More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2833 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2833  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
568 aa  1154    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2064  long-chain fatty-acid-CoA ligase  64.75 
 
 
560 aa  736    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1398  AMP-dependent synthetase and ligase  66.37 
 
 
564 aa  792    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000129983 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1052  AMP-dependent synthetase and ligase  58.36 
 
 
566 aa  672    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.909575  hitchhiker  0.000208439 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  70.41 
 
 
567 aa  829    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2588  AMP-dependent synthetase and ligase  74.33 
 
 
591 aa  858    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.401336  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2629  AMP-dependent synthetase and ligase  42.35 
 
 
557 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0494506  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0827  AMP-dependent synthetase and ligase  41.5 
 
 
566 aa  435  1e-121  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1070  AMP-dependent synthetase and ligase  41.68 
 
 
565 aa  426  1e-118  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0635723  normal  0.557335 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  38.85 
 
 
577 aa  419  1e-116  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1784  AMP-dependent synthetase and ligase  38.43 
 
 
590 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.682843  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1593  AMP-dependent synthetase and ligase  41.91 
 
 
559 aa  415  1e-114  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0495218 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2084  AMP-dependent synthetase and ligase  38.02 
 
 
591 aa  414  1e-114  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4351  AMP-dependent synthetase and ligase  40.28 
 
 
578 aa  415  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.46 
 
 
561 aa  410  1e-113  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.82 
 
 
563 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.82 
 
 
563 aa  411  1e-113  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.82 
 
 
563 aa  410  1e-113  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.82 
 
 
563 aa  410  1e-113  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.82 
 
 
582 aa  410  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.81 
 
 
561 aa  411  1e-113  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  40.29 
 
 
561 aa  412  1e-113  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  40 
 
 
561 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 
582 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  40.18 
 
 
549 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000318079  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.28 
 
 
561 aa  408  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  40.93 
 
 
539 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  39.75 
 
 
569 aa  407  1.0000000000000001e-112  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  39.1 
 
 
561 aa  404  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0228  AMP-dependent synthetase and ligase  37.57 
 
 
558 aa  391  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  37.63 
 
 
551 aa  381  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  38.14 
 
 
583 aa  381  1e-104  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0256  AMP-dependent synthetase and ligase  38.76 
 
 
583 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0139167 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0889  AMP-dependent synthetase and ligase  37.39 
 
 
560 aa  374  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0278278 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2791  AMP-dependent synthetase and ligase  36.25 
 
 
575 aa  373  1e-102  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.444002 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1756  AMP-dependent synthetase and ligase  38.49 
 
 
564 aa  369  1e-101  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1725  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.32 
 
 
585 aa  365  1e-100  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00134138  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3638  AMP-dependent synthetase and ligase  39.14 
 
 
543 aa  366  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3115  AMP-dependent synthetase and ligase  36.2 
 
 
584 aa  363  6e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1626  AMP-dependent synthetase and ligase  38.52 
 
 
573 aa  362  8e-99  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1472  hypothetical protein  36.9 
 
 
569 aa  357  3.9999999999999996e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1611  AMP-dependent synthetase and ligase  37.34 
 
 
584 aa  356  7.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.187495  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1511  hypothetical protein  36.72 
 
 
569 aa  354  2e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1253  AMP-dependent synthetase and ligase  37.65 
 
 
585 aa  354  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2283  AMP-dependent synthetase and ligase  36.73 
 
 
549 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1738  AMP-dependent synthetase and ligase  39.47 
 
 
549 aa  351  2e-95  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0121059  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2010  AMP-dependent synthetase and ligase  36.94 
 
 
569 aa  348  1e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.982062  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2177  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
557 aa  343  4e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000145714  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004090  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.96 
 
 
563 aa  343  5e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0450361  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2254  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
557 aa  343  5e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00142452  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2386  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.48 
 
 
557 aa  343  5e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0150062  normal  0.524068 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1593  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.66 
 
 
558 aa  343  5.999999999999999e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01379  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.51 
 
 
563 aa  342  7e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1733  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.64 
 
 
557 aa  341  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.667013  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1761  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  38.06 
 
 
557 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066805  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2188  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.41 
 
 
557 aa  340  4e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  hitchhiker  0.000240143 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0839  AMP-dependent synthetase and ligase  35.75 
 
 
577 aa  340  4e-92  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1934  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.41 
 
 
558 aa  340  5e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.015964  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1435  AMP-dependent synthetase and ligase  35.82 
 
 
577 aa  339  9.999999999999999e-92  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0654989  normal  0.0257553 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6185  AMP-dependent synthetase and ligase  35.35 
 
 
574 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0337  AMP-dependent synthetase and ligase  35.75 
 
 
577 aa  337  2.9999999999999997e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.238028  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1891  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.7 
 
 
557 aa  337  3.9999999999999995e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0198205  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0371  AMP-dependent synthetase and ligase  37.06 
 
 
544 aa  336  5e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00566676  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 
577 aa  336  7e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000565226  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2375  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.8 
 
 
572 aa  336  7e-91  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2014  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 
562 aa  336  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000277435  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2125  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.27 
 
 
562 aa  336  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0413  AMP-dependent synthetase and ligase  35.63 
 
 
579 aa  335  1e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496898 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1727  AMP-dependent synthetase and ligase  36.62 
 
 
551 aa  335  1e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00049699  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0144  Long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.54 
 
 
566 aa  335  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2428  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.52 
 
 
557 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0268357  normal  0.181613 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0428  AMP-dependent synthetase and ligase  35.8 
 
 
579 aa  335  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0627658  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1898  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.12 
 
 
557 aa  335  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0400392  normal  0.937461 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1498  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 
561 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0422042  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1961  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 
561 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0286809  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2018  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 
561 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.456222  normal  0.253755 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1958  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.35 
 
 
561 aa  335  2e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0509331  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1838  AMP-dependent synthetase and ligase  35.92 
 
 
583 aa  333  3e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0025116  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2532  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.46 
 
 
561 aa  334  3e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0895322  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1864  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.94 
 
 
557 aa  334  3e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00374532  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1828  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.92 
 
 
583 aa  333  3e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.325094 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1570  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.48 
 
 
566 aa  333  4e-90  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000352834  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0455  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 
579 aa  333  4e-90  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01775  acyl-CoA synthase  35.92 
 
 
561 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2031  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.92 
 
 
561 aa  333  5e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1893  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.92 
 
 
561 aa  333  5e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0200  AMP-dependent synthetase and ligase  37.39 
 
 
566 aa  333  5e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.366303  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01763  hypothetical protein  35.92 
 
 
561 aa  333  5e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2448  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.23 
 
 
555 aa  333  5e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000160034  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1383  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.92 
 
 
561 aa  333  5e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0924473  normal  0.838722 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1625  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.64 
 
 
557 aa  333  5e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000265085  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3845  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.5 
 
 
562 aa  333  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1314  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.17 
 
 
561 aa  333  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000394382  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2110  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  36.96 
 
 
557 aa  332  8e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148173  normal  0.593825 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2231  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.84 
 
 
572 aa  332  8e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00224599  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0735  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.75 
 
 
560 aa  332  8e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.465816  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1553  AMP-dependent synthetase and ligase  34.59 
 
 
553 aa  331  2e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0143852  hitchhiker  0.00793845 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2065  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.74 
 
 
561 aa  332  2e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2523  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.66 
 
 
557 aa  331  2e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00313327  normal  0.944689 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2581  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.16 
 
 
557 aa  331  3e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>