More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4502 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  90.76 
 
 		 575 aa  1062    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.74 
 
 		 584 aa  678    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 564 aa  1162    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  54.86 
 
 		 565 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  56.93 
 
 		 563 aa  602  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.61 
 
 		 563 aa  598  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.51 
 
 		 571 aa  595  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.16 
 
 		 568 aa  593  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.16 
 
 		 566 aa  593  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.98 
 
 		 568 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.16 
 
 		 568 aa  588  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.94 
 
 		 564 aa  575  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.34 
 
 		 565 aa  570  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.24 
 
 		 569 aa  561  1.0000000000000001e-159  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.05 
 
 		 559 aa  556  1e-157  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.45 
 
 		 553 aa  554  1e-156  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 		 567 aa  551  1e-155  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.18 
 
 		 586 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.36 
 
 		 559 aa  545  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.27 
 
 		 560 aa  535  1e-150  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.36 
 
 		 560 aa  522  1e-147  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5508  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  49.91 
 
 		 675 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  45.52 
 
 		 559 aa  513  1e-144  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.45 
 
 		 551 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.13 
 
 		 562 aa  478  1e-133  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 		 552 aa  345  1e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  36.48 
 
 		 559 aa  338  1.9999999999999998e-91  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  38.06 
 
 		 561 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.01 
 
 		 563 aa  337  3.9999999999999995e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.83 
 
 		 563 aa  336  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.32 
 
 		 582 aa  336  7.999999999999999e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37 
 
 		 561 aa  335  1e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.32 
 
 		 561 aa  334  2e-90  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.54 
 
 		 561 aa  333  3e-90  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 551 aa  334  3e-90  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.36 
 
 		 561 aa  333  7.000000000000001e-90  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  38.65 
 
 		 521 aa  332  8e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 		 512 aa  332  2e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.65 
 
 		 563 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.65 
 
 		 563 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.65 
 
 		 582 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.95 
 
 		 561 aa  329  1.0000000000000001e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  37.08 
 
 		 549 aa  323  6e-87  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  35.59 
 
 		 561 aa  323  6e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.02 
 
 		 555 aa  322  9.000000000000001e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 583 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  34.35 
 
 		 557 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.72 
 
 		 555 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  34.45 
 
 		 566 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  37.12 
 
 		 548 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 		 577 aa  311  1e-83  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 		 565 aa  310  2.9999999999999997e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 539 aa  310  6.999999999999999e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  33.68 
 
 		 577 aa  305  1.0000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  34.64 
 
 		 577 aa  301  3e-80  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.47 
 
 		 579 aa  300  6e-80  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  35.61 
 
 		 553 aa  298  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 564 aa  297  4e-79  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  34.95 
 
 		 551 aa  295  1e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 585 aa  294  2e-78  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 584 aa  293  4e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3995  AMP-dependent synthetase and ligase  34.63 
 
 		 537 aa  293  5e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000737641  normal  0.189989 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 536 aa  289  9e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 532 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 550 aa  288  2.9999999999999996e-76  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 591 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.51 
 
 		 583 aa  284  3.0000000000000004e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4440  AMP-dependent synthetase and ligase  33.71 
 
 		 549 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00251188 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  32.55 
 
 		 583 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  33.69 
 
 		 573 aa  283  5.000000000000001e-75  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  35.03 
 
 		 544 aa  281  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.44 
 
 		 569 aa  281  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.22 
 
 		 512 aa  281  3e-74  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 537 aa  280  4e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 662 aa  280  5e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17930  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  34.87 
 
 		 574 aa  280  6e-74  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.849454 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  36.07 
 
 		 515 aa  278  1e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  32.39 
 
 		 590 aa  278  1e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 584 aa  278  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  33.58 
 
 		 535 aa  277  3e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.89 
 
 		 514 aa  276  6e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  32.68 
 
 		 543 aa  276  6e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 525 aa  276  8e-73  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1312  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 564 aa  274  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.384847  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  34.87 
 
 		 553 aa  274  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.76 
 
 		 585 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  36.13 
 
 		 506 aa  272  1e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4754  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 		 573 aa  271  2e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.548745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 506 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  33.7 
 
 		 549 aa  271  2e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  32.96 
 
 		 532 aa  271  2e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 551 aa  271  2e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.54 
 
 		 568 aa  271  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  34.28 
 
 		 523 aa  271  2.9999999999999997e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  33.63 
 
 		 527 aa  271  2.9999999999999997e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3231  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 534 aa  271  2.9999999999999997e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000448213  normal  0.730696 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4068  acyl-CoA synthetase  35.92 
 
 		 579 aa  270  5e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0302705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3139  AMP-dependent synthetase and ligase  33.76 
 
 		 534 aa  270  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000126557  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1185  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 569 aa  269  8e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.609931 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1058  AMP-dependent synthetase and ligase  32.97 
 
 		 533 aa  269  8e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.599602  normal  0.879487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>