More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5773 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 563 aa  1141    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  57.09 
 
 		 564 aa  615  1e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  56.81 
 
 		 575 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.52 
 
 		 568 aa  593  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.71 
 
 		 568 aa  588  1e-166  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.53 
 
 		 566 aa  585  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.89 
 
 		 568 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.08 
 
 		 559 aa  579  1e-164  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 		 571 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.91 
 
 		 560 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.5 
 
 		 563 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.97 
 
 		 569 aa  568  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  53.11 
 
 		 584 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.48 
 
 		 586 aa  555  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  52.55 
 
 		 553 aa  556  1e-157  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.96 
 
 		 560 aa  555  1e-157  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 		 565 aa  552  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.65 
 
 		 564 aa  553  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.73 
 
 		 567 aa  546  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.85 
 
 		 565 aa  533  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50 
 
 		 559 aa  529  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.45 
 
 		 551 aa  503  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  42.5 
 
 		 559 aa  498  1e-139  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5508  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  49.08 
 
 		 675 aa  498  1e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.07 
 
 		 562 aa  460  9.999999999999999e-129  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  38.04 
 
 		 559 aa  353  5.9999999999999994e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  40.28 
 
 		 552 aa  350  4e-95  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  37.98 
 
 		 561 aa  348  2e-94  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  39.22 
 
 		 521 aa  343  2.9999999999999997e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  40 
 
 		 561 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  39.89 
 
 		 512 aa  343  5e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  36.4 
 
 		 566 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  37.02 
 
 		 539 aa  333  4e-90  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  36.52 
 
 		 565 aa  333  6e-90  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  37.7 
 
 		 583 aa  332  1e-89  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 563 aa  331  2e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 551 aa  330  3e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.73 
 
 		 563 aa  330  3e-89  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.08 
 
 		 555 aa  329  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.98 
 
 		 561 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.5 
 
 		 582 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 582 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 563 aa  327  3e-88  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 563 aa  327  3e-88  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.83 
 
 		 549 aa  327  3e-88  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.16 
 
 		 561 aa  327  3e-88  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.81 
 
 		 561 aa  326  6e-88  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.75 
 
 		 561 aa  325  2e-87  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  36.81 
 
 		 577 aa  323  5e-87  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  36.61 
 
 		 579 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  37.13 
 
 		 536 aa  321  1.9999999999999998e-86  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 		 557 aa  320  3e-86  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  37.17 
 
 		 532 aa  321  3e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.83 
 
 		 561 aa  320  5e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  38.79 
 
 		 548 aa  317  5e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  34.82 
 
 		 591 aa  316  7e-85  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  35.89 
 
 		 585 aa  316  9e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  38.96 
 
 		 555 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.23 
 
 		 577 aa  315  9.999999999999999e-85  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  37.83 
 
 		 527 aa  314  1.9999999999999998e-84  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2202  AMP-dependent synthetase and ligase  35.53 
 
 		 525 aa  314  2.9999999999999996e-84  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  36.3 
 
 		 564 aa  313  5.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  38.95 
 
 		 553 aa  312  9e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  37 
 
 		 553 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.92 
 
 		 514 aa  310  5e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  35.84 
 
 		 569 aa  310  5.9999999999999995e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 		 510 aa  308  1.0000000000000001e-82  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 		 510 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  34.72 
 
 		 590 aa  306  6e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 510 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.11 
 
 		 510 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 510 aa  305  2.0000000000000002e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 510 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.31 
 
 		 510 aa  304  3.0000000000000004e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.11 
 
 		 510 aa  304  4.0000000000000003e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  36.76 
 
 		 523 aa  301  3e-80  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 577 aa  297  3e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 584 aa  297  3e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 577 aa  295  1e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 		 518 aa  295  2e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  37.17 
 
 		 515 aa  294  3e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.39 
 
 		 561 aa  294  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  34.39 
 
 		 561 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 583 aa  293  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.39 
 
 		 583 aa  293  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  34.39 
 
 		 561 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.39 
 
 		 561 aa  293  4e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.39 
 
 		 561 aa  293  4e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.39 
 
 		 561 aa  293  4e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 584 aa  293  5e-78  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  33.57 
 
 		 543 aa  293  6e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1747  AMP-dependent synthetase and ligase  35.74 
 
 		 561 aa  293  7e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0225164 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.74 
 
 		 561 aa  293  7e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  39.26 
 
 		 506 aa  292  1e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.6 
 
 		 510 aa  292  1e-77  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  36.03 
 
 		 527 aa  292  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3084  AMP-dependent synthetase and ligase  34.88 
 
 		 531 aa  291  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 551 aa  291  2e-77  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>