161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_5233 on replicon NC_012849
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  100 
 
 		 486 aa  1001    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  100 
 
 		 486 aa  1001    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  62.55 
 
 		 486 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  50.31 
 
 		 500 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  44 
 
 		 499 aa  392  1e-108  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  44 
 
 		 499 aa  393  1e-108  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  43.92 
 
 		 505 aa  391  1e-107  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  36.1 
 
 		 536 aa  231  3e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  32.42 
 
 		 509 aa  182  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  29.41 
 
 		 498 aa  177  3e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  31.69 
 
 		 481 aa  176  6e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.96 
 
 		 500 aa  169  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  30.08 
 
 		 555 aa  169  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  32.53 
 
 		 647 aa  169  1e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  27.91 
 
 		 600 aa  168  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  31.01 
 
 		 503 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  30.39 
 
 		 518 aa  160  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  30.27 
 
 		 645 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  28.01 
 
 		 511 aa  143  6e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  28.32 
 
 		 501 aa  143  8e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  26.81 
 
 		 485 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  26.97 
 
 		 487 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  28.1 
 
 		 519 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  27.24 
 
 		 493 aa  126  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  28.02 
 
 		 1658 aa  120  6e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  26.65 
 
 		 493 aa  117  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  26.49 
 
 		 513 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0793  hypothetical protein  22.16 
 
 		 646 aa  63.5  0.000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  26.9 
 
 		 699 aa  63.2  0.000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  23.13 
 
 		 1027 aa  60.1  0.0000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3792  UvrD/REP helicase  26.79 
 
 		 736 aa  58.5  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.976756  normal  0.84533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2436  UvrD/REP helicase  27.3 
 
 		 759 aa  57.8  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000724075  normal  0.154121 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  26.56 
 
 		 1128 aa  55.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2965  UvrD/REP helicase  24.55 
 
 		 682 aa  55.1  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.460273  normal  0.889017 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0445  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 515 aa  54.3  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00058157 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  41.18 
 
 		 597 aa  54.3  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1715  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 462 aa  53.5  0.000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000356586  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4281  UvrD/REP helicase  32.72 
 
 		 716 aa  52.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.344477  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0352  UvrD/REP helicase  35.66 
 
 		 709 aa  52.8  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.877458  normal  0.0118212 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3865  UvrD/REP helicase  37.88 
 
 		 689 aa  53.1  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.322714 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4102  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  23.9 
 
 		 761 aa  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3138  UvrD/REP helicase  37.12 
 
 		 689 aa  51.2  0.00004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.527942  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  28.57 
 
 		 689 aa  50.8  0.00005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  27.71 
 
 		 729 aa  50.8  0.00006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2469  UvrD/REP helicase  24.85 
 
 		 670 aa  50.8  0.00006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0942687  hitchhiker  0.000141757 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8359  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  24.85 
 
 		 689 aa  50.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.364158  normal  0.650565 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  27.45 
 
 		 1150 aa  50.4  0.00007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0554  UvrD/REP helicase  42.86 
 
 		 705 aa  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.358681  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0232  UvrD/REP helicase  25.08 
 
 		 702 aa  49.7  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4475  UvrD/REP helicase  35.16 
 
 		 689 aa  49.7  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.191893  normal  0.0867204 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0599  UvrD/REP helicase  35.66 
 
 		 697 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1264  UvrD/REP helicase  35.71 
 
 		 678 aa  50.1  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2302  UvrD/REP helicase  46.03 
 
 		 829 aa  48.9  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.556709  normal  0.916479 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1397  UvrD/REP helicase  25.86 
 
 		 621 aa  48.9  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.036127  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3192  UvrD/REP helicase  23.87 
 
 		 615 aa  49.3  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3655  UvrD/REP helicase  24.53 
 
 		 774 aa  48.9  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2137  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.29 
 
 		 864 aa  48.9  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0349  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  26.48 
 
 		 599 aa  48.5  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.42 
 
 		 743 aa  48.5  0.0003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6795  UvrD/REP helicase  41.67 
 
 		 571 aa  48.5  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.692778  normal  0.357242 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  26.97 
 
 		 750 aa  48.5  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0283  UvrD/REP helicase  26.54 
 
 		 725 aa  48.1  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638383  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  41.56 
 
 		 659 aa  47.8  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  24.43 
 
 		 1033 aa  47.8  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4111  UvrD/REP helicase  24.5 
 
 		 827 aa  47.4  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.329059 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0402  UvrD/REP helicase  24.68 
 
 		 712 aa  47.4  0.0006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0351  hypothetical protein  25.28 
 
 		 388 aa  47.4  0.0006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0328547  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4158  UvrD/REP helicase  41.33 
 
 		 668 aa  47.4  0.0006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140406 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2692  DNA helicase IV  22.89 
 
 		 685 aa  47  0.0007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3012  UvrD/REP helicase  37.97 
 
 		 770 aa  47  0.0008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.853588 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  23.69 
 
 		 754 aa  47  0.0008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8376  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  31.47 
 
 		 1228 aa  46.2  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0426  helicase, UvrD/REP/exonuclease family protein  47.37 
 
 		 870 aa  46.2  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1771  UvrD/REP helicase  26.07 
 
 		 508 aa  46.6  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.734897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1455  UvrD/REP helicase  30.12 
 
 		 715 aa  46.2  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  37.78 
 
 		 698 aa  46.6  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl566  repair endonuclease ATP-dependent DNA helicase  46.67 
 
 		 723 aa  45.4  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546872  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  29.63 
 
 		 1044 aa  45.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2853  DNA helicase IV  23.59 
 
 		 685 aa  45.4  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.210786  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  46.67 
 
 		 722 aa  45.4  0.002  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69910  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.56 
 
 		 669 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4315  UvrD/REP helicase  41.67 
 
 		 619 aa  45.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.277671 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  44.44 
 
 		 722 aa  45.4  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  27.85 
 
 		 707 aa  45.8  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  44.44 
 
 		 722 aa  45.4  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2536  DNA helicase IV  22.92 
 
 		 684 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000168244  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0721  UvrD/REP helicase  39.29 
 
 		 701 aa  45.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0146  UvrD/REP helicase  28.79 
 
 		 721 aa  45.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728084  normal  0.499392 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3204  DNA helicase IV  22.92 
 
 		 684 aa  45.8  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.145484  normal  0.0880304 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2625  DNA helicase IV  22.92 
 
 		 684 aa  45.8  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376042  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2848  UvrD/REP helicase  42.42 
 
 		 611 aa  45.8  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.385626  normal  0.424075 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0683  UvrD/REP helicase  45.9 
 
 		 669 aa  45.8  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0437  UvrD/REP helicase  25.83 
 
 		 682 aa  45.1  0.003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  44.44 
 
 		 722 aa  45.4  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  44.44 
 
 		 722 aa  45.1  0.003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1696  UvrD/REP helicase  41.94 
 
 		 793 aa  45.1  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.99054 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  44.44 
 
 		 722 aa  45.4  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2052  UvrD/REP helicase  42.67 
 
 		 726 aa  45.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.322566  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  44.44 
 
 		 722 aa  45.1  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0149  UvrD/REP helicase  28.79 
 
 		 695 aa  45.1  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>