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  40.04 
 
 		 580 aa  365  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  39.67 
 
 		 592 aa  363  6e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.66 
 
 		 559 aa  350  4e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  37.04 
 
 		 569 aa  344  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.62 
 
 		 561 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  37.94 
 
 		 539 aa  335  1e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.54 
 
 		 561 aa  331  2e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.61 
 
 		 561 aa  330  4e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.56 
 
 		 561 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.54 
 
 		 561 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.94 
 
 		 582 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 563 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.49 
 
 		 563 aa  327  5e-88  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 563 aa  325  1e-87  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 563 aa  325  1e-87  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.06 
 
 		 582 aa  325  1e-87  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.5 
 
 		 564 aa  325  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.5 
 
 		 566 aa  323  7e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 552 aa  319  7e-86  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.79 
 
 		 566 aa  319  7e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.38 
 
 		 569 aa  319  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.19 
 
 		 567 aa  317  4e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.99 
 
 		 555 aa  317  5e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  36.59 
 
 		 561 aa  316  7e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.27 
 
 		 525 aa  314  1.9999999999999998e-84  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.19 
 
 		 514 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.17 
 
 		 569 aa  313  5.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.43 
 
 		 560 aa  310  4e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.9 
 
 		 571 aa  310  4e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  33.09 
 
 		 551 aa  310  4e-83  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.08 
 
 		 560 aa  309  6.999999999999999e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 557 aa  309  8e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 559 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  34.46 
 
 		 520 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  35.32 
 
 		 521 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.27 
 
 		 559 aa  307  3e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 568 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 		 583 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.96 
 
 		 551 aa  304  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.17 
 
 		 512 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 584 aa  303  6.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.7 
 
 		 568 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 583 aa  300  5e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.58 
 
 		 568 aa  299  7e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  39.1 
 
 		 563 aa  299  9e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  33.03 
 
 		 584 aa  298  1e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.95 
 
 		 563 aa  298  2e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.36 
 
 		 513 aa  297  4e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  35.06 
 
 		 555 aa  296  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.33 
 
 		 584 aa  295  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  34.14 
 
 		 527 aa  295  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.83 
 
 		 553 aa  294  3e-78  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  33.14 
 
 		 662 aa  293  4e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 548 aa  293  4e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 		 550 aa  293  6e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  35.83 
 
 		 565 aa  293  7e-78  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.51 
 
 		 586 aa  293  8e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3975  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.85 
 
 		 530 aa  292  1e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.251646  normal  0.301159 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  34.43 
 
 		 549 aa  292  1e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 512 aa  288  1e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 559 aa  289  1e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 		 525 aa  286  8e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.15 
 
 		 565 aa  285  1.0000000000000001e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  33.21 
 
 		 561 aa  283  4.0000000000000003e-75  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  33.96 
 
 		 537 aa  282  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 		 510 aa  281  2e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.55 
 
 		 562 aa  281  2e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.5 
 
 		 510 aa  281  2e-74  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.07 
 
 		 562 aa  281  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 508 aa  280  4e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  34.54 
 
 		 506 aa  280  4e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 		 510 aa  280  5e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.97 
 
 		 565 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 		 510 aa  280  5e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 		 510 aa  280  5e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 551 aa  280  5e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  32.17 
 
 		 585 aa  280  5e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.12 
 
 		 510 aa  280  6e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  35.15 
 
 		 495 aa  279  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.18 
 
 		 510 aa  279  1e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.93 
 
 		 510 aa  278  1e-73  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  35 
 
 		 553 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.28 
 
 		 562 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 		 510 aa  279  1e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.98 
 
 		 510 aa  278  2e-73  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  32.2 
 
 		 514 aa  277  3e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.47 
 
 		 562 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>