More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4793 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  68.95 
 
 		 532 aa  732    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 537 aa  1099    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  71.92 
 
 		 553 aa  782    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  69.94 
 
 		 535 aa  742    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  52.65 
 
 		 562 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  52.1 
 
 		 562 aa  546  1e-154  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  50.73 
 
 		 601 aa  530  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  48.03 
 
 		 551 aa  467  9.999999999999999e-131  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2035  AMP-dependent synthetase and ligase  44.38 
 
 		 527 aa  409  1e-113  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.821113  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  40.68 
 
 		 579 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0229  acyl-CoA synthetase  41.39 
 
 		 571 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2412  acyl-CoA synthetase  39.31 
 
 		 567 aa  360  4e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1635  acyl-CoA synthetase  40.73 
 
 		 571 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2996  acyl-CoA synthetase  40.44 
 
 		 592 aa  355  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.353714  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3437  acyl-CoA synthetase  38.25 
 
 		 580 aa  345  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.596477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.11 
 
 		 559 aa  338  9.999999999999999e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.79 
 
 		 566 aa  335  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.86 
 
 		 571 aa  333  7.000000000000001e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.2 
 
 		 568 aa  330  4e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.24 
 
 		 563 aa  330  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.2 
 
 		 568 aa  329  6e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.98 
 
 		 539 aa  327  3e-88  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.67 
 
 		 559 aa  326  6e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.13 
 
 		 568 aa  326  7e-88  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2866  acyl-CoA synthetase  36.16 
 
 		 569 aa  325  9e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  36.12 
 
 		 561 aa  323  5e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.38 
 
 		 561 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.38 
 
 		 561 aa  321  3e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.07 
 
 		 561 aa  318  1e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.19 
 
 		 582 aa  318  2e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.63 
 
 		 561 aa  318  2e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.81 
 
 		 563 aa  317  4e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.01 
 
 		 569 aa  317  4e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.81 
 
 		 563 aa  317  5e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.81 
 
 		 561 aa  317  5e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.86 
 
 		 567 aa  316  8e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  35.41 
 
 		 566 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.63 
 
 		 563 aa  311  1e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.63 
 
 		 563 aa  311  1e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.63 
 
 		 582 aa  311  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.02 
 
 		 551 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 		 565 aa  310  5e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.89 
 
 		 586 aa  309  6.999999999999999e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.02 
 
 		 553 aa  309  8e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.39 
 
 		 564 aa  308  2.0000000000000002e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 559 aa  306  7e-82  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.6 
 
 		 584 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 557 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  36.31 
 
 		 552 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.09 
 
 		 560 aa  300  6e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  35.29 
 
 		 555 aa  299  8e-80  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.48 
 
 		 565 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 525 aa  298  1e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.42 
 
 		 520 aa  298  1e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.08 
 
 		 560 aa  298  1e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  34.93 
 
 		 549 aa  298  2e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  36.35 
 
 		 525 aa  297  4e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  35.78 
 
 		 550 aa  294  3e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.99 
 
 		 564 aa  292  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  34.19 
 
 		 584 aa  291  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 514 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.77 
 
 		 569 aa  291  2e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  32.21 
 
 		 583 aa  290  3e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 583 aa  291  3e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4056  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.25 
 
 		 565 aa  289  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.602751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 551 aa  289  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3844  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.87 
 
 		 565 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.94 
 
 		 565 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.835945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1340  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.94 
 
 		 565 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0671762 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  33.7 
 
 		 577 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 548 aa  285  2.0000000000000002e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.12 
 
 		 562 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.697994  normal  0.273492 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.62 
 
 		 575 aa  283  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4550  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.12 
 
 		 562 aa  283  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  33.84 
 
 		 537 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4353  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.32 
 
 		 565 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  37.01 
 
 		 563 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 527 aa  281  3e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1495  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.15 
 
 		 562 aa  280  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.246606  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4057  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.76 
 
 		 562 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 559 aa  279  9e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  33.9 
 
 		 555 aa  279  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1825  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.89 
 
 		 562 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0156421  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  32.16 
 
 		 585 aa  278  2e-73  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  30.71 
 
 		 584 aa  277  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1496  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.52 
 
 		 562 aa  277  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00382962  normal  0.913508 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 565 aa  277  3e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.89 
 
 		 562 aa  278  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  33.85 
 
 		 495 aa  278  3e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.12 
 
 		 512 aa  277  4e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  32.17 
 
 		 561 aa  277  4e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1824  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.46 
 
 		 562 aa  276  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.919675  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 		 553 aa  276  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.38 
 
 		 510 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4871  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 		 506 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.324146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.78 
 
 		 562 aa  274  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.38 
 
 		 510 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3836  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.21 
 
 		 562 aa  274  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.934306 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.19 
 
 		 510 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4098  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.79 
 
 		 562 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>