69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4987 on replicon NC_012855
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012855  Rpic12D_4987  putative helicase superfamily I  100 
 
 		 500 aa  1033    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.086869 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5233  putative helicase superfamily I  50.31 
 
 		 486 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.161896  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1569  putative DNA helicase  50.31 
 
 		 486 aa  469  1.0000000000000001e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6248  putative DNA helicase  46.01 
 
 		 486 aa  429  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2323  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  42.35 
 
 		 505 aa  355  1e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.488765 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2306  putative DNA helicase  40.24 
 
 		 499 aa  352  7e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.92249 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2003  DNA helicase  40.92 
 
 		 499 aa  347  3e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0575  UvrD/REP helicase  34.41 
 
 		 536 aa  214  3.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000167989  unclonable  0.00000359794 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3358  hypothetical protein  30.22 
 
 		 509 aa  176  9e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4241  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  30.48 
 
 		 555 aa  167  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.224345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0926  F-box only protein 18  28.6 
 
 		 498 aa  160  6e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0098755  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4050  hypothetical protein  29.9 
 
 		 481 aa  159  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.707092 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0186  hypothetical protein  29.49 
 
 		 503 aa  156  8e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.589701  hitchhiker  0.00261133 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6048  UvrD Superfamily I DNA and RNA helicase  31.01 
 
 		 645 aa  146  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3759  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.84 
 
 		 500 aa  145  1e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.324134  normal  0.152428 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2787  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  29.62 
 
 		 519 aa  138  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.803649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2163  putative DNA helicase  27.62 
 
 		 518 aa  139  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.522245  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0879  hypothetical protein  27.46 
 
 		 485 aa  136  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1452  hypothetical protein  27.44 
 
 		 487 aa  134  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.215489 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3757  putative DNA helicase  26.81 
 
 		 501 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4503  DNA helicase  28.06 
 
 		 493 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0120  hypothetical protein  28.98 
 
 		 647 aa  127  7e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210723 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4323  hypothetical protein  26.76 
 
 		 511 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3510  superfamily I DNA/RNA helicase  26.12 
 
 		 600 aa  124  3e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.418094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59830  putative helicase  28.05 
 
 		 493 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000685074  hitchhiker  7.95621e-18 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3627  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.46 
 
 		 513 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.180644  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14422  predicted protein  30.23 
 
 		 1658 aa  99  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.799653  normal  0.0906106 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4241  UvrD/REP helicase  23.37 
 
 		 907 aa  51.2  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000158675 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  25.85 
 
 		 783 aa  49.7  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0594  UvrD/REP helicase  47.54 
 
 		 676 aa  49.3  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1611  UvrD/REP helicase  40.48 
 
 		 729 aa  48.9  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.780541  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2743  UvrD/REP helicase  43.9 
 
 		 688 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1045  putative DNA helicase  40 
 
 		 708 aa  48.9  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0801  UvrD/REP helicase  39.09 
 
 		 750 aa  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.205146 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5901  UvrD/REP helicase  42.68 
 
 		 689 aa  48.5  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0361362  normal  0.5857 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0349  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.1 
 
 		 599 aa  47.8  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2939  UvrD/REP helicase  41.18 
 
 		 720 aa  47.8  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3295  UvrD/REP helicase  40.45 
 
 		 717 aa  47.8  0.0005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.763792  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4102  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  22.81 
 
 		 761 aa  47.4  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0258  UvrD/REP helicase  37.27 
 
 		 685 aa  47.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3821  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 1150 aa  47  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0155122  decreased coverage  0.00328324 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2745  UvrD/REP helicase  41.46 
 
 		 687 aa  47  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.223218  normal  0.57974 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1050  UvrD/REP helicase  34.48 
 
 		 597 aa  46.6  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0071  UvrD/REP helicase  42.62 
 
 		 768 aa  46.6  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2429  Exodeoxyribonuclease V  39.71 
 
 		 1148 aa  46.2  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.765298  hitchhiker  0.0020094 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27560  DNA/RNA helicase, superfamily I  27.03 
 
 		 699 aa  45.4  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.79 
 
 		 743 aa  45.8  0.002  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0230  UvrD/REP helicase  37.27 
 
 		 686 aa  45.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  23.98 
 
 		 1060 aa  45.8  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3768  UvrD/REP helicase  37.27 
 
 		 689 aa  45.8  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.528765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7513  ATP-dependent DNA helicase Rep  40.24 
 
 		 686 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.556127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  32.41 
 
 		 1167 aa  45.1  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0453  UvrD/REP helicase  32.56 
 
 		 681 aa  45.4  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.611277  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0339  UvrD/REP helicase  48.28 
 
 		 687 aa  44.7  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11400  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.64 
 
 		 710 aa  44.7  0.004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19190  DNA/RNA helicase, superfamily I  30.77 
 
 		 1119 aa  44.7  0.004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00563476  normal  0.0769767 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  33.8 
 
 		 1038 aa  44.7  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0968  UvrD/REP helicase  39.06 
 
 		 706 aa  44.7  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2007  UvrD/REP helicase  31.01 
 
 		 714 aa  44.3  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0358603  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  42.47 
 
 		 700 aa  44.3  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2701  UvrD/REP helicase  40.24 
 
 		 686 aa  44.3  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.311884  normal  0.28531 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1306  ATP-dependent DNA helicase  41.1 
 
 		 702 aa  43.9  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0100895  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  27.12 
 
 		 1128 aa  43.9  0.007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0548  UvrD/REP helicase  41.1 
 
 		 745 aa  43.9  0.007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.254513  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3142  UvrD/REP helicase  40.24 
 
 		 687 aa  43.9  0.007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.345803  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1416  putative ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.93 
 
 		 664 aa  43.5  0.009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0092  helicase, UvrD/Rep family  28 
 
 		 666 aa  43.5  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1516  UvrD/REP helicase  29.11 
 
 		 688 aa  43.1  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200062  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1226  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  32.93 
 
 		 664 aa  43.5  0.01  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.305357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>