More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3663 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4545  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  73.48 
 
 		 564 aa  872    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.18473  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0780  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.63 
 
 		 568 aa  717    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.324898  decreased coverage  0.00366167 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0823  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.57 
 
 		 571 aa  731    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0594953  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0878  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  74.55 
 
 		 567 aa  884    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0253772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0727  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  60.25 
 
 		 568 aa  722    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0737822  normal  0.538259 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3663  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  100 
 
 		 565 aa  1171    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0797  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  59.54 
 
 		 568 aa  715    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.058688  normal  0.254571 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3469  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  72.02 
 
 		 559 aa  837    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2635  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.03 
 
 		 566 aa  722    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000204928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3157  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  73.69 
 
 		 569 aa  871    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.61239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4457  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.89 
 
 		 563 aa  580  1e-164  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.346578  hitchhiker  0.00901661 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0904  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  50.71 
 
 		 559 aa  580  1e-164  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3549  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.52 
 
 		 575 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.918334  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4502  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  51.34 
 
 		 564 aa  570  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.404  normal  0.065196 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5034  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.2 
 
 		 565 aa  565  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  0.69733 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1943  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  47.86 
 
 		 560 aa  560  1e-158  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2341  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.39 
 
 		 560 aa  544  1e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2339  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.39 
 
 		 553 aa  539  9.999999999999999e-153  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6849  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.55 
 
 		 586 aa  538  1e-151  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17370  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  49.91 
 
 		 551 aa  527  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0381221  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4155  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  46.91 
 
 		 584 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5773  AMP-dependent synthetase and ligase  49.37 
 
 		 563 aa  515  1e-144  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.120445  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2519  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  48.36 
 
 		 562 aa  505  1e-141  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0330  AMP-dependent synthetase and ligase  42.15 
 
 		 559 aa  497  1e-139  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.648816  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5508  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  44.19 
 
 		 675 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  38.35 
 
 		 549 aa  354  2e-96  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.91 
 
 		 563 aa  344  2e-93  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  33.81 
 
 		 551 aa  344  2e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.63 
 
 		 582 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.74 
 
 		 563 aa  343  4e-93  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2382  AMP-dependent synthetase and ligase  34.75 
 
 		 561 aa  343  4e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 561 aa  341  2e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.45 
 
 		 561 aa  341  2e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.55 
 
 		 561 aa  342  2e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.56 
 
 		 563 aa  340  5e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.56 
 
 		 563 aa  340  5e-92  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.56 
 
 		 582 aa  339  5.9999999999999996e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.8 
 
 		 561 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.28 
 
 		 561 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  32.47 
 
 		 557 aa  335  2e-90  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 583 aa  334  2e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  35.51 
 
 		 561 aa  334  3e-90  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 		 566 aa  332  1e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  33.97 
 
 		 559 aa  327  2.0000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  35.39 
 
 		 584 aa  326  7e-88  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4454  long-chain-fatty-acid-CoA ligase  35.03 
 
 		 555 aa  322  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.100007 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  34.09 
 
 		 577 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3685  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 		 562 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.354972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  35.49 
 
 		 565 aa  313  4.999999999999999e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2867  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 552 aa  312  1e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.533017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  36.53 
 
 		 512 aa  312  1e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0662  AMP-dependent synthetase and ligase  36.64 
 
 		 548 aa  310  4e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.27921  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  36.1 
 
 		 521 aa  310  5e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  34.4 
 
 		 584 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1683  AMP-dependent synthetase and ligase  35.06 
 
 		 535 aa  307  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1072  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 532 aa  304  3.0000000000000004e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.334483 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 		 539 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  33.93 
 
 		 585 aa  301  2e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  32.75 
 
 		 577 aa  301  2e-80  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  34.39 
 
 		 578 aa  300  3e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3362  AMP-dependent synthetase and ligase  35.75 
 
 		 562 aa  300  6e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4793  AMP-dependent synthetase and ligase  34.62 
 
 		 537 aa  299  7e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.77 
 
 		 514 aa  299  9e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2975  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 		 551 aa  298  1e-79  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0064  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase protein  35.09 
 
 		 601 aa  299  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.846144 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3097  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 536 aa  298  1e-79  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.329407  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  35.09 
 
 		 544 aa  298  1e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.35 
 
 		 662 aa  298  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  31.67 
 
 		 591 aa  298  2e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.45 
 
 		 555 aa  297  3e-79  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2616  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.83 
 
 		 568 aa  296  5e-79  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1821  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 550 aa  295  1e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  32.31 
 
 		 590 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  32.32 
 
 		 569 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  31.22 
 
 		 577 aa  295  2e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 551 aa  294  3e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  33.22 
 
 		 577 aa  293  5e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 495 aa  292  1e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  32.98 
 
 		 569 aa  291  3e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  32.98 
 
 		 569 aa  290  4e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0946  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 559 aa  290  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 579 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  33.16 
 
 		 543 aa  289  1e-76  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 564 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17930  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  35.39 
 
 		 574 aa  287  5e-76  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.849454 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3898  AMP-dependent synthetase and ligase  34.15 
 
 		 553 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0928  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 		 553 aa  285  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2902  AMP-dependent synthetase and ligase  32.8 
 
 		 523 aa  284  3.0000000000000004e-75  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.475075  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  34.5 
 
 		 506 aa  284  4.0000000000000003e-75  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.09 
 
 		 585 aa  282  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3583  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.66 
 
 		 583 aa  282  1e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  32.41 
 
 		 558 aa  282  1e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0394  AMP-dependent synthetase and ligase  32.52 
 
 		 559 aa  281  2e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  33.51 
 
 		 583 aa  281  2e-74  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  32.79 
 
 		 549 aa  281  2e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1609  AMP-dependent synthetase and ligase  33.27 
 
 		 527 aa  281  2e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30 
 
 		 510 aa  280  5e-74  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2684  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  32.25 
 
 		 567 aa  280  7e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.503393 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.81 
 
 		 510 aa  278  1e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.81 
 
 		 510 aa  278  1e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>